이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 gmx-current 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-current - 유전 상수 및 전류 자동 상관 함수 계산
개요
gmx 전류 [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-o [<.xvg>]] [-카페 [<.xvg>]] [-dsp [<.xvg>]]
[-md [<.xvg>]] [-mj [<.xvg>]] [-MC [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[지금] [-xvg ]
[-쉬 ] [-[아니]노점프] [-주당 순 이익 ] [-bfit ]
[-이펙트 ] [-bvit ] [-탈퇴하다 ] [-tr ]
[-온도 ]
기술
gmx current 현재 자기 상관 함수를 계산하는 도구입니다.
시스템의 회전 및 병진 쌍극자 모멘트의 상관 관계 및
결과 정적 유전 상수. 합리적인 결과를 얻기 위해 인덱스 그룹은
중립적입니다. 또한 루틴은 정적 전도도를 추출할 수 있습니다.
속도가 주어진 경우 현재 자기 상관 함수에서. 또한,
Einstein-Helfand 피팅을 사용하여 정적 전도도를 얻을 수 있습니다.
깃발 -카페 현재 자기 상관 함수의 출력용이며 -MC ~을 씁니다.
쌍극자 모멘트의 회전 및 병진 부분의 상관관계
해당 파일. 그러나 이 옵션은 다음을 포함하는 궤적에만 사용할 수 있습니다.
속도. 옵션 -쉬 그리고 -tr 의 평균화 및 적분을 담당합니다.
자기 상관 함수. 평균화는 시작점을 이동하여 진행하기 때문에
궤적, 시프트는 다음을 사용하여 수정할 수 있습니다. -쉬 관련 없는 선택을 가능하게 하기 위해
출발점. 결국 통계적 부정확성이 커지고
상관관계 함수는 상관관계에 따라 특정 시점까지만 신뢰할 수 있는 값을 산출합니다.
프레임 수. 옵션 -tr 고려되는 적분 영역을 제어합니다.
정적 유전 상수를 계산하기 위해.
선택권 -온도 정적 유전체 계산에 필요한 온도를 설정합니다.
정수입니다.
선택권 -주당 순 이익 시뮬레이션을 위해 주변 매질의 유전 상수를 제어합니다.
Reaction Field 또는 Ewald 합산의 쌍극자 보정 사용(-주당 순 이익=0에 해당
주석-호일 경계 조건).
-[아니]노점프 자유로운 확산이 가능하도록 좌표를 펼칩니다. 이것은
Einstein-Helfand 맞춤에 필요한 연속 병진 쌍극자 모멘트. 결과
맞춤에서 충전 시스템의 유전 상수를 결정할 수 있습니다.
분자. 그러나 유전 상수를 추출하는 것도 가능합니다.
접힌 좌표에서 총 쌍극자 모멘트의 변동. 하지만 이 옵션은
매우 짧은 시간 범위만 근사치를 충족하기 때문에 주의해서 사용합니다.
분자의 밀도는 거의 일정하고 평균은 이미 수렴됩니다.
안전을 위해 유전 상수는 다음을 사용하여 계산해야 합니다.
유전 상수의 변환 부분에 대한 Einstein-Helfand 방법.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-s [<.tpr/.gro/...>] (토폴.tpr)
구조+질량(db): tpr 그루터기 g96 pdb 브르크 엔트
-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xvg>] (전류.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-카페 [<.xvg>] (caf.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일
-dsp [<.xvg>] (dsp.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-md [<.xvg>] (md.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-mj [<.xvg>] (mj.xvg)
xvgr/xmgr 파일
-MC [<.xvg>] (mc.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 그리고 .pdb 파일
-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음
-쉬 (1000)
상관 함수 및 평균 제곱을 평균화하기 위한 프레임 이동
배수량.
-[아니]노점프 (예)
상자를 가로지르는 원자 점프를 제거합니다.
-주당 순 이익 (0)
주변 매체의 유전 상수. 값 XNUMX은 다음에 해당합니다.
무한대(주석-호일 경계 조건).
-bfit (100)
병진 분율의 MSD에 대한 직선의 맞춤 시작
쌍극자 모멘트.
-이펙트 (400)
의 병진 분율의 MSD에 대한 직선의 맞춤 끝
쌍극자 모멘트.
-bvit (0.5)
a*t^b에 대한 현재 자기 상관 함수의 적합 시작.
-탈퇴하다 (5)
a*t^b에 대한 현재 자기상관 함수의 맞춤 끝.
-tr (0.25)
적분을 위해 고려되는 궤적의 비율.
-온도 (300)
엡실론 계산을 위한 온도.
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-current 온라인 사용
