Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 go-filter-subsetp 명령입니다.
프로그램:
이름
go-filter-subset.pl - 온톨로지 파일에서 하위 그래프를 추출합니다.
개요
go-filter-subset.pl -id GO:0003767 go.obo
go-filter-subset.pl -id GO:0003767 -to png go.obo | xv -
go-filter-subset.pl -filter_code 'sub{shift->name =~ /transcr/}' go.obo
기술
파일에서 온톨로지의 하위 집합을 내보냅니다. 하위 집합은 지정된 집합을 기반으로 할 수 있습니다.
ID, 온톨로지 파일의 미리 설정된 "하위 집합" 필터(예: GO "슬림" 또는 하위 집합) 또는 사용자-
정의된 필터.
하위 집합은 그래픽 이미지를 포함한 모든 형식으로 내보낼 수 있습니다.
인수
-id 아이디
하위 그래프에서 리프 노드로 사용할 ID입니다. 이 ID의 모든 상위 항목은
내보낸 그래프(-partial이 설정되지 않은 경우)
여러 ID를 전달할 수 있습니다.
-id ID1 -id ID2 -id ID3 ....etc
-하위 집합 SUBSET_ID
온톨로지 파일에서 명명된 하위 집합을 추출합니다. (obo 형식 파일에서만 작동합니다).
예를 들어, 특정 GO slim
하위 집합에 속한 용어만 내보내집니다. -partial 옵션은 자동으로
세트
-네임스페이스 NAMESPACE
이 네임스페이스의 용어만
-filter_code 서브루틴
많은 option
GO::Model::Term 객체가 포함되는지 테스트하는 서브루틴입니다.
하위 그래프(모든 상위 항목이 자동으로 포함됨)
이 옵션을 사용하기 전에 go-perl 개체 모델을 이해해야 합니다.
예:
go-filter-subset -filter_code 'sub {shift->namespace eq 'molecular_function'}' go.obo
(-namespace 옵션을 사용해도 동일한 결과를 얻을 수 있습니다)
-일부
이것이 설정되면 사용자 쿼리와 일치하는 용어만 포함됩니다. 친자관계는
필터의 다음 재귀 상위 노드로 설정
예를 들어 -subset 옵션을 사용하면 X와 Y가 하위 집합에 속하고 Z는 그렇지 않은 경우
그리고 X는_a Z는_a Y이고 X는 X가_a Y인 내보낸 그래프입니다.
-use_cache
이 스위치가 지정되면 캐싱 모드가 켜집니다.
캐싱 모드를 사용하면 파일을 처음 구문 분석할 때 추가 파일이
구문 분석이 빠른 특수 형식으로 내보내집니다. 이 파일은 동일합니다
파일 이름은 ".cache" 접미사가 붙는 것을 제외하고 원본 파일입니다.
다음에 파일을 구문 분석할 때 이 프로그램은 자동으로 다음을 확인합니다.
".cache" 파일이 존재합니다. 파일이 존재하고 해당 파일보다 최신인 경우
지정하면 이것이 대신 구문 분석됩니다. 존재하지 않는 경우 재구축됩니다.
사용 설명서
<http://www.godatabase.org/dev>
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 go-filter-subsetp를 사용하세요.