gt-snpper - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

gt-snpper - 게놈에 의해 주어진 대로 게놈에 미치는 영향에 따라 SNP에 주석을 답니다.
주석.

개요

gt 스니퍼 [옵션 ...] GFF3_파일 ​​[GVF_파일]

기술

-trans_table [가치]
NCBI 변환 테이블 번호, 다음 중에서 선택:

· 1: 표준

· 2: 척추동물의 미토콘드리아

· 3: 효모 미토콘드리아

· 4: 곰팡이 미토콘드리아; 원생동물 미토콘드리아; Coelenterate 미토콘드리아;
마이코플라스마; 스피로플라즈마

· 5: 무척추동물 미토콘드리아

· 6: 섬모 핵; Dasycladacean 핵; 헥사미타 핵

· 9: 극피동물 미토콘드리아; 편형동물 미토콘드리아

· 10: 유플로티드 핵

· 11: 박테리아, 고세균 및 식물 색소체

· 12: 대체 효모 핵

· 13: Ascidian 미토콘드리아

· 14: 대체 편형동물 미토콘드리아

· 15: 안검 대핵

· 16: 엽록소 미토콘드리아

· 21: Trematode 미토콘드리아

· 22: Scenedesmus obliquus 미토콘드리아

· 23: 트라우스토키트리움 미토콘드리아

· 24: 프테로브란키아 미토콘드리아

· 25: 후보군 SR1 및 그라실리박테리아(디폴트: 1)

-seq 파일 [파일 이름]
시퀀스를 가져올 시퀀스 파일 설정(기본값: 정의되지 않음)

-encseq [파일 이름]
시퀀스를 가져올 인코딩된 시퀀스 indexname을 설정합니다(기본값:
찾으시는 주소가 없습니다)

-seq파일
기능을 추출할 시퀀스 파일 설정 -- 목록을 종료하려면
시퀀스 파일

-matchdesc [예|아니요]
원하는 시퀀스 ID에 대한 입력 파일에서 시퀀스 설명을 검색합니다(in
GFF3), 첫 번째 일치 보고(기본값: no)

-matchdescstart [예|아니요]
원하는 시퀀스에 대한 입력 파일의 시퀀스 설명과 정확히 일치
처음부터 첫 번째 공백까지의 ID(GFF3에서)(기본값: no)

-usedesc [예|아니요]
시퀀스 설명을 사용하여 시퀀스 ID(GFF3에서)를 실제 시퀀스에 매핑
항목. 설명에 시퀀스 범위(예: III:1000001..2000000)가 포함된 경우
첫 번째 부분은 시퀀스 ID로 사용됩니다(III) 및 첫 번째 범위 위치를 오프셋으로
(1000001) (기본값: 아니요)

-지역 매핑 [현]
시퀀스 파일 매핑에 시퀀스 영역을 포함하는 파일 설정(기본값: 정의되지 않음)

-o [파일 이름]
지정된 파일로 출력 리디렉션(기본값: 정의되지 않음)

-gzip [예|아니요]
gzip 압축 출력 파일 쓰기 (기본값: no)

-bzip2 [예|아니요]
bzip2 압축 출력 파일 쓰기 (기본값: no)

-힘 [예|아니요]
출력 파일에 강제 쓰기(기본값: no)

-도움
도움말 표시 및 종료

-번역
버전 정보 표시 및 종료

옵션 파일 형식 -지역 매핑:

옵션 -regionmapping에 제공된 파일은 "매핑"을 정의합니다. 매핑은
시퀀스 영역 항목은 GFF3_파일 포함하는 시퀀스 파일에
해당 시퀀스. 매핑은 다음 두 가지 형식 중 하나로 정의할 수 있습니다.

매핑 = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

함수 매핑(sequence_region)
return "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
end

첫 번째 형식은 Lua(http://www.lua.org) 각각을 매핑하는 "mapping"이라는 테이블
시퀀스 영역을 해당 시퀀스 파일에 복사합니다. 두 번째는 Lua 함수를 정의합니다.
"mapping"은 다음과 같이 호출될 때 시퀀스 파일 이름을 반환해야 합니다.
인수로 sequence_region.

보고 버그

버그 보고[이메일 보호]>.

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