htseq-qa - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

htseq-qa - 처리량이 많은 시퀀싱 읽기의 간단한 품질 평가 수행

Python 스크립트 htseq-qa 시퀀싱 읽기(원시 또는 정렬)가 있는 파일을 사용합니다.
읽기) 실행의 기술적 품질을 평가하는 데 유용한 플롯이 포함된 PDF 파일을 생성합니다.

음모

다음은 일반적인 플롯입니다. [이미지]

플롯은 정렬된 읽기와 정렬할 수 없는 읽기가 포함된 SAM 파일에서 만들어집니다. 왼쪽
열은 정렬되지 않은 읽기에서 만들어지고 오른쪽 열은 정렬된 읽기에서 만들어집니다. 헤더
SAM 파일의 이름과 읽기 횟수를 알려줍니다.

위쪽 행은 읽기의 각 위치에 대해 어떤 베이스가 호출되었는지를 보여줍니다. 이에
샘플에서 정렬할 수 없는 읽기에는 A가 분명히 초과됩니다. 정렬된 읽기에는 균형이 있습니다.
보완 읽기 사이: A와 C(붉은 색)는 동일한 수준을 가지며 C와 C도 마찬가지입니다.
G(초록색). 시퀀스는 AT가 풍부한 것 같습니다. 또한 거의 모든 정렬
읽기는 T로 시작하여 A, 70%에서 C, 30%에서 A가 뒤따릅니다.
그러한 불균형은 좋은 설명이 없다면 우려의 이유가 될 것입니다. 여기서,
그 이유는 샘플의 단편화가 효소 분해에 의해 이루어졌기 때문입니다.

아래쪽 절반은 다양한 위치에서 풍부한 basecall 품질 점수를 보여줍니다.
읽기에서. 거의 모든 정렬된 읽기의 품질은 전체 길이에 대해 34인 반면
정렬되지 않은 읽기의 경우 일부 읽기는 끝으로 갈수록 품질 점수가 낮습니다.

사용법

참고 htseq-qa 플롯을 생성하려면 matplotlib가 필요하므로 이것을 설치해야 합니다.
설명된 대로 모듈 LINK matplotlib 웹사이트에서

HTSeq를 설치한 후(참조 설치) 및 matplotlib, 당신은 실행할 수 있습니다 htseq-qa 인사말
명령 줄 :

htseq-qa [옵션] read_file

파일이 htseq-qa 경로에 없으면 다음을 사용하여 스크립트를 호출할 수 있습니다.

python -m HTSeq.scripts.qa [옵션] read_file

이 어플리케이션에는 XNUMXµm 및 XNUMXµm 파장에서 최대 XNUMXW의 평균 출력을 제공하는 읽기 파일 FASTQ 파일 또는 SAM 파일입니다. SAM 파일의 경우 두 개의 플롯
열은 위와 같이 생성되며 FASTQ 파일의 경우 하나의 열만 얻습니다.

출력은 다음과 같은 이름의 파일에 기록됩니다. 읽기 파일, 접미사 .PDF
추가했습니다. Acrobat Reader와 같은 PDF 뷰어로 보십시오.

옵션
-t , --유형=
파일 형식 읽기 파일. 지원되는 값 위치 :

· 샘: SAM 파일(참고 SAM도구 대부분의 변환을 위한 Perl 스크립트 포함
SAM에 대한 정렬 형식)

· 솔렉사 내보내기: _내보내기.txt SolexaPipeline 소프트웨어에 의해 생성된 파일
이랜드(htseq-qa 새로운 Solexa 품질 인코딩을 다음과 같이 기대합니다.
SolexaPipeline 버전 1.3 이상에서 생성됨)

· 빠른: 표준(Sanger 또는 Phred) 품질 인코딩의 FASTQ 파일

· solexa-fastq: Solexa 품질 인코딩이 포함된 FASTQ 파일,
Bustard(htseq-qa 새로운 Solexa를 기대합니다
SolexaPipeline 버전 1.3 이상에서 생성된 품질 인코딩)

-o , --아웃파일=
출력 파일 이름(기본값은 ``.pdf``)

-r , --읽기 길이=
최대 읽기 길이(지정되지 않은 경우 스크립트는 파일에서 추측

-g , --감마=
품질 점수 플롯의 대비 조정을 위한 감마 계수

-N, --nosplit
정렬되지 않고 정렬된 것으로 읽기를 분할하지 마십시오. 즉, XNUMX열 플롯을 생성합니다.

-미디엄, --최대
데이터에 표시되는 최대 품질 점수(기본값: 40)

-시간, --도움
사용 요약 표시 및 종료

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 htseq-qa 사용