Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 kmc_tools-filter 명령입니다.
프로그램:
이름
kmc_tools-filter - k-mer 수가 너무 적은 읽기를 필터링합니다.
개요
kmc_tools 필터링 [kmc_input_db_params]
[input_read_set_params] [output_read_set_params]
기술
이 명령은 k-mer 수가 너무 적은 읽기를 필터링합니다.
옵션
k-mers 데이터베이스에는 추가 매개변수가 있습니다:
-ci
다음보다 적게 발생하는 k-mer를 제외합니다. 타임스
-cx
다음보다 많이 발생하는 k-mer를 제외합니다. 타임스
입력 읽기 세트에는 추가 매개변수가 있습니다.
-ci
값보다 적은 k-mer를 포함하는 읽기를 제거합니다. 정수 또는 부동 숫자일 수 있습니다.
범위 [0.0;1.0]
-ci
값보다 더 많은 k-mer를 포함하는 읽기를 제거합니다. 정수 또는 부동 숫자일 수 있습니다.
범위 [0.0;1.0]
-에프
FASTA 형식(-fa), FASTQ 형식(-fq)으로 입력합니다. 기본값: FASTQ
읽기 출력 세트에는 추가 매개변수가 있습니다:
-에프
FASTA 형식(-fa), FASTQ 형식(-fq)으로 출력합니다. 기본값: 입력과 동일
예
kmc_tools 필터 kmc_db -ci3 input.fastq -ci0.5 -cx1.0filtered.fastq
kmc_tools 필터 kmc_db input.fastq -ci10 -cx100filtered.fastq
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 kmc_tools-filter를 사용하세요.
