libscane - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

libscan - 단백질 계열에 대한 진단 검색입니다.

개요

libscan -양식 명부 -그립 부울 -헤닉 부울 -흠 부울 -sam 부울 -pssm 부울
-시그 부울 -hmmpath 현 -hmmextn 현 -hmmoutpath 현 -hmmoutextn 현
-삼패스 현 -sameextn 현 -samoutpath 현 -samoutextn 현
-pssmpath 현 -pssmextn 현 -나이터 정수 -뒹굴다 뜨다 -최대 히트 정수
-pssmoutpath 현 -pssmoutextn 현 -gbvpath 현 -gbvextn 현
-gbvgapo 뜨다 -gbvgape 뜨다 -gbvoutpath 현 -gbvouttextn 현
-hnfpath 현 -hnfextn 현 -hnfgapo 뜨다 -hnfgape 뜨다 -hnfoutpath 현
-hnfoutextn 현 -sigpath 현 -sigextn 현 -기간 명부 -보결 매트릭스
-시가포 뜨다 -시가페 뜨다 -sigoutpath 현 -sigoutextn 현 -DB 시퀀스 세트
-scof 인파일

libscan -도움

기술

libscan EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈"의 명령줄 프로그램입니다.
소프트웨어 제품군”). "단백질:3D 구조" 명령 그룹의 일부입니다.

옵션

-양식 명부
libscan은 (i) 데이터베이스 검색 모드 또는 (ii) 라이브러리의 두 가지 모드 중 하나로 실행됩니다.
스크린 모드. 데이터베이스 검색 모드에서 libscan은 각각 하나 이상의 디렉토리를 읽습니다.
단일 유형의 식별 요소를 포함하는 경우 허용되는 유형은 희박합니다.
서열 서명, Gribskov 프로필, Henikoff 프로필 또는 숨겨진 Markov 모델. ~ 안에
라이브러리 화면 모드에서 libscan은 시퀀스 세트를 읽고 각 시퀀스를
라이브러리(구별 요소의 디렉토리)를 저장하고 라이브러리 스캔 파일(
최고 점수를 받은 가족). 기본값: 2

-그립 부울
기본값: N

-헤닉 부울
기본값: N

-흠 부울
기본값: N

-sam 부울
기본값: N

-pssm 부울
기본값: Y

-시그 부울
기본값: N

-hmmpath 현
기본값: ./lib/

-hmmextn 현
기본값: .hmm

-hmmoutpath 현
기본값: ./

-hmmoutextn 현
기본값: .hmmout

-삼패스 현
기본값: ./

-sameextn 현
기본값: .mod

-samoutpath 현
기본값: ./

-samoutextn 현
기본값: .samout

-pssmpath 현
기본값: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn 현
기본값: .chk

-나이터 정수
기본값: 1

-뒹굴다 뜨다
기본값: 100

-최대 히트 정수
기본값: 1000

-pssmoutpath 현
기본값: ./

-pssmoutextn 현
기본값: .pssmout

-gbvpath 현
기본값: ./

-gbvextn 현
기본값: .grib

-gbvgapo 뜨다
기본값: 10.0

-gbvgape 뜨다
기본값: 0.5

-gbvoutpath 현
기본값: ./

-gbvouttextn 현
기본값: .gribout

-hnfpath 현
기본값: ./

-hnfextn 현
기본값: .henik

-hnfgapo 뜨다
기본값: 10.0

-hnfgape 뜨다
기본값: 0.5

-hnfoutpath 현
기본값: ./

-hnfoutextn 현
기본값: .henikout

-sigpath 현
기본값: ./

-sigextn 현
기본값: .sig

-기간 명부
기본값: 1

-보결 매트릭스
기본값: EBLOSUM62

-시가포 뜨다
기본값: 10.0

-시가페 뜨다
기본값: 0.5

-sigoutpath 현
기본값: ./

-sigoutextn 현
기본값: .sigout

-DB 시퀀스 세트
데이터베이스 검색 모드에서 libscan은 시퀀스에 대해 각 식별 요소를 검색합니다.
세트. 라이브러리 화면 모드에서 libscan은 시퀀스 세트를 읽고 각 시퀀스를 검사합니다.
라이브러리(구별 요소의 디렉터리)에 대해 기본값: 49142.vdhf

-scof 인파일
두 모드 모두 패밀리 소스로 '범위 분류 파일'이 필요합니다.
분류 데이터. 범위 분류 파일에는 분류 및 기타 데이터가 포함됩니다.
scop 데이터베이스의 도메인에 대한 것입니다. 파일은 embl과 유사한 형식으로 생성됩니다.
scopparse로. scopseqs를 사용하여 도메인 시퀀스 정보를 파일에 추가할 수 있습니다.
기본값: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 libscane 사용