macs2_callpeak - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

macs2_callpeak - ChIP 시퀀싱을 위한 모델 기반 분석

기술

사용법: macs2 callpeak [-h] -t TFILE [TFILE ...] [-c [CFILE [CFILE ...]]]

[-f {자동,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}]
[-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--버퍼 크기 BUFFER_SIZE] [--outdir
OUTDIR] [-n 이름] [-B] [--자세한 정보 표시] [--트랙라인] [--SPMR] [-s TSIZE] [--bw
BW] [-m MFOLD MFOLD] [--fix-bimodal] [--nomodel] [--shift SHIFT] [--extsize
확장 크기] [-q QVALUE | -p PVALUE] [--대형] [--비율 RATIO] [--다운 샘플]
[--seed SEED] [--nolambda] [--slocal SMALLLOCAL] [--llocal LARGELOCAL] [--broad]
[--broad-cutoff BROADCUTOFF] [--cutoff-분석] [--call-summits] [--fe-cutoff
페컷오프]

optional 인수 :
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시하고 종료

입력 파일 인수 :
-t T파일 [T파일 ...], --치료 TFILE [TFILE ...]
ChIP-seq 처리 파일. 여러 파일이 '-t AB C'로 지정되면 해당 파일은
모두 읽고 함께 모을 수 있습니다. 필수의.

-c [C파일 [C파일 ...]], --제어 [C파일 [C파일...]]
제어 파일. 여러 파일이 '-c AB C'로 지정되면 다음으로 풀링됩니다.
ChIP-seq 배경 잡음을 추정합니다.

-f {자동,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}, --체재
{자동,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}
태그 파일 형식, "AUTO", "BED" 또는 "ELAND" 또는 "ELANDMULTI" 또는 "ELANDEXPORT" 또는
"SAM" 또는 "BAM" 또는 "BOWTIE" 또는 "BAMPE". 기본 AUTO 옵션은 MACS가 결정하도록 합니다.
파일이 어떤 형식인지. 선택한 경우 README 파일의 정의를 확인하세요.
이랜드/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. 기본값: "자동"

-g G크기, --gsize GSIZE
효과적인 게놈 크기. 1.0e+9 또는 1000000000 또는 단축키: 인간의 경우 'hs'일 수 있습니다.
(2.7e9), 마우스의 경우 'mm'(1.87e9), C. elegans의 경우 'ce'(9e7), 초파리의 경우 'dm'
(1.2e8), 기본값:hs

--keep-dup 중복 유지
정확히 동일한 위치에 있는 중복 태그에 대한 MACS 동작을 제어합니다. --
동일한 조정 및 동일한 가닥. 'auto' 옵션을 사용하면 MACS가 계산합니다.
다음을 사용하여 이항 분포를 기반으로 정확히 동일한 위치에 있는 최대 태그
p값 컷오프로서 1e-5; 'all' 옵션은 모든 태그를 유지합니다. 정수인 경우
주어진 경우 최대 이 개수의 태그가 동일한 위치에 유지됩니다. 기본값
하나의 태그를 같은 위치에 유지하는 것입니다. 기본값: 1

--버퍼 크기 버퍼 크기
읽기를 저장하기 위해 내부 배열 크기를 점진적으로 늘리기 위한 버퍼 크기
정렬 정보. 대부분의 경우 이 매개변수를 변경할 필요가 없습니다.
그러나 염색체/콘티그/스캐폴드의 수가 많은 경우
정렬을 줄이기 위해 더 작은 버퍼 크기를 지정하는 것이 좋습니다.
메모리 사용량(그러나 정렬 파일을 읽는 데 시간이 더 오래 걸립니다). 최소 메모리
정렬 파일 읽기에 요청된 개수는 CHROMOSOME * BUFFER_SIZE * 2개 정도입니다.
바이트. 기본값: 100000

산출 인수 :
--outdir 아웃디어
지정하면 모든 출력 파일이 해당 디렉토리에 기록됩니다. 기본값:
현재 작업 디렉토리

-n 이름, --이름 이름
출력 파일 이름을 생성하는 데 사용되는 실험 이름입니다. 기본값: "NA"

-B, --bdg
확장 조각 더미 저장 여부 및 로컬 람다 트랙(XNUMX개)
파일)을 모든 bp에서 bedGraph 파일로 변환합니다. 기본값: 거짓

--말 수가 많은 말 수가 많은
런타임 메시지의 상세 수준을 설정합니다. 0: 중요한 메시지만 표시, 1: 표시
추가 경고 메시지, 2: 프로세스 정보 표시, 3: 디버그 메시지 표시.
기본값:2

--트랙라인
MACS에게 bedGraph 파일에 트랙라인을 포함하도록 지시합니다. 이 트랙라인을 포함하려면
UCSC 게놈 브라우저에서 bedGraph를 표시하는 동안, 이름과 설명을 표시할 수 있습니다.
파일도 그렇고. 그러나 내 제안은 bedGraph를 bigWig로 변환한 다음 표시하는 것입니다.
UCSC 게놈 브라우저에서 더 작고 빠른 바이너리 bigWig 파일뿐만 아니라
다운스트림 분석. 필요하다 -B 설정됩니다. 기본값: 트랙라인을 포함하지 않습니다.

--SPMR True인 경우 MACS는 조각 더미 프로필에 대한 백만 읽기당 신호를 저장합니다.
요구 -B 설정됩니다. 기본값: 거짓

이동 모델 인수 :
-s 크기, --tsize 크기
태그 크기. 이는 자동 감지된 태그 크기를 재정의합니다. 기본값: 설정되지 않음

--bw BW
조각 크기를 계산하기 위해 영역을 선택하기 위한 대역폭입니다. 이 값은 다음과 같은 경우에만 사용됩니다.
변화하는 모델을 구축하는 동안. 기본값: 300

-m 폴드 폴드, --mfold 폴드 폴드
에 대한 높은 신뢰도 농축 비율의 MFOLD 범위 내에서 영역을 선택합니다.
모델을 만들기 위한 배경입니다. 영역의 접기 강화는 상위보다 낮아야 합니다.
한도, 하한치보다 높습니다. "-m 10 30"으로 사용합니다. 기본값:5 50

--fix-바이모달
자동 쌍 모델 프로세스를 켤지 여부입니다. 설정된 경우 MACS 빌드에 실패했을 때
페어링된 모델의 경우 nomodel 설정을 사용합니다. --exsize 확장할 매개변수
각 태그는 3' 방향을 향합니다. 이 자동 고정을 사용하지 않는 것이 기본값입니다.
지금 행동. 기본값: 거짓

--nomodel
변화하는 모델을 구축할지 여부입니다. True인 경우 MACS는 모델을 구축하지 않습니다. ~에 의해
기본값은 크기 = 100 이동을 의미합니다. 이를 변경하려면 extsize를 설정해 보세요. 기본:
거짓

--옮기다 SHIFT
(유산이 아님 --이동 크기 옵션!) bp 단위의 임의 이동입니다. 재량권을 사용하십시오
기본값이 아닌 다른 값을 설정하는 동안. NOMODEL이 설정되면 MACS는 이를 사용합니다.
절단 끝(5')을 5'->3' 방향으로 이동하는 값을 지정한 다음 EXTSIZE를 적용합니다.
조각으로 확장하십시오. 이 값이 음수이면 끝이 쪽으로 이동합니다.
3'->5' 방향. ChIP-Seq 데이터 세트의 경우 기본값 0으로 유지하는 것이 좋습니다. -1
* 풍부한 절단 위치를 감지하기 위한 EXTSIZE 옵션과 함께 EXTSIZE의 절반
특정 DNAseI-Seq 데이터 세트와 같은. 다음과 같은 경우 0 이외의 값을 설정할 수 없습니다.
형식은 페어드 엔드 데이터의 BAMPE입니다. 기본값: 0.

--extsize 확대
bp 단위의 임의 확장 크기입니다. nomodel이 true인 경우 MACS는 이 값을 사용합니다.
조각 크기로 각 읽기를 3' 끝쪽으로 확장한 다음 쌓습니다. 그것은
더 이상 사용되지 않는 SHIFTSIZE 수의 정확히 두 배입니다. 이전 언어에서는 각 읽기가 다음과 같습니다.
5'->3' 방향을 조각의 중앙으로 1/2d만큼 이동한 다음 양쪽으로 확장
1/2 d 방향. 이는 각 읽기가 다음 방향으로 확장된다는 것과 같습니다.
5'->3'을 광고 크기 조각으로 만듭니다. 기본값: 200. EXTSIZE와 SHIFT는 다음과 같은 경우에 결합될 수 있습니다.
필요한. SHIFT 옵션을 확인하세요.

피크 (캐노피 지붕쪽) 부름 인수 :
-q Q값, --q값 Q값
피크 검출을 위한 최소 FDR(q-값) 컷오프입니다. 기본값: 0.05. -q및 -p are
상호 배타적.

-p PV값, --p값 PV값
피크 검출을 위한 P값 컷오프. 기본값: 설정되지 않음. -q및 -p 서로
독점적인. pvalue 컷오프가 설정된 경우 qvalue는 다음과 같이 계산 및 보고되지 않습니다.
-1 최종 .xls 파일에 있습니다.

--대형
설정되면 작은 샘플을 더 큰 샘플까지 확장합니다. 기본적으로 더 큰
데이터 세트는 더 작은 데이터 세트 쪽으로 축소되어 더 작은 데이터 세트로 이어집니다.
p/q값 및 보다 구체적인 결과. 축소하면 축소된다는 점을 명심하세요.
배경 소음이 더 많습니다. 기본값: 거짓

--비율 비율
설정 시 ChIP/컨트롤의 사용자 지정 배율 비율을 사용합니다(예: NCIS를 사용하여 계산).
선형 스케일링의 경우. 기본값: 잉고르

--다운샘플
설정된 경우 무작위 샘플링 방법은 더 큰 샘플을 축소합니다. 기본적으로,
MACS는 선형 스케일링을 사용합니다. 경고: 이 옵션은 결과를 불안정하게 만들고
매번 무작위 읽기가 선택되므로 재현할 수 없습니다. 사용을 고려해 보세요
대신 'randsample' 스크립트를 사용하세요. 와 함께 사용하는 경우 --SPMR, 1
백만 개의 고유한 읽기가 무작위로 선택됩니다. 주의:
구현 시 선택한 읽기의 최종 수가 예상과 다를 수 있습니다!
기본값: 거짓

--씨앗 씨
데이터를 다운샘플링하는 동안 무작위 시드를 설정합니다. 음수가 아닌 정수여야 합니다.
효과가 있으려면. 기본값: 설정되지 않음

--nolambda
True인 경우 MACS는 고정된 배경 람다를 모든 피크에 대한 로컬 람다로 사용합니다.
지역. 일반적으로 MACS는 로컬 편향을 반영하기 위해 동적 로컬 람다를 계산합니다.
잠재적인 염색질 구조로 인해.

--slocal 소규모로컬
동적 람다를 계산하기 위한 염기쌍의 작은 인근 영역입니다. 이것은 다음과 같은 데 사용됩니다.
최고봉 지역 근처의 편향을 포착합니다. 제어 데이터가 없으면 유효하지 않습니다.
이 값을 0으로 설정하면 MACS는 slocal 람다 계산을 건너뜁니다. *참고* MACS
항상 d 크기 로컬 람다 계산을 수행합니다. 최종 지역 편향은 다음과 같습니다.
d, slocal 및 llocal 크기 창의 람다 값의 최대값입니다.
기본값: 1000

--llocal 대규모 지역
동적 람다를 계산하기 위한 염기쌍의 큰 인근 영역입니다. 이것은 다음과 같은 데 사용됩니다.
서라운드 바이어스를 포착합니다. 이 값을 0으로 설정하면 MACS는 llocal 람다를 건너뜁니다.
계산. *참고* MACS는 항상 d 크기 로컬 람다를 수행합니다.
계산. 최종 로컬 편향은 d의 람다 값의 최대값이어야 합니다.
slocal 및 llocal 크기 창. 기본값: 10000.

--넓은
설정된 경우 MACS는 근처의 고농축된 봉우리를 연결하여 넓은 봉우리를 호출하려고 시도합니다.
지역. 연결 영역은 다음을 통해 또 다른 컷오프에 의해 제어됩니다.
--링크-컷오프. 최대 연결 영역 길이는 MACS의 d의 4배입니다.
기본값: 거짓

--광범위 차단 방송 차단
넓은 지역에 대한 컷오프. 이 옵션은 다음을 제외하고는 사용할 수 없습니다. --넓은 설정됩니다. 만약에 -p
설정되면 이는 pvalue 컷오프이고, 그렇지 않으면 qvalue 컷오프입니다. 기본값: 0.1

--컷오프 분석
설정된 동안 MACS2는 호출할 수 있는 피크의 수 또는 총 길이를 분석합니다.
다른 p-값 컷오프를 사용한 다음 요약 테이블을 출력하여 사용자가 더 나은 결정을 내리는 데 도움을 줍니다.
끊다. 테이블은 NAME_cutoff_analytic.txt 파일에 저장됩니다. 참고로, 민렌과
maxgap은 결과에 영향을 미칠 수 있습니다. 경고: 완료하는 데 최대 30배 더 오랜 시간이 걸릴 수 있습니다.
기본값: 거짓

후 처리 옵션 :
--통화 정상회담
설정된 경우 MACS는 보다 정교한 신호 처리 접근 방식을 사용하여 다음을 찾습니다.
각 농축된 피크 지역의 하위 피크 정상회담. 기본값: 거짓

--fe-컷오프 페컷오프
설정하면 값이 낮은 배수 농축으로 피크를 필터링하는 데 사용됩니다.
MACS2는 접기 강화를 계산하는 동안 의사 개수로 1.0을 사용합니다. 기본값: 1.0

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 macs2_callpeak 사용