macs2_filterdup - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

macs2_filterdup - ChIP 시퀀싱을 위한 모델 기반 분석

기술

사용법: macs2 filterdup [-h] -i 아이파일 [아이파일 ...]

[-f {자동,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}]
[-g GSIZE] [-s TSIZE] [-p PVALUE] [--keep-dup 유지] [--verbose verbose]
[--outdir OUTDIR] [-o 출력 파일] [-d]

optional 인수 :
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시하고 종료

-i 아이파일 [아이파일...], --ifile 아이파일 [아이파일 ...]
ChIP-seq 정렬 파일. 여러 파일이 '-t AB C'로 지정되면 해당 파일은
모두 읽고 결합할 수 있습니다. 페어엔드 데이터는 이 제품과 함께 작동하지 않는다는 점에 유의하세요.
명령. 필수의.

-f {자동,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}, --체재
{자동,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
태그 파일 형식, "AUTO", "BED" 또는 "ELAND" 또는 "ELANDMULTI" 또는 "ELANDEXPORT" 또는
"SAM" 또는 "BAM" 또는 "BOWTIE". 기본 AUTO 옵션은 'macs2 filterdup'을 허용합니다.
파일 형식을 결정합니다. README 파일의 정의를 확인하세요.
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE를 선택합니다. 기본값: "자동"

-g G크기, --gsize GSIZE
효과적인 게놈 크기. 1.0e+9 또는 1000000000 또는 단축키: 인간의 경우 'hs'일 수 있습니다.
(2.7e9), 마우스의 경우 'mm'(1.87e9), C. elegans의 경우 'ce'(9e7), 초파리의 경우 'dm'
(1.2e8), DEFAULT:hs

-s 크기, --tsize 크기
태그 크기. 이는 자동 감지된 태그 크기를 재정의합니다. 기본값: 설정되지 않음

-p PV값, --p값 PV값
이항 분포 검정을 위한 P값 컷오프입니다. 기본값:1e-5

--keep-dup 중복 유지
이는 중복된 태그/쌍에 대한 'macs2 filterdup' 동작을 제어합니다.
정확히 같은 위치 -- 동일한 조정 및 동일한 가닥. '자동' 옵션
'macs2 filterdup'이 정확히 동일한 위치에서 최대 태그를 계산하도록 합니다.
주어진 것을 사용한 이항 분포 -p p값 컷오프로; 'all' 옵션은 유지됩니다.
모든 태그(형식만 변환하려는 경우 유용함). 정수가 주어지면,
대부분의 태그는 동일한 위치에 보관됩니다. 참고, MACS2 callpeak
함수는 기본값으로 KEEPDUPLICATES=1을 사용합니다. 참고: samtools 또는 picard를 사용한 경우
비트 1024에서 중복을 표시하기 위해 MACS2는 설정 방법에 관계없이 해당 항목을 삭제합니다.
중복을 유지하세요. 기본값: 자동

--말 수가 많은 말 수가 많은
상세 수준을 설정합니다. 0: 중요한 메시지만 표시, 1: 추가 경고 표시
메시지, 2: 프로세스 정보 표시, 3: 디버그 메시지 표시. 알고 싶다면
중복 읽기는 어디에 있습니까? 3을 사용하십시오. DEFAULT:2

--outdir 아웃디어
지정하면 모든 출력 파일이 해당 디렉토리에 기록됩니다. 기본값:
현재 작업 디렉토리

-o 결과물 파일, --offile 결과물 파일
출력 BED 파일 이름. 지정하지 않으면 표준 출력에 기록됩니다. 기본:
표준 출력

-d, -건조
설정되면 filterdup은 출력 파일을 작성하는 대신 숫자만 출력합니다.
허용되는 최대 중복 수, 필터링 전 총 읽기 수,
필터링 후 총 읽기 수 및 중복 비율입니다. 기본값: 설정되지 않음

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