이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 명령 mafft-homologs입니다.
프로그램:
이름
mafft-homologs - 자동으로 수집된 상동체와 함께 시퀀스를 정렬합니다.
NCBI BLAST를 통한 SwissProt
개요
mafft 동족체 [옵션] 입력 [> 출력]
기술
멀리 관련된 몇 가지 서열의 정렬 정확도가 상당히 향상되었습니다.
그들의 가까운 동족체와 함께 정렬될 때. 개선 이유는
아마도 PSI-BLAST의 경우와 동일할 것입니다. 즉, 고도로 보존된 위치
잔여물, 공백이 많은 것 및 기타 추가 정보는 가까이 가져옵니다.
동족체. Katoh et al. (2005), 가까운 상동체를 추가하여 개선은
10% 내외, 구조적 정보 통합에 따른 개선 수준
한 쌍의 시퀀스 중. mafft 서버의 Mafft-homologs는 다음과 같이 작동합니다.
1. 입력의 가까운 상동체(기본적으로 E=50e-1)의 수(기본적으로 10)를 수집합니다.
시퀀스.
2. L-INS-i 전략을 사용하여 입력 시퀀스와 상동체를 모두 함께 정렬합니다.
3. 동족체를 제거합니다.
옵션
-a n
수집된 시퀀스 수(기본값: 50).
-e n
임계값(기본값: 1e-10).
-o 트리플 엑스
mafft 옵션(기본값: " --op 1.53 --ep 0.123 --maxiterate 1000 --localpair
--재 주문").
-l
NCBI BLAST 대신 로컬에서 BLAST 검색을 수행합니다(로컬 설치 필요
BLAST 및 데이터베이스).
-f
수집된 상동체도 출력합니다(기본값: 꺼짐).
-w
전체 시퀀스가 BLAST 검색 대상입니다(기본값: 잘 정렬된 영역만).
요구 사항
MAFFT 버전 > 5.58.
다음 중 하나
lynx(원격 BLAST 서버 사용 시)
BLAST 및 단백질 서열 데이터베이스(로컬 BLAST 사용 시)
참조
Katoh, Kuma, Toh 및 Miyata(Nucleic Acids Res. 33:511-518, 2005) MAFFT 버전 5:
다중 시퀀스 정렬의 정확도 향상.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 mafft-homologs 사용
