이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 makeBadgerMatrix 명령입니다.
프로그램:
이름
addUnalignedIntervals - mauveAligner 패키지의 일부
AlignmentProjector - mauveAligner 패키지의 일부
backbone_global_to_local - mauveAligner 패키지의 일부
bbAnalyze - mauveAligner 패키지의 일부
createBackboneMFA - mauveAligner 패키지의 일부
getAlignmentWindows - mauveAligner 패키지의 일부
getOrthologList - mauveAligner 패키지의 일부
makeBadgerMatrix - mauveAligner 패키지의 일부
mauveToXMFA - mauveAligner 패키지의 일부
mfa2xmfa - mauveAligner 패키지의 일부
projectAndStrip - mauveAligner 패키지의 일부
randomGeneSample - mauveAligner 패키지의 일부
scoreAlignment - mauveAligner 패키지의 일부
stripGapColumns - mauveAligner 패키지의 일부
stripSubsetLCBs - mauveAligner 패키지의 일부
toGrimmFormat - mauveAligner 패키지의 일부
toMultiFastA - mauveAligner 패키지의 일부
toRawSequence - mauveAligner 패키지의 일부
uniqueMerCount - mauveAligner 패키지의 일부
uniquifyTrees - mauveAligner 패키지의 일부
xmfa2maf - mauveAligner 패키지의 일부
기술
이러한 도구는 mauveAligner 패키지에 속합니다. 명시적으로 문서화되어 있지는 않지만
여기에서 반복되는 시놉시스 라인을 인쇄하고 있습니다.
정렬되지 않은 간격 추가 간격 파일> <출력 간격 파일>
얼라인먼트 프로젝터 xmfa> <출력 xmfa> <mfa 서열 입력> <mfa 서열 출력> <목록 of
시퀀스 에 포함하다, 시작 at 0>
backbone_global_to_local <xmfa 파일> <백본 파일> <출력 파일>
bb분석 <xmfa 파일> <가이드 나무> <백본 순서 파일> <백본 대장균의 뜻 파일> <주석이 붙은
서열 색인> <출력 파일>
주석이 달린 seq 인덱스는 0에서 시작합니다.
createBackboneMFA 간격 파일> <출력 MFA 이름>
getAlignmentWindows <XMFA 정렬> <창 길이> <창 변화 금액> <베이스 출력
파일명>
getOrthologList getOrthologList xmfa> <백본 서열 파일> <참조 게놈> <CDS
오르토로그 파일명> <CDS 조정 기지 이름>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <출력 오소리 파일> <LCB 좌표의 파일>
자주색 ToXMFA 자주색 ToXMFA <모브 조정 입력> <XMFA 출력>
mfa2xmfa <MFA 조정 입력> <XMFA 조정 출력> [정렬되지 않음 패스트에이 산출]
프로젝트앤스트립 xmfa> <출력 xmfa> ...
숫자 시퀀스 식별자는 0에서 시작합니다.
무작위 유전자 샘플 xmfa> <백본 서열 파일> <샘플 게놈> <번호 of 유전자>
<출력 기지 이름> [무작위의 씨앗]
점수정렬 <맞다 정렬> <계산됨 정렬> [진화 순서 파일] [슬라건]
스트립갭열 XMFA> <출력 XMFA>
stripSubsetLCB xmfa> bbcols> <출력 xmfa> [분 AML 크기] [분 게놈]
[무작위로 서브샘플 에 X kb]
toGrimmFormat <모브 정렬> <게놈 1 chr 길이>... N chr 길이>
toMultiFastA 간격 파일> <출력 기지 이름>
toRawSequence 순서> <출력 파일>
유니크 머카운트 <정렬됨 결혼시키다 목록>
uniquify 나무 <넥서스 입력 파일> <넥서스 출력 파일>
입력 파일의 모든 나무에는 동일한 수의 분류군과 동일한 분류군이 있어야 합니다.
라벨
xmfa2maf <xmfa 입력> <마프 출력>
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 makeBadgerMatrix를 사용하세요.
