Englishํ”„๋ž‘์Šค์–ด์ŠคํŽ˜์ธ์–ด

์˜จ์›์Šค ํŒŒ๋น„์ฝ˜

nipy_tsdiffana - ํด๋ผ์šฐ๋“œ์˜ ์˜จ๋ผ์ธ

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ ๋˜๋Š” MAC OS ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ๋ฅผ ํ†ตํ•ด OnWorks ๋ฌด๋ฃŒ ํ˜ธ์ŠคํŒ… ์ œ๊ณต์—…์ฒด์—์„œ nipy_tsdiffana๋ฅผ ์‹คํ–‰ํ•˜์„ธ์š”.

์ด๊ฒƒ์€ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ ๋˜๋Š” MAC OS ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ์™€ ๊ฐ™์€ ์—ฌ๋Ÿฌ ๋ฌด๋ฃŒ ์˜จ๋ผ์ธ ์›Œํฌ์Šคํ…Œ์ด์…˜ ์ค‘ ํ•˜๋‚˜๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ OnWorks ๋ฌด๋ฃŒ ํ˜ธ์ŠคํŒ… ์ œ๊ณต์—…์ฒด์—์„œ ์‹คํ–‰ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” nipy_tsdiffana ๋ช…๋ น์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ:

์ด๋ฆ„


nipy_tsdiffana - ์‹œ๊ณ„์—ด ์ฐจ์ด ์ธก์ •ํ•ญ๋ชฉ ๋ถ„์„, ํ”Œ๋กฏ

๊ธฐ์ˆ 


์‚ฌ์šฉ๋ฒ•: nipy_tsdiffana [-h] [--out-file OUT_FILE] [--write-results]

[--์•„์›ƒ-๊ฒฝ๋กœ OUT_PATH]
[--out-fname-label OUT_FNAME_LABEL] [--์‹œ๊ฐ„์ถ• TIME_AXIS] [--์Šฌ๋ผ์ด์Šค์ถ•
SLICE_AXIS] ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„

์‹œ๊ณ„์—ด ์ฐจ์ด ์ธก์ •ํ•ญ๋ชฉ ๋ถ„์„, ํ”Œ๋กฏ

์œ„์น˜ ์ธ์ˆ˜ :
ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„
4D ์ด๋ฏธ์ง€ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„

optional ์ธ์ˆ˜ :
-h, --๋„์›€
์ด ๋„์›€๋ง ๋ฉ”์‹œ์ง€๋ฅผ ํ‘œ์‹œํ•˜๊ณ  ์ข…๋ฃŒ

--์•„์›ƒ ํŒŒ์ผ OUT_FILE
ํ™”๋ฉด์— ์ด๋ฏธ์ง€๋ฅผ ๋‚จ๊ธฐ๋Š” ๋Œ€์‹  ์“ธ ๊ทธ๋ž˜ํ”ฝ ํŒŒ์ผ

--์“ฐ๊ธฐ ๊ฒฐ๊ณผ
์ง€์ •๋œ ๊ฒฝ์šฐ ์ง„๋‹จ ์ด๋ฏธ์ง€์™€ ๋ถ„์„ ๋ณ€์ˆ˜๋ฅผ ์ž‘์„ฑํ•˜๊ณ  OUT_PATH์— ํ”Œ๋กฏํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
OUT_FILE๊ณผ ์ƒํ˜ธ ํ˜ธํ™˜๋˜์ง€ ์•Š์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

--์•„์›ƒ ๊ฒฝ๋กœ OUT_PATH
์ถœ๋ ฅ ์ด๋ฏธ์ง€ ํŒŒ์ผ์˜ ๊ฒฝ๋กœ(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์€ FILENAME ๊ฒฝ๋กœ)

--out-fname-๋ ˆ์ด๋ธ” OUT_FNAME_LABEL
์ถœ๋ ฅ ์ด๋ฏธ์ง€/ํ”Œ๋กฏ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„์˜ ์ค‘๊ฐ„ ๋ถ€๋ถ„

--์‹œ๊ฐ„์ถ• TIME_์ถ•
์‹œ๊ฐ„์— ๋Œ€ํ•œ ์ด๋ฏธ์ง€ ์ถ•

--์Šฌ๋ผ์ด์Šค ์ถ• SLICE_AXIS
์Šฌ๋ผ์ด์Šค์˜ ์ด๋ฏธ์ง€ ์ถ•

nipy_tsdiffana๋Š” 4D ์ด๋ฏธ์ง€ ๋ณผ๋ฅจ์— ๋Œ€ํ•ด ์‹œ๊ณ„์—ด ์ฐจ์ด ์•Œ๊ณ ๋ฆฌ์ฆ˜์„ ์‹คํ–‰ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
FMRI ๋ณผ๋ฅจ.

๋‹ค์Œ ์„ธ ๊ฐ€์ง€ ๋ชจ๋“œ ์ค‘ ํ•˜๋‚˜๋กœ ์ž‘๋™ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

* ๋Œ€ํ™”ํ˜•: ์‹œ๊ณ„์—ด ์ฐจ์ด ํ”Œ๋กฏ์ด ํ™”๋ฉด์— ๋‚˜ํƒ€๋‚ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์ด๊ฒƒ์ด

๊ธฐ๋ณธ ๋ชจ๋“œ

* ๋น„๋Œ€ํ™”ํ˜•, ํ”Œ๋กฏ ์ „์šฉ: ์‹œ๊ณ„์—ด ์ฐจ์ด ํ”Œ๋กฏ์„ ๊ทธ๋ž˜ํ”ฝ์— ์ž‘์„ฑ

ํŒŒ์ผ. "--out-file= ์‚ฌ์šฉ " ์ด ๋ชจ๋“œ๋ฅผ ํ™œ์„ฑํ™”ํ•˜๋Š” ์˜ต์…˜

* ๋น„๋Œ€ํ™”ํ˜•, ํ”Œ๋กฏ, ์ด๋ฏธ์ง€ ๋ฐ ๋ณ€์ˆ˜ ์“ฐ๊ธฐ: ํŒŒ์ผ์— ํ”Œ๋กฏ ์“ฐ๊ธฐ ๋ฐ

์ƒ์„ฑ๋œ ์ง„๋‹จ ์ด๋ฏธ์ง€์™€ ๋ณ€์ˆ˜๋„ ํŒŒ์ผ์— ๊ธฐ๋กํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์‚ฌ์šฉ
์ด ์˜ต์…˜์„ ํ™œ์„ฑํ™”ํ•˜๋ ค๋ฉด "--write-results" ํ”Œ๋ž˜๊ทธ๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜์„ธ์š”. ์ƒ์„ฑ๋œ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„์˜ ์ถœ์ฒ˜๋Š” ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
"--out-path" ๋ฐ "--out-fname-label" ์˜ต์…˜์˜ ๊ฒฐ๊ณผ(๋„์›€๋ง ์ฐธ์กฐ)

์“ฐ๊ธฐ ๊ฒฐ๊ณผ ์˜ต์…˜, ์ƒ์„ฑ๋œ ํŒŒ์ผ -------------------------------------

์‹œ์  ๋ถ„์„์„ ํ•  ๋•Œ ๊ฐ ์‹œ์  ๊ฐ„์˜ ์ฐจ์ด ๋ณผ๋ฅจ์„ ๋งŒ๋“ญ๋‹ˆ๋‹ค.
ํฌ์ธํŠธ์™€ ์‹œ๋ฆฌ์ฆˆ์˜ ๋‹ค์Œ ์‹œ์ . T ๋ณผ๋ฅจ์ด ์žˆ๋Š” ๊ฒฝ์šฐ
(T-1) ์ฐจ์ด ๋ณผ๋ฅจ. ์„œ๋กœ ๋‹ค๋ฅธ ๋ถ€ํ”ผ์˜ ๋ฒกํ„ฐ DV๋ฅผ ํ˜ธ์ถœํ•˜๊ณ  ์ฒซ ๋ฒˆ์งธ
์ฐจ์ด ๋ณผ๋ฅจ DV[0]. ๋”ฐ๋ผ์„œ DV[0]์€ 4D์—์„œ ๋‘ ๋ฒˆ์งธ ๋ณผ๋ฅจ์„ ๋บ€ ๊ฒฐ๊ณผ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
4D ์ž…๋ ฅ ์ด๋ฏธ์ง€์˜ ์ฒซ ๋ฒˆ์งธ ๋ณผ๋ฅจ์—์„œ ์ž…๋ ฅ ์ด๋ฏธ์ง€. ์š”์†Œ๋ณ„ ์ œ๊ณฑ ๊ฐ’
DV[0]์˜ ๊ฐ’์€ *DV2[0]*์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

๋‹ค์Œ ์ด๋ฏธ์ง€๊ฐ€ ์ƒ์„ฑ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์ž…๋ ฅ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ ํ™•์žฅ์ž์ž…๋‹ˆ๋‹ค(์˜ˆ:
'.nii'):

* "dv2_max_ " : ๊ฐ ์Šฌ๋ผ์ด์Šค S๊ฐ€ ์Šฌ๋ผ์ด์Šค๋˜๋Š” 3D ์ด๋ฏธ์ง€ ๋ณผ๋ฅจ

ํ•ฉ์‚ฐ๋œ ์ตœ๋Œ€๊ฐ’์„ ๊ฐ–๋Š” DV2[T-0](์Šฌ๋ผ์ด์Šค S)๋ถ€ํ„ฐ DV2[1](์Šฌ๋ผ์ด์Šค S) ์ „์ฒด
์ œ๊ณฑ ๊ฐ’. ์ด ๋ณผ๋ฅจ์€ ์ตœ์•…์˜(๊ฐ€์žฅ ํฐ ์ฐจ์ด) ์กฐ๊ฐ์— ๋Œ€ํ•œ ์•„์ด๋””์–ด๋ฅผ ์ œ๊ณตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
์ „์ฒด ์‹œ๊ณ„์—ด์— ๊ฑธ์ณ.

* "dv2_mean_ " : ๋ชจ๋“  DV2 ๋ณผ๋ฅจ์˜ ํ‰๊ท  DV2[0] .. DV[T-1]

๋ณผ๋ฅจ(์‹œ๊ฐ„) ์ฐจ์›์— ๊ฑธ์ณ.
์ด ๋ณผ๋ฅจ์˜ ๋ณต์…€ ๊ฐ’์ด ๋†’์„์ˆ˜๋ก

์ด ๋ณต์…€์—์„œ๋Š” ์‹œ์  ๊ฐ„ ์ฐจ์ด๊ฐ€ ๋†’์€ ๊ฒฝํ–ฅ์ด ์žˆ์—ˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

๋˜ํ•œ ๊ฐ ์‹œ์ ์˜ ํ‰๊ท  ์‹ ํ˜ธ์™€ ๋‘ ์‹œ์  ๊ฐ„์˜ ํ‰๊ท  ์ œ๊ณฑ ์ฐจ์ด๋ฅผ ๊ธฐ๋กํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
"tsdiff_ .npz" ๋ผ๋Š” ์ด๋ฆ„์˜ 'npz' ํŒŒ์ผ์— ๋Œ€ํ•œ ๋ณ€์ˆ˜๋กœ ์‹œ๊ฐ„์˜ ๊ฐ ์กฐ๊ฐ

์ถœ๋ ฅ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„์˜ ํ˜•์‹์€ ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์Šต๋‹ˆ๋‹ค. /
์–ด๋”” ์—์„œ ์ง€์ •ํ•œ ๊ฒฝ๋กœ์ž…๋‹ˆ๋‹ค. --์•„์›ƒ ๊ฒฝ๋กœ ์˜ต์…˜ ๋˜๋Š” ์ž…๋ ฅ ๊ฒฝ๋กœ
ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„; ์œ„์˜ ํ‘œ์ค€ ์ ‘๋‘์‚ฌ ์ค‘ ํ•˜๋‚˜์ด๋ฉฐ ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์ด ์ง€์ •๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
--out-๋ ˆ์ด๋ธ”, ๋˜๋Š” ์ž…๋ ฅ ์ด๋ฏธ์ง€์˜ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„(๊ฒฝ๋กœ ๋ฐ ํ™•์žฅ์ž๊ฐ€ ์ œ๊ฑฐ๋จ) ๋ฐ
๊ทธ๋ž˜ํ”ฝ์˜ ๊ฒฝ์šฐ '.png'์ด๊ณ  ๋ณผ๋ฅจ์˜ ๊ฒฝ์šฐ ์ž…๋ ฅ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ ํ™•์žฅ์ž์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
์ด๋ฏธ์ง€. ์˜ˆ๋ฅผ ๋“ค์–ด ์ž…๋ ฅ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„ ``/some/path/fname.img``๋งŒ ์ง€์ •ํ•˜๋ฉด
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/some/๊ฒฝ๋กœ/dv2_max_fname.img`` ๋“ฑ

onworks.net ์„œ๋น„์Šค๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ ์˜จ๋ผ์ธ nipy_tsdiffana ์‚ฌ์šฉ


๋ฌด๋ฃŒ ์„œ๋ฒ„ ๋ฐ ์›Œํฌ์Šคํ…Œ์ด์…˜

Windows ๋ฐ Linux ์•ฑ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ

Linux ๋ช…๋ น

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