Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 plink1.9 명령입니다.
프로그램:
이름
PLINK - 전체 게놈 SNP 분석
기술
PLINK v1.90b3.31 64비트(3년 2016월 2일) https://www.cog-genomics.org/plinkXNUMX (C)
2005-2016 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU 일반 공중 라이선스 v3
다음 명령줄 플래그 정의에서
* [대괄호]는 필수 매개변수를 나타내며,
괄호는 그 성격을 설명합니다.
* 선택적 수정자를 나타냅니다(또는 '|'가 있는 경우 집합
상호 배타적인 선택적 수정자).
정확한 텍스트를 사용하세요.
정의(예: '--dummy acgt').
* 꺾쇠 괄호/정확한 텍스트 규칙에는 한 가지 예외가 있습니다.
대괄호 용어는 '=[값]'으로 끝나며, '[값]'은 가변 매개변수를 지정합니다.
* {중괄호}는 선택적 매개변수를 나타냅니다.
중괄호는 그 성격을 설명합니다.
* 줄임표(...)는 여러 매개변수를 입력할 수 있음을 나타냅니다.
지정된 유형.
plink [입력 플래그...] {명령 플래그...} {다른 플래그...} plink --도움 {깃발
이름...}
대부분의 PLINK 실행에는 정확히 하나의 기본 입력 파일 세트가 필요합니다. 다음 플래그를 사용할 수 있습니다.
형태와 위치를 정의하기 위해:
--b파일 {prefix} : .bed + .bim + .fam 접두사를 지정합니다(기본값 'plink').
--침대 [파일명] : .bed 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--bim [파일 이름] : .bim 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--가족 [파일 이름] : .fam 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--keep-autoconv
: 함께 --파일/--tfile/--lfile/--vcf/--bcf/--data/--23파일, 삭제하지 마세요.
실행이 끝나면 자동 생성된 바이너리 파일 세트.
--파일 {접두사}
: .ped + .map 파일 이름 접두사를 지정합니다(기본값 'plink').
--ped [파일 이름] : .ped 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--지도 [파일명] : .map 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--안돼
: .fam/.ped 파일에는 열 1(패밀리 ID)이 포함되어 있지 않습니다.
--부모 없음
: .fam/.ped 파일에는 3~4열(상위 항목)이 포함되어 있지 않습니다.
--섹스 금지
: .fam/.ped 파일에는 5열(성별)이 포함되어 있지 않습니다.
--노-페노
: .fam/.ped 파일에는 열 6(표현형)이 포함되어 있지 않습니다.
--t파일 {prefix} : .tped + .tfam 파일 이름 접두사를 지정합니다(기본값 'plink').
--tped [f이름]
: .tped 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--tfam [f이름]
: .tfam 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--l파일 {prefix} : .lgen + .map + .fam(긴 형식 파일 세트) 접두사를 지정합니다.
--lgen [f이름]
: .lgen 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--참조 [fn] : .lgen 입력과 함께 제공되는 기본 대립유전자 파일을 지정합니다.
--대립유전자수
: 함께 사용하는 경우 --l파일/--lgen + --참조, .lgen 파일을 지정합니다.
참조 대립 유전자 수를 포함합니다.
-VCF [파일 이름] : .vcf 또는 .vcf.gz 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--bcf [파일명] : BCF2 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--데이터 {접두사}
: Oxford .gen + .sample 접두사를 지정합니다(기본값 'plink').
--세대 [파일 이름] : .gen 또는 .gen.gz 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--bgen [에프] : .bgen 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--견본 [fname] : .sample 파일의 전체 이름을 지정합니다.
--23파일 [fname] {FID} {IID} {sex} {pheno} {pat. ID} {mat. ID} :
23andMe 입력 파일을 지정합니다.
--grm-gz {prfx}
: .grm.gz + .grm.id(GCTA 상대 매트릭스) 접두사를 지정합니다.
--grm-빈 {prfx} : .grm.bin + .grm.N.bin + .grm.id 지정(GCTA 삼각형
이진 관계 매트릭스) 파일 이름 접두사.
--가짜의 [샘플 ct] [SNP ct] {geno 주파수 누락} {pheno 주파수 누락}
이는 지정된 수의 샘플 및 SNP를 사용하여 가짜 입력 데이터 세트를 생성합니다.
기본적으로 누락된 유전자형 및 표현형 빈도는 XNUMX이며 유전자형은
As 및 Bs입니다(후자는 'acgt'/'1234'/'12'로 변경). '스칼라-페노'
수정자는 정규 분포 스칼라 표현형이 대신 생성되도록 합니다.
바이너리 하나.
--시뮬레이트 [시뮬레이션 매개변수 파일]
--시뮬레이트-qt [시뮬레이션 매개변수 파일]
--시뮬레이트 질병 관련 SNP가 포함된 가짜 입력 데이터세트를 생성합니다.
동안 --시뮬레이트-qt 정량적 특성 유전자좌가 있는 데이터 세트를 생성합니다.
출력 파일의 이름은 기본적으로 'plink.{extension}' 형식입니다. 당신은 변경할 수 있습니다
'plink' 접두사
--밖 [접두사]
: 출력 파일의 접두사를 지정합니다.
대부분의 실행에는 다음 명령 중 하나 이상이 필요합니다.
--침대를 만들다
새 바이너리 파일 세트를 만듭니다.
자동 텍스트를 바이너리로 변환하는 것과는 달리
변환기(염색체 필터에만 주의)는 PLINK의 모든 기능을 지원합니다.
필터링 플래그.
--메이크-저스트-빔
--만들기-가족 만들기
변형 --침대를 만들다 새로운 .bim 또는 .fam 파일만 작성합니다.
할 수 있습니다
.bim/.fam 입력에만 사용됩니다. 주의해서 사용하세요. 그것은 매우 쉽습니다
이를 사용하는 경우 이진 유전자형 데이터와 .bim/.fam 인덱스를 비동기화하십시오.
부적절하게 명령합니다. 의심이 든다면 계속 지켜보세요. --침대를 만들다.
--재코드 <01 | 12> <23 | A{-전치} | 광고 | 비글{-nomap} | 빔밤{-1chr}
| 화합물 유전자형 | 빠른 단계{-1chr} | HV{-1chr} | lgen{-ref} | 목록 | 옥스퍼드 |
목록 | 구조 | 조옮김 | vcf | vcf-fid | vcf-iid>
| gen-gz>
모든 필터가 적용된 새 텍스트 파일 세트를 만듭니다.
기본적으로
파일 세트는 .ped 및 .map 파일로 구성되며 다음으로 읽을 수 있습니다. --파일. * '12'
수정자는 A1(보통 소수) 대립유전자가 '1'로 코딩되도록 합니다.
A2 대립유전자는 '2'로 코딩되는 반면, '01'은 A1 -> 0 및 A2 -> 1로 매핑됩니다.
* '23' 수정자는 23andMe 형식의 파일을 생성합니다.
이
단일 샘플의 데이터에만 사용할 수 있습니다(--유지하다 편리할 수도 있습니다).
* 'AD' 수정자는 샘플 주요 추가(0/1/2) + 우세를 발생시킵니다.
(het = 1, 그렇지 않으면 0) R에서 로드하기에 적합한 구성 요소 파일입니다.
생성되었습니다. 주요 구성 요소를 원하지 않으면 대신 'A'를 사용하십시오. 필요한 경우
헤더 라인에 명명될 계산되지 않은 대립유전자의 경우 'include-alt' 수정자를 추가합니다.
* 'A-전치' 수정자는 변형 주요 추가 구성 요소 파일을 발생시킵니다.
생성됩니다.
* '비글' 수정자는 단계가 없는 자동체별 .dat 및 .map 파일을 생성합니다.
초기 BEAGLE 버전에서 읽을 수 있고 생성되는 반면 'beagle-nomap'은 생성됩니다.
단일 .beagle.dat 파일.
* 'bimbam' 수정자는 BIMBAM 형식의 파일 세트가 생성되도록 합니다.
입력 데이터에 염색체가 하나만 포함되어 있는 경우 대신 'bimbam-1chr'을 사용할 수 있습니다.
XNUMX열로 구성된 .pos.txt 파일을 작성합니다.
* 'compound-genotypes' 수정자는 쌍 사이의 공간을 제거합니다.
.ped + .map 파일 세트를 생성할 때 동일한 변형에 대한 대립 유전자 코드.
* 'fastphase' 수정자는 염색체당 fastPHASE 파일이
생성.
입력 데이터에 염색체가 하나만 포함되어 있는 경우 다음을 사용할 수 있습니다.
대신 파일 확장자에서 염색체 번호를 제외하려면 'fastphase-1chr'을 사용하세요.
* 'HV' 수정자는 Haploview 형식의 .ped + .info 파일 세트를
염색체별로 생성됩니다.
'HV-1chr'은 'fastphase-1chr'과 유사합니다.
* 'lgen' 수정자는 긴 형식의 파일 세트를 생성합니다(다음으로 로드 가능). --l파일)
'lgen-ref'는 (보통) 더 작은 긴 형식 파일 세트를 생성하는 반면
로드 가능 --l파일 + --참조.
* 'list' 수정자는 유전자형 기반 목록을 생성하는 반면 'rlist'는 유전자형 기반 목록을 생성합니다.
희귀 유전자형 파일 세트.
이러한 형식을 사용하면 'omit-nonmale-y'
수정자는 Y 염색체에서 남성이 아닌 유전자형이 생략되도록 합니다.
* 'oxford'를 사용하면 Oxford 형식의 .gen + .sample 파일 세트가 생성됩니다.
'gen-gz' 수정자도 포함하면 .gen 파일이 gzip으로 압축됩니다.
* '구조' 수정자는 구조 형식 파일이 생성되도록 합니다. *
'transpose'는 대체된 텍스트 파일 세트를 생성합니다(다음으로 로드 가능). --t파일). * 'vcf',
'vcf-fid' 및 'vcf-iid'를 사용하면 VCFv4.2 파일이 생성됩니다.
'vcf-fid' 및 'vcf-iid'는 각각 가족 ID 또는 가족 내 ID를 생성합니다.
마지막 헤더 행의 샘플 ID에 사용되는 반면 'vcf'는 ID와
사이에 밑줄을 넣습니다. 'bgz' 수정자가 추가되면 VCF 파일은
블록 압축. A2 대립유전자는 참조로 저장되며 일반적으로 그렇지 않음으로 표시됩니다.
실제 참조 게놈('PR' INFO 필드 값)을 기반으로 합니다. 중요한 때
올바른 참조 대립유전자도 포함하고 싶을 것입니다. --a2-대립유전자 and
--real-ref-대립유전자 당신의 명령에.
* 'tab' 수정자는 출력을 대부분 탭으로 구분하여 만듭니다.
대부분 공백으로 구분됩니다.
'tabx' 및 'spacex'는 모든 탭과 모든 탭을 강제 실행합니다.
각각 공간.
--플립 스캔
(별명: --플립스캔) 케이스/대조군 가닥 불일치에 대한 LD 기반 스캔.
--write-covar
경우 --코바르 파일이 로드되었습니다. --침대를 만들다/--그저 유명하게 만들고 --재코드 자동적으로
업데이트된 버전을 생성합니다(모든 필터가 적용됨). 그러나 그렇지 않은 경우
동시에 새로운 유전자형 파일을 생성하려면 다음을 사용할 수 있습니다. --write-covar 에
정리된 공변량 파일을 생성하면 됩니다.
--write-cluster
클러스터가 다음과 같이 지정된 경우 --이내에/--family, 새 클러스터 파일이 생성됩니다.
(모든 필터가 적용된 상태) '생략-할당되지 않음' 수정자로 인해 클러스터링이 해제됩니다.
파일에서 생략할 샘플; 그렇지 않으면 해당 클러스터는 'NA'입니다.
--쓰기 세트
--세트 테이블
세트가 정의된 경우 --쓰기 세트 'END'로 종료되는 집합 멤버십 목록을 덤프합니다.
{출력 접두사}.set으로, 반면 --세트 테이블 변형별 세트 멤버십 테이블을 작성합니다.
{출력 접두사}.set.table로.
-병합 [.ped 파일 이름] [.map 파일 이름]
-병합 [텍스트 파일 세트 접두사]
--b병합 [.bed 파일 이름] [.bim 파일 이름] [.fam 파일 이름]
--b병합 [바이너리 파일 세트 접두사]
지정된 파일 세트를 처음에 로드된 파일 세트와 병합하여 결과를 다음에 기록합니다.
{출력 접두사}.bed + .bim + .fam. (더 이상 동시에 할 필요가 없습니다.
지정하다 --침대를 만들다.)
--병합 목록 [파일 이름]
텍스트 파일에 명명된 모든 파일 세트를 참조 파일 세트와 병합합니다(있는 경우).
지정. (그러나 이는 참조 없이 *사용될 수도 있습니다. 이 경우,
새로 생성된 파일 세트는 대부분의 다른 PLINK에서 참조로 처리됩니다.
작업.) 텍스트 파일은 다음과 같이 해석됩니다.
하나의 이름은 a의 접두사로 간주됩니다.
바이너리 파일세트.
* 한 줄에 정확히 두 개의 이름이 포함된 경우 해당 이름은 전체 이름으로 간주됩니다.
텍스트 파일 세트의 파일 이름(먼저 .ped, 그 다음 .map).
* 한 줄에 정확히 세 개의 이름이 포함된 경우 해당 이름은 전체 이름으로 간주됩니다.
바이너리 파일 세트의 파일 이름(.bed, .bim, .fam)
--쓰기-snplist
--목록-23-인델
--쓰기-snplist 모든 변종의 이름을 나열하는 .snplist 파일을 작성합니다.
지정한 필터 및 포함 임계값을 통과하지만
--목록-23-인델 23andMe 스타일 indel 호출로 하위 집합을 작성합니다(D/I 대립유전자
코드).
--목록-중복-변수
--목록-중복-변수 모든 그룹을 설명하는 .dupvar 파일을 작성합니다.
위치와 대립유전자 코드가 일치하는 변종. * 기본적으로 A1/A2 대립유전자
할당은 무시됩니다. '동일 참조 요구'를 사용하세요
이것을 무시하려면.
* 일반적으로 보고서에는 위치 및 대립 유전자 코드가 포함됩니다.
제거하려면
(예를 들어 직접 사용할 수 있는 파일을 생성합니다. --발췌/--제외), 'ids-only'를 사용하세요.
보고된 ID 중 하나라도 해당하는 경우 'ids-only' 모드에서는 이 명령이 실패합니다.
독특하지 않습니다.
* 'suppress-first'를 사용하면 각 그룹의 첫 번째 변형 ID가 생략됩니다.
보고서에서.
--주파수
--freqx
--주파수 기본 대립유전자 빈도(또는 '계수'인 경우 개수)를 생성합니다.
수정자가 있음) 보고합니다.
이는 다음과 결합될 수 있습니다. --이내에/--가족
대신 클러스터 계층화된 대립유전자 빈도/개수 보고서를 생성하거나
사례를 보고하고 대립유전자 빈도를 별도로 제어하는 'case-control' 수정자.
--freqx 다음과 함께 사용하도록 설계된 보다 자세한 유전자형 수 보고서를 생성합니다.
--읽기 빈도.
--잃어버린
샘플 및 변형 기반 누락 데이터 보고서를 생성합니다.
클러스터가 다음과 같은 경우
정의되면 변형 기반 보고서는 클러스터 계층화됩니다.
'gz'는
gzip으로 압축할 출력 파일.
--테스트-사고
누락된 통화와 측면 일배체형 간의 연관성을 확인합니다.
--튼튼한
Hardy-Weinberg 정확 검정 p-값 보고서를 생성합니다.
(이것은 그렇지 않습니다
동시에 더 이상 p-값을 필터링합니다. 사용 --hwe 그에 대한.)
와
'midp' 수정자, 테스트는 Graffelman에 설명된 mid-p 조정을 적용합니다.
J, Moreno V(2013) Hardy-Weinberg 평형에 대한 정확 검정의 중간 p-값.
--멘델
멘델 오류 보고서를 생성합니다.
'요약 전용' 수정자는 다음을 유발합니다.
.mendel 파일(모든 단일 오류 나열)을 건너뜁니다.
--헷
--ibc
근친교배 계수를 추정합니다.
--헷 순간 보고 방식
추정하는 동안 --ibc Yang J, Lee SH에 설명된 세 가지 값을 모두 계산합니다.
Goddard ME 및 Visscher PM(2011) GCTA: 게놈 차원의 복합 특성을 위한 도구
분석. (그 논문은 또한 우리가 관계 행렬 계산을 설명합니다.
재구현.) * 이 기능에는 적절한 MAF 추정이 필요합니다. 매우 있다면
를
즉각적인 파일 세트의 샘플, --읽기 빈도 사실상 의무사항이기 때문에
이 경우 전가된 MAF는 매우 부정확합니다.
* 그들은 또한 마커 세트가 대략적인 연관 평형 상태에 있다고 가정합니다. * 에 의해
기본 --헷 Nei의 예상에서 n/(n-1) 승수를 생략합니다.
동형접합성 공식.
'소표본' 수정자는 다음과 같이 만듭니다.
포함시키면서 강제로 --헷 즉시 창립자로부터 귀속된 MAF를 사용합니다.
데이터 세트.
--섹스 확인 {여성 최대 F} {남성 최소 F}
--섹스 확인 ycount {여성 최대 F} {남성 최소 F} {여성 최대 Y obs}
{남성 최소 Y obs}
--섹스 확인 y-only {여성 최대 Y obs} {남성 최소 Y obs}
--대체-섹스 {여성 최대 F} {남성 최소 F}
--대체-섹스 ycount {여성 최대 F} {남성 최소 F} {여성 최대 Y obs}
{남성 최소 Y obs}
--대체-섹스 y-only {여성 최대 Y obs} {남성 최소 Y obs}
--섹스 확인 일반적으로 입력 데이터 세트의 성별 할당을 다음과 비교합니다.
X 염색체 근친교배 계수로부터 귀속된 것. * X를 확인하세요.
염색체 유사상염색체 영역이 분리됨
꺼짐(예: --분할-x) 이것을 사용하기 전에.
* 또한 적절한 MAF 추정치가 필요합니다. 따라서 샘플이 거의 없습니다.
즉시 파일 세트, 사용 --읽기 빈도), 마커 세트는 대략적인 형태여야 합니다.
연계 평형.
* 기본적으로 F는 0.2보다 작은 추정치로 여성 통화를 산출하고 값을 산출합니다.
0.8보다 크면 남성 호출이 발생합니다.
숫자 매개변수를 전달하는 경우
--섹스 확인, 처음 두 개는 이러한 임계값을 제어합니다.
이제 Y 염색체 데이터를 고려하는 두 가지 모드가 있습니다. * 'ycount' 모드에서는
성별은 여전히 X 염색체로 결정되지만,
누락되지 않은 Y가 0보다 많을 때마다 여성 통화는 모호한 통화로 다운그레이드됩니다.
유전자형이 존재하며, 0 미만이 존재할 때 남성 호출은 다운그레이드됩니다.
(비율이 아니라 개수라는 점에 유의하세요.) 이러한 임계값은 다음을 사용하여 제어할 수 있습니다.
--섹스 확인 ycount의 선택적 세 번째 및 네 번째 숫자 매개변수입니다.
* 'y-only' 모드에서는 누락되지 않은 Y 유전자형 수에서 성별이 귀속됩니다.
이 경우 남성 최소 임계값의 기본값은 1이 아닌 XNUMX입니다.
--대체-섹스 성별 할당을 귀속된 값으로 변경하고,
그 외에는 동일 --섹스 확인.
다음과 함께 사용해야 합니다.
--침대를 만들다/--recode/--쓰기-covar.
-FST
(별명: --처음) 다음을 사용하여 각 상염색체 이배체 변이체에 대한 Wright의 Fst를 추정합니다.
Weir BS, Cockerham CC(1984)에 도입된 방법에 대한 F-통계량 추정
다음을 통해 정의된 일련의 하위 모집단을 고려한 인구 구조 분석
--이내에. 원시 및 가중 글로벌 평균도 보고됩니다. * 관심이 있으시면
글로벌 수단에서는 일반적으로 다음을 수행하는 것이 가장 좋습니다.
대략적인 연결 평형으로 설정된 마커에 대한 이 계산입니다.
* 하위 모집단이 두 개만 있는 경우 이를 다음으로 나타낼 수 있습니다.
케이스/컨트롤 상태를 확인하고 '케이스-컨트롤' 수정자를 사용하세요.
--독립 [창 크기] [단계 크기(변형 ct)] [VIF 임계값]
--indep-쌍별 [창 크기] [단계 크기(변형 ct)] [r^2 임계값]
--독립 쌍단계 [창 크기] [단계 크기(변형 ct)] [r^2 임계값]
대략적인 연관 평형의 마커 목록을 생성합니다.
와 더불어
'kb' 수정자, 창 크기는 변형 개수 단위가 아닌 킬로베이스 단위입니다.
('kb' 이전 공간은 선택 사항입니다. 즉 '--indep-pairwise 500kb 5 0.5' 및
'--indep-pairwise 500kb 5 0.5'는 동일한 효과를 갖습니다.) 다시 실행해야 합니다.
PLINK를 사용하여 --발췌 or --들어오지 못하게 하다 .prune.in/.prune.out 파일에 다음을 적용합니다.
다른 계산에 나열하십시오.
--NS
--r2
LD 통계 보고서.
--NS 원시 변형 간 상관 관계를 생성하는 반면
--r2 자신의 사각형을 보고합니다.
다음에서 모든 쌍에 대한 결과를 요청할 수 있습니다.
행렬 형식('bin' 또는 모양 수정자 중 하나를 지정한 경우)
테이블 형식('inter-chr') 또는 테이블 형식의 제한된 창(기본값). *
'gz' 수정자는 출력 텍스트 파일이 gzip으로 압축되도록 합니다. * 'bin'은 출력을 유발합니다.
배정밀도 이진법으로 작성되는 행렬
형식이고 'bin4'는 단정밀도 바이너리를 지정합니다.
매트릭스는
모양이 명시적으로 지정되지 않은 경우 정사각형입니다.
* 기본적으로 텍스트 행렬은 탭으로 구분됩니다. '공백'이 이것을 전환합니다. *
'in-phase'는 동위상 대립유전자 쌍이 있는 열을 테이블 형식의 열에 추가합니다.
보고합니다.
(아주 긴 대립유전자 코드에는 사용할 수 없습니다.)
* 'dprime'은 Lewontin의 D-prime 통계를 테이블 형식 보고서에 추가합니다.
r/r^2와 D-프라임이 모두 최대 우도 솔루션을 기반으로 하도록 강제합니다.
Gaunt T, Rodriguez S, Day I(2007)에서 논의된 삼차 방정식 정확한 삼차
쌍별 일배체형 빈도 추정을 위한 솔루션.
* 'with-freqs'는 테이블 형식 보고서에 MAF 열을 추가합니다. * 결과부터
파일이 쉽게 커질 수 있으므로 다음을 추가해야 합니다.
필터링되지 않고 분산되지 않은 모든 쌍을 요청할 때 'yes-really' 한정자
400개 이상의 변형에 대한 계산.
* 이러한 계산은 다음과 같이 세분화될 수 있습니다. --평행 한 (때에도
'사각형' 수정자가 활성화되어 있습니다).
--ld [변형 ID] [변형 ID]
이는 단일 변이 쌍에 대한 일배체형 빈도, r^2 및 D'를 표시합니다.
일배체형 빈도에 대해 생물학적으로 가능한 여러 가지 해결책이 있는 경우
삼차 방정식은 모두 표시됩니다(단지 최대 우도 솔루션 대신).
에 의해 식별 --NS---r2), HWE 정확한 테스트 통계와 함께 제공됩니다.
--show-태그 [파일 이름]
--show-태그 모든
* 파일이 지정된 경우 하나 이상의 변형을 태그한 모든 변형을 나열하십시오.
파일에 이름이 지정됩니다.
(이것은 일반적으로 원본의 상위 집합입니다.
목록(여기에서는 변형이 자체적으로 태그를 지정하는 것으로 간주되므로)
* 'all' 모드가 지정되면 각 변형에 대해 각 *기타* 변형이
태그가 보고됩니다.
--블록
Haploview의 블록 정의 해석을 통해 일배체형 블록을 추정합니다.
Gabriel S et al.이 제안했습니다. (2002) 인간의 일배체형 블록 구조
게놈. * 일반적으로 표현형이 누락된 샘플은 고려되지 않습니다.
계산; 'no-pheno-req' 수정자는 이 제한을 해제합니다.
* 일반적으로 크기 2 블록은 20kb를 초과할 수 없으며 크기 3 블록은 XNUMXkb를 초과할 수 없습니다.
30kb로 제한됩니다.
'no-small-max-span' 수정자는 이러한 문제를 제거합니다.
제한.
.blocks 파일은 PLINK 1.07의 유효한 입력입니다. --우연 명령.
그러나,
전에, --우연... 플래그 계열은 불량으로 인해 PLINK 1.9에서 다시 구현되지 않았습니다.
다른 소프트웨어에 비해 위상 정확도; 지금은 BEAGLE을 사용하는 것이 좋습니다.
사례/대조군 일배체형 연관 분석을 위해 PLINK 대신. (당신이 사용할 수있는
BEAGLE 3.3으로 데이터를 내보내려면 '--recode beagle'을 사용하세요.)
불편을 감수하고 다양한 변형을 개발할 계획입니다. --우연... 처리하는 플래그
데이터를 효과적으로 사전 단계화합니다.
--거리 <0-ibs>
(가중치) 게놈 거리에 대한 하부 삼각형 탭 구분 테이블을 작성합니다.
{output prefix}.dist에 대한 대립유전자 수 단위 및 해당 샘플 목록
{출력 접두사}.dist.id에 대한 ID입니다. .dist 파일의 첫 번째 행에는 단일 항목이 포함됩니다.
{게놈 1-게놈 2} 거리, 두 번째 행에는 {게놈 1-게놈 3}이 있고
{게놈 2-게놈 3} 거리 순서 등 * 일반적으로 수행하는 것이 가장 좋습니다.
이 계산은
대략적인 결합 평형.
* 'square' 또는 'square0' 수식자가 있는 경우 정사각형 행렬은
대신에 작성; 'square0'은 오른쪽 위 삼각형을 XNUMX으로 채웁니다.
* 'gz' 수정자가 있으면 압축된 .dist.gz 파일이 작성됩니다.
일반 텍스트 파일 대신.
* 'bin' 수정자가 있는 경우 다음의 이진(정사각형) 행렬
대신 R에서 로드하는 데 적합한 배정밀도 부동 소수점 값은 다음과 같습니다.
{출력 접두사}.dist.bin에 기록됩니다. ('bin4'는 단정밀도 숫자를 지정합니다.
대신.) 여전히 오른쪽 상단을 원할 경우 'square0'과 결합할 수 있습니다.
XNUMX으로 설정하거나 오른쪽 상단을 전혀 채우지 않으려는 경우 '삼각형'으로 설정합니다.
* 'ibs' 수정자가 있으면 상태별 항등 행렬이 작성됩니다.
{출력 접두사}.mibs로.
'1-ibs'는 게놈으로 표현되는 거리를 유발합니다.
{출력 접두사}.mdist에 기록될 비율(예: 1 - IBS). 결합
일반적인 .dist 파일도 생성하려는 경우 'allele-ct'입니다.
* 기본적으로 유전자형 호출이 누락된 경우 거리 재조정
대립 유전자 수 분포에 민감합니다. 변종 A가 평균적으로 기여하는 경우
변형 B보다 다른 쌍별 거리의 두 배, 변형 A에서 누락된 호출
누락 수정이 두 배 더 커집니다. 이 기능을 끄려면
(예를 들어 누락된 전화는 무작위가 아니기 때문에) '단순 누락'을 사용하세요.
수정 자.
* 계산은 다음과 같이 세분화될 수 있습니다. --평행 한.
--거리 행렬
--ibs-매트릭스
이러한 더 이상 사용되지 않는 명령은 '--distance 1-ibs flat-missing square'와 동일합니다.
및 '--distance ibs flat-missing square'는 각각 생성된다는 점을 제외하고
탭으로 구분된 텍스트 행렬 대신 공백을 사용합니다.
--make-rel
하부 삼각 분산 표준화된 실현 관계 행렬을 작성합니다.
{출력 접두사}.rel 및 해당 ID는 {출력 접두사}.rel.id입니다. * 그것은
일반적으로 에 설정된 마커에 대해 이 계산을 수행하는 것이 가장 좋습니다.
대략적인 결합 평형.
* 'square', 'square0', 'triangle', 'gz', 'bin', 'bin4'는 그대로 작동합니다.
on --거리.
* 'cov' 수정자는 분산 표준화 단계를 제거하여
대신 공분산 행렬을 계산합니다.
* 기본적으로 관계 행렬의 대각선 요소는 다음을 기반으로 합니다.
--ibcFhat1; Fhat2를 기반으로 하려면 'ibc3' 또는 'ibc2' 수정자를 사용하세요.
또는 Fhat3 대신.
* 계산은 다음과 같이 세분화될 수 있습니다. --평행 한.
--make-grm-gz
--make-grm-빈
--make-grm-gz GCTA의 원래 gzipped 목록에 관계를 작성합니다.
한 줄에 한 쌍씩 설명하는 형식입니다. --make-grm-빈 GCTA에 씁니다.
1.1+의 단정밀도 삼각 이진 형식. 이러한 형식은
유효한 관찰 수를 명시적으로 보고합니다(두 샘플 모두
누락된 호출)은 각 쌍에 대해 일부 스크립트에 유용한 입력입니다. 이것들
계산은 다음과 같이 나눌 수 있습니다. --평행 한.
--rel-컷오프 {발}
(별명: --grm-컷오프) 관련성이 있는 각 표본 쌍에서 하나의 구성원을 제외합니다.
주어진 컷오프 값(기본값 0.025)보다 큽니다. 이후 작업이 수행되지 않는 경우
남은 샘플 목록이 디스크에 기록되도록 하면 다음 위치에 저장됩니다.
{출력 접두사}.rel.id. 남은 샘플 크기를 최대화하는 것은
NP-하드 최대 독립 집합 문제와 동일하므로 탐욕스러운
최적성을 보장하는 대신 알고리즘을 사용합니다. (사용 --make-rel and
--유지하다/--더 나은 결과를 얻으려면 플래그를 제거하세요.)
--ibs-테스트 {순열 수}
--그룹디스트 {iters} {d}
사례/대조 표현형 데이터가 주어지면 이러한 명령은 세 가지 하위 집합을 고려합니다.
거리 행렬: 영향을 받은 샘플 쌍, 영향을 받지 않은 쌍, 영향을 받지 않은 샘플 쌍
영향을 받지 않은 샘플. 이러한 하위 집합 각각은 쌍별 게놈 분포를 갖습니다.
거리; --ibs-테스트 순열을 사용하여 p-값을 추정합니다. 즉, 어떤 유형의
쌍은 가장 유사하지만 --그룹디스트 사이의 차이점에 초점을 맞춘다.
이러한 분포의 중심을 찾고 delete-d를 통해 표준 오류를 추정합니다.
잭나이프.
--회귀 거리 {iters} {d}
쌍별 평균 표현형에 대한 쌍별 게놈 거리의 선형 회귀 및
그 반대의 경우 표준 오류에 대해 delete-d jackknife를 사용합니다. 스칼라 표현형은 다음과 같습니다.
필수의. * 매개변수가 0.6개 미만일 경우 d는 {명수}^XNUMX으로 설정됩니다.
둥근
아래로.
매개변수가 없으면 100번의 반복이 실행됩니다.
--regress-rel {iters} {d}
쌍별 평균 표현형에 대한 쌍별 게놈 관계의 선형 회귀,
그 반대. iters 및 d의 기본값은 과 동일합니다. --회귀 거리.
--게놈
혈통별 신원 보고서를 생성합니다. * 일반적으로 이 작업을 수행하는 것이 가장 좋습니다.
에 설정된 마커에 대한 계산
대략적인 결합 평형.
* 'rel-check' 수정자는 FID가 다른 샘플 쌍을 제외합니다.
최종 보고서부터.
* 'full'은 원시 쌍별 비교 데이터를 보고서에 추가합니다. * P(IBD=0/1/2)
이 명령에 사용된 추정기는 때때로 다음을 산출합니다.
[0,1] 범위 밖의 숫자; 기본적으로 이러한 항목은 잘립니다.
이 어플리케이션에는 XNUMXµm 및 XNUMXµm 파장에서 최대 XNUMXW의 평균 출력을 제공하는
'unbounded' 수정자는 이 클리핑을 끕니다.
* 그런 다음 PI_HAT^2 < P(IBD=2)일 때 'nudge'는 최종 P(IBD=0/1/2)를 조정합니다.
이론적으로 가능한 구성으로 추정합니다.
* 계산은 다음과 같이 세분화될 수 있습니다. --평행 한.
--homozyg
--동형 접합-snp [최소 변수 개수]
--동형질-kb [최소 길이]
--homozyg-밀도 [최대 역밀도(kb/var)]
--homozyg-gap [최대 내부 간격 kb 길이]
--동형 접합체 [최대 헷트]
--homozyg-window-snp [스캔 창 크기]
--homozyg-window-het [스캐닝 창 히트의 최대 hets]
--homozyg-창-누락 [스캔 창 조회 시 최대 누락 통화]
--homozyg-창-임계값 [최소 스캔 창 적중률]
이 명령은 동형접합성 보고서 세트를 요청하며 다음을 수행할 수 있습니다.
생성 방법을 사용자 정의합니다. * 기본 설정에 모두 만족하시는 경우
아래에 설명된 설정은
사용 --homozyg 수정자 없이.
그렇지 않으면, --homozyg 당신이 변경할 수 있습니다
몇 가지 바이너리 설정: * 'group{-verbose}'는 겹치는 실행 풀에 대한 보고서를 추가합니다.
of
동형접합성.
(다음과 같은 경우 자동으로 설정됩니다. --homozyg-일치 존재합니다.)
* 'group{-verbose}'를 사용하면 'consensus-match'로 인해 쌍별 분할이 발생합니다.
풀의 합의 세그먼트에 있는 변형을 기반으로 일치가 호출됩니다.
쌍별 교차점의 변형보다.
* 스캔 창 알고리즘의 작동 방식으로 인해
ROH가 몇 가지 동형접합성 변이체에 인접해 있다고 보고했습니다.
'확장'
수정자는 해당 항목이 보고된 ROH에 포함되도록 합니다.
위반 --homozyg-밀도 경계.
* 기본적으로 세그먼트 bp 길이는 [end bp position]으로 계산됩니다.
[시작 bp 위치] + 1.
따라서 보고서는 일반적으로 약간 다릅니다.
끝에 1.07을 추가하지 않는 PLINK 1부터.
시험용
목적에 따라 '길이에서 1 빼기' 수정자를 사용하여 이전 값을 적용할 수 있습니다.
공식.
* 기본적으로 최소 100개의 변이가 포함된 동형접합성 실행만 실행됩니다.
총 길이가 1000킬로베이스 이상인 것으로 표시됩니다.
이것을 변경할 수 있습니다
최소값 --동형 접합-snp and --동형질-kb각각.
* 기본적으로 ROH에는 평균 50kb당 변형이 하나 이상 있어야 합니다.
이 경계를 다음과 같이 변경합니다. --homozyg-밀도.
* 기본적으로 두 개의 연속 변형이 1000kb 이상 떨어져 있으면
동일한 ROH에 있을 수 없습니다. 이 경계를 다음과 같이 변경합니다. --homozyg-gap.
* 기본적으로 ROH에는 이형접합 호출을 무제한으로 포함할 수 있습니다.
당신은 제한을 부과 할 수 있습니다 --동형 접합체.
* 기본적으로 스캔 창에는 50개의 변형이 포함되어 있습니다. 이걸로 바꾸세요
--homozyg-window-snp.
* 기본적으로 스캔 창 히트에는 최대 1개의 이형접합성이 포함될 수 있습니다.
통화 및 부재중 전화 5통; 다음으로 이러한 제한을 변경하세요. --homozyg-window-het and
--homozyg-창-누락각각.
* 기본적으로 변형이 ROH에 포함될 수 있으려면 조회수는
변형이 포함된 모든 검색 창의 비율은 0.05 이상이어야 합니다. 변화
이 임계값은 --homozyg-창-임계값.
--무리
쌍별 유사성 통계(일반적으로 IBS)를 사용하여 샘플을 클러스터링합니다. * 'cc'
수정자는 모든 클러스터가 최소한 하나의 케이스와 하나의 케이스를 갖도록 강제합니다.
제어 할 수 있습니다.
* 'group-avg' 수정자는 클러스터가 평균을 기준으로 결합되도록 합니다.
최소 쌍별 유사성 대신.
* '누락' 수정자는 클러스터링이 다음을 기반으로 하도록 합니다.
상태별 ID 대신 누락별 ID를 사용하고 공백으로 구분하여 씁니다.
누락별 식별 매트릭스를 디스크에 저장합니다.
* 'only2' 수정자는 .cluster2 파일(유효한 입력)만 발생시킵니다.
for --이내에) 작성 예정; 그렇지 않으면 2개의 다른 파일이 생성됩니다.
* 기본적으로 IBS 타이는 PLINK 1.07과 같은 방식으로 끊어지지 않으므로
최종 클러스터 솔루션은 서로 다른 경향이 있습니다.
이는 일반적으로 무해합니다.
그러나 테스트를 단순화하기 위해 'old-tiebreaks' 수정자를 사용하여 강제로 실행할 수 있습니다.
이전 알고리즘을 에뮬레이션합니다.
--pca {세다}
분산 표준화된 관계 행렬을 계산합니다(사용
--make-rel/--make-grm-gz/--make-grm-bin을 사용하여 덤프) 상위 20개를 추출합니다.
주요 구성 요소. * 일반적으로 이 계산은 마커에서 수행하는 것이 가장 좋습니다.
설정
대략적인 결합 평형.
* 숫자 매개변수를 전달하여 PC 수를 변경할 수 있습니다. * '헤더'
modifier는 .eigenvec 출력 파일에 헤더 라인을 추가합니다.
(동일한 이름의 GCTA 플래그와의 호환성을 위해 기본값은 헤더 없음입니다.
선.)
* 'tabs' 수정자는 .eigenvec 파일이 탭으로 구분되도록 합니다. *
'var-wts' 수정자는 PC에 추가 .eigenvec.var 파일을 요청합니다.
샘플 가중치 대신 변형 가중치로 표현됩니다.
--이웃 [n1] [n2]
(별명: --이웃) 각 샘플에서 n1번째부터 n번째까지의 IBS 거리를 보고합니다.
n2번째로 가까운 이웃, 연관된 Z-점수 및 해당 이웃의 신원입니다.
이상치 감지에 유용합니다.
--assoc
--assoc
--모델
기본 연관성 분석 보고서. 사례/대조 표현형이 주어지면, --assoc
1df 카이제곱 대립유전자 검정을 수행하는 반면 --모델 다음과 같이 4가지 다른 테스트를 수행합니다.
음(1df 우성 유전자 작용, 1df 열성 유전자 작용, 2df 유전형,
Cochran-Armitage 추세). * 'fisher'/'fisher-midp'를 사용하면 Fisher의 정확 검정은 다음과 같습니다.
생성하는 데 사용
p-값.
'fisher-midp'는 Lancaster의 mid-p 조정도 적용합니다.
* 'perm'은 적응 순열 테스트가 수행되도록 합니다. * 'mperm=[값]'
지정된 값으로 max(T) 순열 테스트를 수행합니다.
수행할 복제 수입니다.
* 'perm-count'를 사용하면 순열 테스트 보고서에 개수가 대신 포함됩니다.
주파수의.
* '카운트' 원인 --assoc 빈도 대신 대립유전자 수를 보고합니다. *
'set-test'는 변형 세트의 중요성을 테스트합니다. 순열이 필요합니다.
로 사용자 정의 할 수 있습니다 --set-p/--set-r2/--set-max.
* 'dom', 'rec', 'gen', 'trend'는 해당 테스트를 강제로 사용합니다.
의 기초로 --모델 순열.
(기본적으로 가장 중요한 것은
대립유전자, 우성, 열성 검사 중 결과를 사용합니다.)
* 'trend-only'는 추세 테스트만 수행하도록 합니다. 정량적으로 보면
표현형, --assoc 일반적으로 Wald 테스트를 수행합니다. * 이 경우 'qt-means'
수정자는 특성 수단과 표준을 유발합니다.
유전자형별로 계층화된 편차도 보고됩니다.
* 'lin'은 Lin 통계를 계산하고 이를 다음의 기초로 만듭니다.
다중 테스트 수정 및 순열 테스트.
다른 여러 플래그(가장 주목할만한 것은 --aperm)을 사용하여 사용자 정의할 수 있습니다.
순열 테스트.
--음
(별명: --cmh)
--bd
--mh2
--homog
사례/대조군 표현형과 클러스터 세트가 주어지면, --음 2x2xK를 계산합니다
각 변형에 대한 Cochran-Mantel-Haenszel 통계, --bd 또한
승산비 동질성에 대한 Breslow-Day 테스트입니다. 순열 및 변형 세트 테스트
CMH(기본값) 또는 Breslow-Day('perm-bd'가 있는 경우) 통계를 기반으로 합니다.
지원됩니다. 다음과 같은 유사한 분석도 가능합니다. * --mh2 교환하다
사례/통제 상태 및 클러스터 구성원의 역할,
표현형 층화 IxJxK Cochran-Mantel-Haenszel 연관 테스트 수행
클러스터 할당과 유전자형 사이.
* --homog Breslow-Day 테스트에 대한 대안을 실행합니다.
카이제곱 통계의 분할.
--gxe {공변량 지수}
정량적 표현형과 케이스/대조군 공변량이 모두 주어졌을 때
--코바르 두 그룹을 정의하고, --gxe 다음에서 파생된 회귀 계수를 비교합니다.
한 그룹의 구성원만 다음에서 파생된 회귀 계수로 고려합니다.
상대방의 구성원만을 고려합니다. 기본적으로 첫 번째 공변량은
--코바르 파일은 그룹을 정의합니다. 예를 들어 '--gxe 3'을 사용하여 세 번째를 기반으로 합니다.
대신 공변량을 사용하세요.
--선의
--물류
정량적 변수에 대한 다공변량 연관 분석(--선의) 또는 케이스/컨트롤
(--물류) 표현형. 일반적으로 다음과 함께 사용됩니다. --코바르. * 'perm'은 일반적으로
수행할 적응 순열 테스트
주 효과인 반면 'mperm=[value]'는 max(T) 순열 테스트를 시작합니다.
* 'perm-count'를 사용하면 순열 테스트 보고서에 개수가 대신 포함됩니다.
주파수의.
* 'set-test'는 변형 세트의 중요성을 테스트합니다.
순열이 필요합니다.
로 사용자 정의 할 수 있습니다 --set-p/--set-r2/--set-max.
* '유전자형' 수정자는 가산 효과/우성 편차 2df를 추가합니다.
공동 테스트(0/1/2 및 0/1/0 코딩), 'hethom'은 0/0/1 및 0/1/0 코딩을 사용합니다.
대신에. 순열도 요청된 경우 이러한 수정자는 순열을 다음과 같이 만듭니다.
합동 테스트를 기반으로 합니다.
* '우성' 및 '열성'은 완전한 우성을 가정하는 모델을 지정합니다.
A1 대립유전자에 대한 열성.
* 'no-snp'는 표현형에 대해서만 회귀가 수행되도록 하며
게놈 데이터를 참조하지 않고 공변량.
순열도 다음과 같은 경우
요청하면 모든 공변량에 대한 결과가 보고됩니다.
* 'hide-covar'는 보고서에서 공변량 관련 행을 제거합니다. * 기본적으로 섹스
(남성 = 1, 여성 = 0)이 자동으로 추가됩니다.
X 염색체 변종에 대한 공변량이 있고 다른 곳에서는 없습니다.
'성별' 수식어
모든 곳에 추가되도록 하는 반면 'no-x-sex'는 이를 제외합니다.
* '상호작용'은 유전자형 x 공변량 상호작용을 모델에 추가합니다.
이
일반적인 순열 테스트와 함께 사용할 수 없습니다. 사용 --테스트 정의하기 위해
대신 순열 테스트 통계를 사용하세요.
* '인터셉트'는 인터셉트가 기본 보고서에 포함되도록 합니다. * 물류의 경우
회귀, '베타' 수정자는 회귀를 유발합니다.
승산비 대신 계수를 보고합니다.
* 함께 --선의, '표준 베타' 수정자는 표현형을 표준화합니다.
회귀 전에 평균 및 단위 분산을 XNUMX으로 만드는 모든 예측 변수.
--복용량 [대립유전자 투여량 파일]
--복용량 [목록 파일] 목록
--쓰기 복용량
변형 주요 대립 유전자 복용량 데이터가 포함된 텍스트 파일을 처리합니다(gzip으로 압축할 수도 있음). 이것
일반 입력 파일 세트와 함께 사용할 수 없습니다. 대신에 *만* 지정해야 합니다.
.fam 및 .map 파일도 가능하며 다른 명령은 지정할 수 없습니다. * PLINK
2.0은 유전자형 확률에 대한 최고 수준의 지원을 제공합니다. 안
그러면 동등한 데이터 가져오기 플래그가 제공됩니다. --복용량 은퇴합니다.
* 기본적으로, --복용량 단 하나의 대립유전자 투여 파일만 있어야 한다고 가정합니다.
짐을 실은.
여러 파일을 지정하려면
1. 한 줄에 하나의 항목이 포함된 마스터 목록을 만듭니다.
보통 XNUMX개가 있는데
이 목록에 지원되는 형식: 줄당 파일 이름 또는 변형 배치 번호
첫 번째 열에는 파일 이름이 있고 두 번째 열에는 파일 이름이 있습니다.
2. 해당 목록의 이름을 첫 번째로 제공하십시오. --복용량 매개변수. 3.
'목록' 수정자.
* 기본적으로, --복용량 대립유전자 투여 파일에 헤더가 포함되어 있다고 가정합니다.
i+1 열에 'SNP', i+j+1 열에 'A2', i+j+2 열에 'A3'가 있는 라인,
i+j+k+4 열부터 시작하는 샘플 FID/IID입니다. (i/j/k는 일반적으로 XNUMX이지만
각각 'skip0', 'skip1', 'skip2'로 변경할 수 있습니다.) 이러한 헤더가 있는 경우
라인이 존재하지 않는 경우 * 모든 샘플이 라인에서와 동일한 순서로 나타나는 경우
.fam 파일,
'noheader' 수정자를 사용할 수 있습니다.
* 그렇지 않으면 'sepheader' 수정자를 사용하고 샘플 ID 파일 이름을 추가하세요.
'목록' 파일 항목에.
* '형식' 수정자를 사용하면 사용되는 값의 수를 지정할 수 있습니다.
각 복용량을 나타냅니다.
'format=1'은 일반적으로 단일 0..2 A1을 나타냅니다.
예상 개수; 'dose1'은 이를 0..1 빈도로 수정합니다.
'형식=2'
(기본값)은 0..1 동형접합성 A1 가능성과 0..1 het를 나타냅니다.
'format=3'은 0..1 hom A1, 0..1 het, 0..1 hom A2를 나타냅니다.
* 'Zout'을 사용하면 출력 파일이 gzip으로 압축됩니다. * 일반적으로 연관성 분석
수행됩니다. '표준 베타' 및
'섹스'는 예상대로 행동합니다. --선의/--물류.
'case-control-freqs'를 사용하면 사례 및 제어 대립유전자 빈도가 보고됩니다.
갈라져.
* 연관 분석을 수행하는 세 가지 대체 모드가 있습니다.
건너뛰세요. * 'occur'는 간단한 변형 발생 보고서를 요청합니다. *
--쓰기 복용량 '형식'과 일치하는 간단한 병합 파일을 생성합니다.
사양('dose1' 제외)이 생성됩니다.
* --점수 복용량에 선형 채점 시스템을 적용합니다.
--올가미 [h2 추정치] {최소 람다}
LASSO 회귀를 통해 변형 효과 크기를 추정합니다.
제공해야 합니다.
회귀를 교정하기 위한 가산적 유전성 추정. 참고로 이 방법은
효과적이려면 매우 큰 표본 크기(예: 수십만)가 필요할 수 있습니다.
복잡한 다유전적 특성에 대해.
--테스트 누락
Fisher의 방법을 사용하여 누락과 사례/통제 상태 간의 연관성을 확인합니다.
정확한 테스트. 'midp' 수정자는 Lancaster의 mid-p 조정이 적용되도록 합니다.
--make-perm-pheno [ct]
표현형 순열을 생성하고 이를 호출하지 않고 디스크에 씁니다.
연관 테스트.
--tdt
주어진 사례/대조 표현형에 따라 전송 불균형 테스트 통계 보고
및 혈통 정보. * 멘델 오류 검사는 메인 전에 수행됩니다.
테스트; 기분을 상하게 하는
이 분석에서는 유전자형이 누락된 것으로 처리됩니다.
* 기본적으로 기본 TDT p-값은 카이제곱 테스트를 기반으로 합니다.
'exact' 또는 'exact-midp'를 사용하여 정확한 이항 검정을 요청합니다.
* 'perm'/'mperm=[value]'는 제품군 기반 적응형 또는 max(T)를 요청합니다.
순열 테스트.
기본적으로 순열 검정 통계량은 다음과 같습니다.
기본 TDT p-값; 'parentdt1'/'parentdt2'는 parentTDT 또는 결합 테스트를 유발합니다.
대신 p-값을 각각 고려해야 합니다.
* 'set-test'는 변형 세트의 중요성을 테스트합니다.
이것은 사용할 수 없습니다
지금은 정확한 테스트를 통해
'poo' 수정자는 대신 원산지 분석이 수행되도록 합니다.
이형접합성 아버지와 이형접합성 어머니로부터의 전염이 고려됨
갈라져. * 현재 상위 원산지 분석은 정확한 결과를 지원하지 않습니다.
테스트. * 기본적으로 순열 검정 통계량은 절대값입니다.
원산지 테스트 Z 점수; 'pat'/'mat'는 아버지 또는 어머니의 TDT를 유발합니다.
대신 카이제곱 통계를 각각 고려해야 합니다.
--qfam
--qfam-부모
--qfam-사이
--qfam-전체
정량적 특성에 대한 QFAM 가족 기반 연관 테스트. * 멘델 오류 확인
주요 테스트 전에 수행됩니다. 기분을 상하게 하는
이 분석에서는 유전자형이 누락된 것으로 처리됩니다.
* 이 절차에는 순열이 필요합니다.
'perm'과 'perm-count'에는
일반적인 의미.
그러나 'mperm=[value]'는 고정된 숫자만 지정합니다.
순열; 이 방법은 적절한 max(T) 테스트를 지원하지 않습니다.
* 'emp-se' 수정자는 BETA 및 EMP_SE를 추가합니다(에 대한 경험적 표준 오류).
beta) 필드를 .perm 출력 파일에 추가합니다.
--주석 [PLINK 보고서]
변형 기반 PLINK 보고서에 주석을 추가합니다.
이를 위해서는
주석 소스: * 'attrib=[file]'은 (gzip으로 압축된) 속성 파일을 지정합니다.
* 'ranges=[file]'은 유전자/범위 목록 파일을 지정합니다. (두 가지 소스 유형 모두 가능합니다.
동시에 지정됩니다.) 다음 옵션도 지원됩니다. *
'filter=[file]'은 파일의 범위 중 하나 내의 변형만 발생시킵니다.
새 보고서에 포함됩니다.
* 'snps=[file]'은 파일에 명명된 변형만 포함되도록 합니다.
새로운 보고서.
* 'NA' 수정자는 주석이 없는 변형이 '.' 대신 'NA'를 갖도록 합니다.
새 보고서의 ANNOT 열에서 'prune' 수정자는 이를 제외합니다.
전적으로.
* '블록' 수정자는 단일 ANNOT 열을 0/1로 코딩된 열로 대체합니다.
가능한 각 주석에 대한 열입니다.
* '범위'를 사용하면
* 'subset=[file]'은 하위 집합 파일에 명명된 간격만
범위 파일에서 로드됩니다.
* 간격 주석은 일반적으로 괄호로 묶인 부호 있는 거리와 함께 제공됩니다.
간격 경계로(변형이 간격 내부에 있는 경우 0입니다.
없이는 항상 진실 --국경). '최소' 수정자를 사용하여 제외할 수 있습니다.
* '거리' 수정자는 부호를 설명하는 'DIST' 및 'SGN' 열을 추가합니다.
가장 가까운 간격까지의 거리.
* 언제 --pfilter 존재하면 높은 p-값이 필터링됩니다.
--덩어리 [PLINK 보고서 파일 이름...]
'SNP' 및 p-값 열이 포함된 프로세스 연관성 분석 보고서, 구성
LD 기반 덩어리에 의한 결과. 여러 파일 이름은 공백으로 구분하거나
쉼표.
--유전자 보고서 [PLINK 보고서] [유전자 범위 파일]
변형 기반 보고서에서 유전자 기반 보고서를 생성합니다. * 언제 --pfilter is
존재하는 경우 높은 p-값이 필터링됩니다. * 언제 --발췌 ('범위' 제외)는
현재는 이름이 지정된 변형만 있습니다.
--발췌 파일이 고려됩니다.
--메타 분석 [PLINK 보고서 파일 이름...]
--메타 분석 [PLINK 보고서 파일 이름...] +
'SNP' 및 'SE'를 사용하여 여러 변이 기반 보고서에 대한 메타 분석 수행
필드. * 일반적으로 각 입력에는 'OR' 승산비 필드도 있어야 합니다.
파일.
'logscale', 'BETA' 로그 확률 값/회귀 계수 사용
대신 예상되지만 생성된 보고서에는 여전히 승산비가 포함됩니다.
견적. 'qt'를 사용하면 입력 값과 출력 값이 모두 회귀 베타입니다.
* 일반적으로 'CHR', 'BP', 'A1' 필드도 필수입니다.
'지도 없음' 원인
모두 무시되는 반면 '대립유전자 없음'을 선택하면 'A1'만 무시됩니다.
* 'A2' 필드가 존재하고 'no-map'이나 'no-allele'이 모두 존재하지 않은 경우
지정하면 A1/A2 대립유전자 플립이 올바르게 처리됩니다.
그렇지 않으면 A1
불일치는 버려집니다.
* '연구'를 사용하면 연구별 효과 추정치가
메타분석 보고서.
* 'report-all'은 단일 입력 파일에만 존재하는 변형을 발생시킵니다.
메타분석 보고서에 포함됩니다.
* 'weighted-z'는 가중 Z 점수 기반 p-값을 요청합니다(
Abecasis Lab의 METAL 소프트웨어) 일반적인 역분산 기반 외에도
분석. 이를 위해서는 P 및 유효 표본 크기 필드가 필요합니다.
* 언제 --발췌 ('범위' 없음)이 존재합니다.
--발췌 파일이 고려됩니다.
* 'no-map'을 지정하지 않는 한 염색체 필터도 존중됩니다.
--빠른 전이
--상위증
상위성 상호작용을 검색합니다.
--빠른 전이 3x3 조인트 검사
유전자형 수 표는 사례/대조 표현형에만 적용됩니다.
--상위증 선형 또는 로지스틱 회귀를 수행합니다. * 기본적으로, --빠른 전이
PLINK 1.07 대립 유전자 기반 테스트를 사용합니다. 둘
이제 최신 테스트가 지원됩니다. 'boost'는 도입된 우도 비율 테스트를 호출합니다.
Wan X 외. (2010) BOOST: 유전자-유전자 상호작용 탐지를 위한 빠른 접근 방식
게놈 전체 사례 제어 연구에서 '관절 효과'는 관절을 적용합니다.
Ueki M, Cordell HJ(2012)에 도입된 효과 검정
게놈 전체 상호 작용 분석.
* 원래 --빠른 전이 테스트는 일반적으로 분산을 적용하고
Ueki와 Cordell의 논문에서 제안한 빈 셀 수정.
사용 중지하려면
그런 경우에는 'no-ueki' 수식어를 사용하세요.
* 'case-only'는 사례/대조군 테스트 대신 사례 전용을 요청합니다. * 기본적으로,
전체 게놈에 걸쳐 모든 변종 쌍이 테스트됩니다.
단일 세트 내의 변형 쌍만 테스트하려면 'set-by-set' 수정자를 추가하세요.
정확히 한 세트를 로드합니다. --세트/-make-set; 정확히 두 세트를 로드한 상태에서 모두
한 세트의 변형은 다른 세트의 모든 변형에 대해 테스트됩니다. '모두 설정'
대신 전체 게놈에 대해 한 세트의 모든 변종을 테스트합니다.
* 'nop'은 기본 보고서에서 p-값을 제거합니다. * 이러한 계산은 다음과 같습니다.
로 세분화 --평행 한; 하지만...
--epistatic-요약-병합 [공통 파일 접두사] [ct]
때 --{fast-}상피성 작업은 다음과 같이 세분화됩니다. --평행 한, 주요 보고서는 다음과 같습니다.
일반적인 방식으로 Unix 'cat'을 적용하여 마지막에 조립되었지만
.summary.1, .summary.2, ... 파일에는 특수한 병합이 필요할 수 있습니다.
--epistatic-요약-병합 후자를 처리합니다.
--twolocus [변형 ID] [변형 ID]
XNUMX개 유전자좌 공동 유전자형 수 보고서.
--점수 [파일 이름] {i} {j} {k}
각 샘플에 선형 채점 시스템을 적용합니다. 입력 파일에는 한 줄이 있어야 합니다.
점수가 매겨진 변형별로. #i열에서 Variant ID를 읽고, 대립유전자 코드를 읽습니다.
열 #j에서 점수를 읽으며 열 #k에서 점수를 읽습니다. 여기서 i의 기본값은 1, j입니다.
기본값은 i+1이고 k의 기본값은 j+1입니다. * '헤더' 수정자는 첫 번째
입력 파일의 비어 있지 않은 줄
무시당하다; 그렇지 않으면, --점수 헤더 라인이 없다고 가정합니다.
* 기본적으로 최종 점수는 유효한 변종별 점수의 평균입니다.
'sum' 수정자를 사용하면 합계가 대신 보고됩니다.
(이건 안 돼요.
'no-mean-imputation'과 함께 사용됩니다.
이전 버전과의 호환성을 위해 'sum'은
'no-sum'이 지정되지 않는 한 복용량 데이터가 자동으로 켜집니다.)
* 기본적으로 이름이 지정되지 않은 대립 유전자의 복사본은 점수에 XNUMX을 기여하지만
누락된 유전자형은 로드된 양에 비례하여 기여합니다(를 통해). --읽기 빈도)
또는 전가된 대립유전자 빈도. 대신 누락된 관측값을 버리려면(감소
이 경우 최종 평균의 분모),
'평균 대가 없음' 수식어.
* 또는 'center' 수정자를 사용하여 모든 점수를 다음으로 이동할 수 있습니다.
XNUMX을 의미합니다.
* 이 명령은 복용량 데이터와 함께 사용할 수 있습니다.
기본적으로 'CNT' 열
이 경우 출력 파일에서 생략됩니다. 유지하려면 'include-cnt'를 사용하세요. 또한,
점수에는 0..1 이배체 대립유전자 수가 아닌 0..2 용량을 곱합니다.
'이중 복용량' 수식어가 존재하지 않는 한.
--write-var-범위 [블록 CT]
변형 세트를 동일한 크기의 블록으로 나눕니다.
(다음과 함께 사용할 수 있습니다.
--snps 여러 컴퓨터에 작업을 분할하는 경우)
다음과 같은 다른 플래그가 지원됩니다. (작업 순서는 다음에 설명되어 있습니다.
https://www.cog-genomics.org/plink2/order .)
--스크립트 [fname] : 파일의 명령줄 옵션을 포함합니다.
--재실행 {통나무}
: 로그에서 명령을 다시 실행합니다(기본값 'plink.log').
--번역
: 종료하기 전에 버전 번호만 표시합니다.
--조용한
: 콘솔로의 출력을 억제합니다.
--gplink
: gPLINK와의 연동을 위해 예약되어 있습니다.
--누락된 유전자형 [char] : 누락된 유전자형 코드를 설정합니다(일반적으로 '0').
--이중 ID
: FID와 IID를 모두 VCF/BCF 샘플 ID로 설정합니다.
--const-fid {신분증}
: 모든 FID를 지정된 상수(기본값 '0')로 설정합니다.
--id-delim {디}
: 샘플 ID를 [FID][d][IID]로 구문 분석합니다(기본 구분 기호 '_').
--vcf-idspace-to [c] : 샘플 ID의 공백을 주어진 문자로 변환합니다.
--대립형 전용 : 2개 이상의 Alt를 사용하여 VCF 변형을 건너뜁니다. 대립 유전자.
--vcf-최소-품질 [발]
: QUAL이 낮거나 누락된 VCF 변형을 건너뜁니다.
--vcf-필터 {예외...}
: FILTER 오류가 있는 변형을 건너뜁니다.
--vcf-require-gt
: GT 필드가 없는 변형을 건너뜁니다.
--vcf-min-gq [발]
: GQ가 주어진 임계값 미만인 경우 유전자형을 호출하지 않습니다.
--vcf-min-gp [발]
: 0-1 스케일링된 GP가 지정된 임계값 미만인 경우 유전자형을 호출하지 않습니다.
--vcf-반 호출 [엠]
: '0/.' 방식을 지정합니다. 유사한 VCF GT 값을 처리해야 합니다. 다음과 같은
세 가지 모드가 지원됩니다: * 'error'/'e'(기본값) 오류가 발생하고 행 번호를 보고합니다.
* 'haploid'/'h'는 이를 반수체 호출로 처리합니다. * 'missing'/'m'은 이를 다음과 같이 취급합니다.
있어야 할 곳에 없는.
--옥스포드-싱글-chr [chr nm] : 단일 염색체 .gen 파일을 다음과 같이 지정합니다.
무시할 수 있는 첫 번째 열.
--옥스포드-페노-이름 [col nm] : .sample 파일에서 명명된 표현형을 가져옵니다.
--하드 콜 임계값 [발]
: Oxford 형식 파일 세트가 로드되면 호출됩니다.
--하드 콜 임계값 닥치는대로의
불확실성 수준이 0.1보다 큰 경우 일반적으로 누락된 것으로 처리됩니다. 당신은 할 수 있습니다
숫자 매개변수를 제공하여 이 임계값을 조정하거나
'무작위의'.
--누락된 코드 {string list} : 누락된 표현형의 쉼표로 구분된 목록
(별명: --missing_code)
Oxford 형식 파일 세트의 값(정의 'NA').
--시뮬레이트-ncases [숫자]
: 설정 --시뮬레이트 사례 수(기본값 1000)
--simulate-ncontrols [엔]
: 설정 --시뮬레이트 제어 개수(기본값 1000)
--시뮬레이트-유병률 [p] : 설정 --시뮬레이트 질병 유병률(기본값 0.01).
--시뮬레이트-n [숫자]
: 설정 --시뮬레이트-qt 샘플 수(기본값 1000)
--시뮬레이트 라벨 [접두사] : 설정 --시뮬레이트{-qt} FID/IID 이름 접두사입니다.
--시뮬레이트-누락 [주파수] : 설정 --시뮬레이트{-qt} 유전자형 빈도가 누락되었습니다.
--allow-extra-chr
: 인식할 수 없는 염색체 코드를 허용합니다. '0'
(별명: --aec)
수정자는 마치 XNUMX으로 설정된 것처럼 처리되도록 합니다.
--chr-세트 [상염색체 CT] :
인간이 아닌 염색체 세트를 지정합니다.
첫 번째 매개변수는
양성인 경우 이배체 상염색체 쌍, 음성인 경우 반수체 염색체. 주어진
이배체 상염색체, 나머지 수정자는 명명된 상염색체가 없음을 나타냅니다.
비 상 염색체 염색체.
--암소/--dog/--horse/--mouse/--rice/--sheep : 해당 종에 대한 바로가기입니다.
--상염색체 번호 [값]
: '--chr-set [값] no-y no-xy no-mt'의 별칭입니다.
--cm-맵 [fname 패턴] {chr} : SHAPEIT 형식의 재조합 맵을 사용하여 설정합니다.
센티모건 위치. 두 개 이상의 염색체를 처리하려면 '@'를 포함하세요.
첫 번째 매개변수는 chrom. 번호가 속합니다. 예:
'genetic_map_chr@_combined_b37.txt'.
--제로 cms
: 센티모건 위치를 제로화합니다.
--페노 [f이름]
: 파일의 값을 사용하는 대신 지정된 파일에서 표현형 데이터를 로드합니다.
기본 입력 파일 세트.
--모든 표현
: 기본 연관 테스트의 경우 다음의 모든 표현형을 반복합니다. --페노 파일.
--mpheno [엔]
: 열 (n+2)에서 표현형을 로드합니다. --페노 파일.
--pheno-이름 [c] : 만약 --페노 파일에 헤더 행이 있으면 열을 사용하세요.
주어진 이름.
--현상-병합
: 기본 입력 파일 세트에 샘플의 표현형 값이 포함되어 있지만
--페노 파일에서는 표현형을 다음과 같이 처리하는 대신 원래 값을 사용합니다.
있어야 할 곳에 없는.
--누락된 표현형 [v] : 누락된 표현형 값을 설정합니다(일반적으로 -9).
- 1 : 사례/대조 표현형은 0 = 대조, 1 = 사례로 코딩될 것으로 예상됩니다.
일반적인 0 = 누락, 1 = 대조, 2 = 사례.
--make-페노 [fn] [val] : 새로운 사례/대조 표현형을 정의합니다.
val 매개변수가 '*'인 경우 해당 파일에 나열된 모든 샘플은 케이스이며
다른 모든 사람은 통제자입니다. (일부 쉘에서는 다음이 필요하다는 점에 유의하십시오.
*를 따옴표로 묶습니다.) 그렇지 않으면 세 번째 열 항목이 있는 모든 샘플이 동일합니다.
val 매개변수에는 대소문자가 있으며 파일에 언급된 다른 모든 샘플은
통제 수단.
--tail-pheno [Lt] {Hbt} : 스칼라 표현형을 사례/대조군으로 다운코드
표현형. Hbt보다 큰 표현형 값을 갖는 모든 샘플은 케이스이며,
Lt보다 작거나 같은 값은 컨트롤입니다. Hbt가 지정되지 않은 경우
중위와 같음; 그렇지 않으면 중간 표현형 값이 누락으로 설정됩니다.
--코바르 [파일 이름] : 공변량 파일을 지정합니다.
--covar-이름 [...]
: 다음에 공변량을 지정합니다. --코바르 파일 이름으로. 여러 이름을 다음으로 구분하세요.
공백이나 쉼표를 사용하고 대시를 사용하여 범위를 지정합니다.
--covar-번호 [...]
: 다음에 공변량을 지정합니다. --코바르 인덱스별 파일.
--no-const-covar
: 상수 공변량을 제외합니다.
--이내에 [에프]
: 초기 클러스터 할당을 지정합니다.
--mwithin [엔]
: 열 n+2에서 클러스터 할당을 로드합니다.
--가족
: 각 Family ID에 대한 클러스터를 생성합니다.
--루프 연결 [에프]
: 지정된 케이스/제어 연관 명령을 각 클러스터에 대해 한 번씩 실행합니다.
클러스터 멤버십을 표현형으로 사용하는 파일입니다.
--세트 [파일 이름]
: .set 파일에서 세트를 로드합니다.
--세트 이름 [이름...]
: 명령줄에 이름이 지정된 세트만 로드합니다. 여러 이름을 구분하려면 공백을 사용하세요.
--하위 집합 [파일 이름]
: 주어진 텍스트 파일에 이름이 지정된 세트만 로드합니다.
--세트 축소 모두 [세트 이름] : 모든 세트를 병합합니다.
--보완 세트
: 모든 세트를 반전시킵니다. (이름에는 'C_' 접두사가 붙습니다.)
--make-set-complement-all [들] : --세트 축소 모두 + 반전.
--메이크 세트 [파일 이름]
: 명명된 bp 범위 목록에서 세트를 정의합니다.
--make-set-경계 [kbs]
: 스트레치 영역 --메이크 세트 파일.
--make-set-collapse-그룹
: 세트 대신 그룹에서 세트를 정의합니다. --메이크 세트 파일.
--유지하다 [파일 이름]
: 파일에 이름이 지정되지 않은 모든 샘플을 제외합니다.
--제거하다 [파일 이름]
: 파일에 명명된 모든 샘플을 제외합니다.
--keep-fam [파일 이름] : 파일에 이름이 지정되지 않은 모든 패밀리를 제외합니다.
--제거-가족 [f이름]
: 파일에 이름이 지정된 모든 패밀리를 제외합니다.
--발췌 [f] : 파일에 이름이 지정되지 않은 모든 변형을 제외합니다.
--들어오지 못하게 하다 [f] : 파일에 명명된 모든 변형을 제외합니다.
--클러스터 유지 [파일 이름]
: 개별적으로 또는 개별적으로 사용할 수 있습니다.
--keep-클러스터-이름 [이름...]
유지할 클러스터 목록을 정의하는 조합 클러스터에 속하지 않은 모든 샘플
그러면 해당 목록은 제외됩니다. 클러스터 이름을 구분하려면 공백을 사용하세요.
--keep-클러스터-이름.
--클러스터 제거 [파일 이름]
: 파일에 이름이 지정된 모든 클러스터를 제외합니다.
--클러스터 이름 제거 [name(s)...] : 명명된 클러스터를 제외합니다.
--유전자 [sets...] : 명령줄에 명명된 세트에 없는 변형을 제외합니다.
(여러 개의 세트 이름은 공백으로 구분합니다.)
--유전자-모두
: 어떤 세트에도 속하지 않는 변형을 제외합니다. (PLINK 1.07은 자동으로
어떤 상황에서는 이 문제가 발생합니다.)
--속성 [f] {att lst} : 변형에 속성을 할당하는 파일이 주어지고
--속성-indiv [에프] {a}
쉼표로 구분된 속성 이름 목록(공백 없음), 제거
파일에서 누락되었거나 다음 중 하나도 없는 변형/샘플
나열된 속성. 목록의 일부 속성 이름 앞에 '-'가 붙는 경우 해당 속성은
대신 '부정적 일치 조건'으로 처리됩니다. 하나 이상의 변형이 있는 경우
부정 일치 속성이 제거됩니다. 목록의 첫 번째 문자는 다음과 같을 수 없습니다.
'-', 명령줄 구문 분석 작동 방식으로 인해 발생합니다. 이동하려면 앞에 쉼표를 추가하세요.
이.
-CHR [문자...]
: 주어진 염색체에 없는 모든 변종을 제외합니다. 인간에게 유효한 선택
0(배치되지 않음), 1-22, X, Y, XY 및 MT입니다. 여러 염색체를 분리하는 방법
공백 및/또는 쉼표를 사용하고 대시(인접 공백은 허용되지 않음)를 사용하여
범위(예: '--chr 1-4, 22, xy').
--not-chr [...]
: 반대 -CHR (나열된 염색체의 변종 제외).
--상염색체
: 상염색체가 아닌 모든 변종을 제외합니다.
--상염색체-xy
: 염색체 코드가 XY인 경우를 제외하고 모든 비상염색체 변이를 제외합니다.
(X의 유사 상염색체 영역).
--snps 전용 : 다중 문자 대립유전자 코드가 있는 변종을 제외합니다.
--에서 [변수 ID]
: ID를 사용하여 로드할 변형 범위를 지정합니다. 사용시
--에 [var ID] 함께, 두 변종은 모두 동일한 염색체에 있어야 합니다.
-SNP [var ID] : 로드할 단일 변형을 지정합니다.
--제외-snp [] : 제외할 단일 변형을 지정합니다.
--창문
[kbs] : 와 -SNP or --제외-snp, 절반 내의 모든 변형을 로드/제외합니다.
명명된 것의 지정된 kb 거리.
-from-bp [위치]
: 물리적 위치를 사용하여 변형 범위를 정의합니다.
---bp
[pos] 로드. --kb에서/--to-kb/--from-mb/--to-mb XNUMX진수 허용
--kb에서 [위치]
가치. 또한 단일 염색체를 지정해야 합니다(다음을 사용하여
--to-kb
[위치] 예를 들어 -CHR) 이러한 플래그를 사용할 때.
--from-mb [위치]
--무덤
[위치]
--snps [변수 ID...]
: ID를 사용하여 로드할 변형 범위를 지정하거나
--제외-snps [...]
들어오지 못하게 하다. 예: '--snps rs1111-rs2222, rs3333, rs4444'.
--얇은 [p]
: 변형을 무작위로 제거하고 각 변형을 문제로 유지합니다. 피.
--얇은 개수 [n] : n개가 남을 때까지 변형을 무작위로 제거합니다.
--bp 공간 [bps] : 각 쌍이 다음보다 더 가깝지 않도록 변형을 제거합니다.
주어진 bp 거리. (VCFtools와 동일 --얇은.)
--thin-indiv [p]
: 무작위로 샘플을 제거하고 prob를 유지합니다. 피.
--얇은 개별 개수 [엔]
: n개가 남을 때까지 무작위로 샘플을 제거합니다.
--필터 [f] [val(s)...] : 세 번째 열 항목이 없는 모든 샘플을 제외합니다.
주어진 파일은 주어진 공백으로 구분된 값 중 하나와 일치합니다.
--mfilter [엔]
: 대신 (n+2)번째 열과 일치합니다.
--제노 {발}
: 누락된 호출 빈도가 임계값보다 큰 변형을 제외합니다(기본값)
0.1). (기본 임계값은 다음과 같은 경우에만 적용됩니다. --제노 호출 됨
매개변수 없이; 언제 --제노 호출되지 않으며 변형별 누락된 호출이 없습니다.
주파수 상한선이 전혀 적용되지 않습니다. 기타 포함/제외 기본 임계값
같은 방식으로 작업합니다.)
--정신 {발}
: 누락된 호출 빈도가 임계값보다 큰 샘플을 제외합니다(기본값)
0.1).
--의무-누락 [f1] [f2] : 누락된 유전자형 호출 블록을 지정합니다.
--제노/--무시해도 좋습니다. 첫 번째 파일에는 첫 번째 변형 ID가 있어야 합니다.
두 번째 파일에는 열과 블록 ID가 있어야 하고, 두 번째 파일에는 FID가 있어야 합니다.
첫 번째 열, 두 번째 열에 IID, 세 번째 열에 블록 ID입니다.
--치다
: 표현형이 누락된 샘플을 제거합니다.
-MAF {빈도}
: 작은 대립유전자 빈도가 임계값보다 낮은 변이를 제외합니다(기본값)
0.01).
-MAX-MAF [주파수]
: MAF가 임계값보다 큰 변형을 제외합니다.
--맥 [ct]
: 작은 대립유전자 수가 더 적은 변이체를 제외합니다.
(별명: --min-ac)
주어진 임계값.
--최대-맥 [ct]
: 다음보다 큰 소수 대립유전자 개수를 갖는 변종 제외
(별명: --최대-ac)
주어진 임계값.
--maf-succ
: 연속 MAF 추정 규칙(EIGENSOFT에서 사용됨). j개의 관측치가 주어졌을 때
하나의 대립유전자와 다른 대립유전자의 k >= j 관측치에서 (j+1) / (j+k+2)의 MAF를 추론합니다.
기본 j / (j+k) 대신.
--읽기 빈도 [fn] : 주어진 것으로부터 MAF 및 이형접합체 빈도를 추정합니다.
--주파수입력 파일 세트 대신 {x} 보고서.
--hwe [피] : Hardy-Weinberg를 사용한 변형 제외
임계값 아래의 평형 정확한 검정 p-값.
--나를 [t] [v] : 멘델 오류가 있는 트리오 및 변형을 필터링합니다.
주어진 기준을 초과하는 비율.
--me-제외-원 {비율} : 만들기 --나를 트리오당 하나의 샘플만 제외합니다.
--자격 점수 [f] {qcol} {IDcol} {skip} : 다음을 사용하여 변형을 필터링합니다.
품질 점수가 범위를 벗어났습니다. 이제 기본 범위는 [0, \infty )입니다.
--qual-임계값 [최소 품질 점수]
: 설정 --자격 점수 범위 층.
--qual-max-임계값 [최대 품질 점수]
: 설정 --자격 점수 범위 천장.
--섹스 금지
: 모호한 성별의 샘플을 분석 시 표현형이 누락된 것으로 간주하지 않음
명령. (자동적 인 /w --섹스 금지.)
--꼭 섹스를 해야 해
: 모호한 성별 표현형을 강제로 누락시킵니다.
--침대를 만들다/--make-just-fam/--recode/--write-covar.
--필터 케이스
: 현재 분석에는 케이스만 포함됩니다.
--필터 제어
: 컨트롤만 포함합니다.
--필터-남성
: 남성만 포함합니다.
--필터-여성
: 여성만 포함합니다.
--필터 설립자
: 창업자만 포함합니다.
--filter-nonfounders : 비창업자만 포함합니다.
--비창립자
: 대립유전자 빈도/HWE 계산에 비설립자를 포함합니다.
--make-설립자 : 해당 사용자의 부모 ID를 삭제하세요.
1개 이상의 부모가 누락되었습니다.
--recode-대립유전자 [fn] : 함께 --재코드 A/A-전치/AD, 이름이 지정된 대립유전자 수 계산
(그렇지 않으면 A1 대립유전자가 항상 계산됩니다.)
--출력-문자 [MT 코드] : 출력 파일의 염색체 코딩 방식을 다음과 같이 설정합니다.
원하는 인간 미토콘드리아 코드를 제공합니다. (옵션은 '26', 'M', 'MT',
'0M', 'chr26', 'chrM', 'chrMT'.)
--출력-누락-유전자형 [ch] : 누락을 나타내는 데 사용되는 코드를 설정합니다.
출력 파일의 유전자형(일반적으로 --누락된 유전자형 값).
--출력 누락 표현형 [s] : 누락을 나타내는 데 사용되는 문자열을 설정합니다.
출력 파일의 표현형(일반적으로 --누락된 표현형 값).
--제로 클러스터 [f] : 다음과 결합 --이내에/--패밀리, 블록 설정
유전자형 호출이 누락되었습니다. 입력 파일의 첫 번째 파일에는 변형 ID가 있어야 합니다.
두 번째에는 열과 클러스터 ID가 있습니다. 이제 다음과 함께 사용해야 합니다. --침대를 만들다 아니요
다른 출력 명령.
--set-hh-누락 : 원인 --침대를 만들다 and --재코드 이형접합성 반수체를 설정하려면
유전자형이 누락되었습니다.
--분할-x [bp1] [bp2] : 모든 X 염색체의 염색체 코드를 변경합니다.
--분할-x [짓다]
bp 위치 <= bp1 또는 >= bp2부터 XY까지의 변형. 다음 빌드 코드는
약어로 지원됨: * 'b36'/'hg18' = NCBI 36, 2709521/154584237 * 'b37'/'hg19'
= GRCh37, 2699520/154931044 * 'b38'/'hg38' = GRCh38, 2781479/155701383 기본적으로,
변형이 영향을 받지 않을 때 PLINK 오류가 발생합니다. --분할-x; '실패하지 않는 것'
수정자(스크립트에 유용함)가 이를 재정의합니다.
--병합-x
: XY 염색체를 X와 다시 병합합니다.
--나를 놓쳤다
: 원인 --침대를 만들다 멘델 오류를 누락으로 설정합니다.
--채우기 누락-a2 : 원인 --침대를 만들다 누락된 모든 통화를 다음으로 대체하려면
동형접합성 A2 호출.
--set-missing-var-ids [티]
: 염색체 코드가 있어야 하는 위치에 '@'과 '#'이 포함된 템플릿 문자열이 제공됩니다.
bp 좌표가 속한 곳, --set-missing-var-ids 할당하다
명명되지 않은 변종에 대한 염색체 및 bp 기반 ID. '$1' 및 '$2'를 사용하여 다음을 수행할 수도 있습니다.
템플릿 문자열에서 대립유전자 이름을 참조하면 실제로 이것이 필수적입니다.
여러 변형이 동일한 좌표를 공유하는 경우.
--new-id-max-대립유전자-len [n] : 최대 선행 문자 수를 지정합니다.
새로운 변형 ID에 포함할 대립유전자 이름(기본값 23).
--missing-var-code [string] : 명명되지 않은 변형 코드를 변경합니다(기본값 '.').
--업데이트-chr
[f] {chrcol} {IDcol} {skip} : 변종 염색체 코드를 업데이트합니다.
--업데이트-cm
[f] {cmcol} {IDcol} {skip} : 센티모건 위치를 업데이트합니다.
--업데이트 맵
[f] {bpcol} {IDcol} {skip} : 변형 bp 위치를 업데이트합니다.
--업데이트 이름 [f] {newcol} {oldcol} {skip} : 변형 ID를 업데이트합니다.
--업데이트 대립유전자 [fname] : 변형 대립유전자 코드를 업데이트합니다.
--대립유전자1234 : A/C/G/T 대립유전자를 1/2/3/4로 해석/기록합니다.
'multichar'를 사용하면 대립유전자 이름의 모든 A/C/G/T를 1/2/3/4로 변환합니다.
--대립유전자ACGT : 반대 --대립유전자1234.
--업데이트 ID [에프]
: 샘플 ID를 업데이트합니다.
--업데이트-부모 [f] : 부모 ID를 업데이트합니다.
--업데이트-섹스 [f] {n} : 성별을 업데이트합니다.
성별(1 또는 M = 남성, 2 또는 F = 여성, 0 = 누락)은 n+2 열에서 로드됩니다.
(기본값 n은 1입니다).
--튀기다 [파일 이름]
: 파일의 SNP ID에 대한 대립유전자(A<->T, C<->G)를 뒤집습니다.
--플립-하위 집합 [fn]
: 신청만 가능 --튀기다 샘플을 넣다 --플립-하위 집합 파일.
--플립-스캔-창 [ct+1] : 설정 --플립 스캔 최대 변형 ct dist. (정의 10).
--플립-스캔-창-kb [x] : 설정 --플립 스캔 최대 kb 거리(기본값 1000)
--플립-스캔-임계값 [x] : 설정 --플립 스캔 최소 상관관계(기본값 0.5)
--대립유전자 순서 유지
: .bim 파일에 정의된 대립유전자 순서를 유지합니다.
--real-ref-대립유전자
A2를 주요 대립유전자로 강제하는 대신. --real-ref-대립유전자 'PR'도 제거합니다.
에서 내보낸 INFO 값에서 --재코드 vcf{-fid/-iid}.
--a1-대립유전자 [f] {a1col} {IDcol} {skip} : 파일의 대립 유전자를 A1로 강제합니다.
--a2-대립유전자 [파일 이름] {a2col} {IDcol} {skip} :
파일의 대립유전자를 A2로 강제합니다.
("--a2-allele [VCF 파일 이름] 4 3 '#'",
VCF 파일에서 참조 대립유전자 할당을 긁어내는 기능이 특히 유용합니다.)
--개별 정렬 [m] {f} : FID/IID 정렬 순서를 지정합니다.
다음 네 가지 모드가 지원됩니다. * 'none'/'0'은 샘플을 순서대로 유지합니다.
그들은
짐을 실은.
비병합 작업의 기본값입니다.
* 'natural'/'n'은 '자연 정렬'을 호출합니다. 예:
'id2' < 'ID3' < 'id10'. 병합 시 기본값입니다.
* 'ascii'/'a'는 ASCII 순서로 정렬됩니다. 예:
'ID3' < 'id10' < 'id2'.
* 'file'/'f'는 주어진 파일(이름이 지정된)의 순서를 사용합니다.
두 번째 매개변수에서).
지금은 -병합/--bmerge/--병합 목록 및
--침대를 만들다/--make-just-fam 이 플래그를 존중합니다.
--표현형 포함 : 더 많은 샘플 정보를 포함하세요
새로운 .cov 파일에.
--더미 코딩 {N} : 범주형 변수 분할(n개 범주,
2 < n <= N, 기본값 N은 49) 공변량을 작성할 때 n-1 이진 더미 변수로
파일.
--병합 모드 [엔]
: 조정 --{b}숫자 코드를 기반으로 한 병합/--병합 목록 동작. 1(기본값) =
누락된 전화를 무시합니다. 그렇지 않으면 차이점이 있습니다.
-> 실종
2 = 원래 누락된 호출만 덮어씁니다. 3 = 누락되지 않은 호출만 덮어씁니다.
새 파일 4/5 = 덮어쓰지 않고 항상 덮어씁니다. 6 = 모두 보고
병합하지 않고 일치하지 않는 통화 7 = 병합하지 않고 불일치하고 누락되지 않은 통화를 보고합니다.
합병
--병합-동등-위치
: 함께 -병합/--bmerge/--merge-list, 이름이 다른 변형을 병합하지만
동일한 위치. (예외: 동일한 위치의 염색체 코드 0 변종은 그렇지 않습니다.
병합되었습니다.)
--멘델-듀오
: Mendel 오류 검사에서 데이터 세트에 상위가 하나만 있는 샘플을 고려하도록 합니다.
--멘델-다세대
: 멘델 오류 검사에서 부모가 조부모인 경우 (증대)조부모의 유전자형을 고려하도록 합니다.
유전자형 데이터가 누락되었습니다.
--ld-창 [ct+1] : 설정 --NS---r2 최대 변형 ct 쌍별 거리(보통 10).
--ld-창-kb [x] : 설정 --NS/--r2 최대 kb 쌍별 거리(보통 1000).
--ld-창-r2 [x] : 임계값 설정 --r2 보고서 포함(보통 0.2).
--ld-snp [변수 ID]
: 전체에서 첫 번째 변형을 설정합니다. --NS---r2 쌍.
--ld-snps [vID...] : 먼저 제한 --NS---주어진 범위에 대한 r2 변형입니다.
--ld-snp-목록 [에프]
: 먼저 제한 --NS---r2 var. 파일에 이름이 지정된 사람에게.
--전체 목록
: 사용 시 '전체' 모드 보고서를 생성합니다. --show-태그 파일 모드에서.
--태그-kb [kbs]
: 설정 --show-태그 최대 태그 kb 거리(기본값 250)
--태그-r2 [발]
: 설정 --show-태그 최소 태그 r-제곱(기본값 0.8)
--태그-모드2
: XNUMX열 사용 --show-태그 (파일 모드) I/O 형식.
--ld-xchr [코드]
: 다음에 대한 Xchr 모델을 설정합니다. --독립{-쌍별}, --NS/-r2, --플립 스캔및 --show-태그. 1
(기본값) = 수컷 코드 0/1, 암컷 0/1/2(A1 투여량) 2 = 수컷 코드 0/2 3 =
수컷은 0/2로 코딩되지만 암컷은 두 배의 가중치가 부여됩니다.
--블록-최대-kb [kbs]
: 설정 --블록 최대 haploblock 범위(def. 200).
--블록-최소-마프 [끊다]
: 조정 --블록 MAF 최소(기본값 0.05).
--blocks-strong-lowci [X]
: 설정 --블록 '강력한 LD' CI 임계값(기본값
--블록-강한-highci [X]
0.70 및 0.98).
--블록-recomb-highci [x] : '재조합' CI 임계값을 설정합니다(기본값 0.90).
--블록-알림-frac [X]
: haploblock [강한 LD 쌍]:[총 정보 쌍] 비율을 더 크게 강제합니다.
이 값(기본값 0.95)보다 높습니다.
--거리-중량 특급=[x]
: 게놈 거리를 계산할 때 각 변종에 (2q(1-q))^{-x}의 가중치를 할당합니다.
여기서 q는 로드되거나 추론된 MAF입니다.
--읽기 거리 [dist file] {id file} : 삼각 이진 거리 행렬 로드
처음부터 다시 계산하는 대신.
--ppc-갭 [발]
: 정보를 제공하는 마커 쌍 사이의 최소 염기쌍 수(천 단위)
에 사용 --게놈 PPC 테스트. 지정되지 않은 경우 500입니다.
--분 [끊다]
: 포함할 최소 PI_HAT를 지정합니다. --게놈 보고합니다.
--최대 [끊다]
: 포함할 최대 PI_HAT를 지정합니다. --게놈 보고합니다.
--homozyg-일치 [] : 공동 동형접합성에 대한 최소 일치성을 설정합니다.
선언할 쌍별 대립유전자 일치에 대한 변형입니다.
--풀 크기 [ct]
: '--homozyg group' 보고서에서 풀의 최소 크기를 설정합니다.
--읽기 게놈 [fn] : 로드 --게놈 보고하다 --무리/--대신 이웃
IBS 및 PPC 테스트 p-값을 처음부터 다시 계산합니다.
--ppc [p-발]
: 클러스터 내의 최소 PPC 테스트 p-값을 지정합니다.
--mc [최대 크기]
: 최대 클러스터 크기를 지정합니다.
--mcc [c1] [c2]
: 클러스터당 최대 사례 및 제어 개수를 지정합니다.
--케이 [분 카운트]
: 최소 클러스터 수를 지정합니다.
--ibm [발]
: 누락별 최소 신원을 지정합니다.
--성냥 [f] {mv} : 공변량 값을 사용하여 클러스터링을 제한합니다.
없이 --일치 유형, 두 표본은 모든 공변량이 있는 경우에만 동일한 클러스터에 있을 수 있습니다.
성냥. 선택적 두 번째 매개변수는 다음과 같이 처리할 공변량 값을 지정합니다.
있어야 할 곳에 없는.
--일치 유형 [f] : 해석을 구체화합니다. --성냥 파일.
이 어플리케이션에는 XNUMXµm 및 XNUMXµm 파장에서 최대 XNUMXW의 평균 출력을 제공하는 --일치 유형 파일은 다음 항목 수만큼 항목이 포함된 한 줄로 예상됩니다.
--성냥 파일에 공변량이 있습니다. '0' 항목은 '음수 일치'를 지정합니다(예: 샘플
동일한 공변량 값은 동일한 군집에 있을 수 없음), '1' 항목은 다음을 지정합니다.
'양수 일치'(기본값) 및 '-1'은 해당 공변량을 다음과 같이 만듭니다.
무시되었습니다.
--qmatch [f] {m} : 클러스터의 모든 구성원이 유사한 클러스터를 갖도록 강제합니다.
--qt [f이름]
정량적 공변량 값. 그만큼 --qmatch 파일에는 공변량 값이 포함되어 있습니다.
동안 --qt 파일은 음수가 아닌 허용오차 목록입니다(및 '-1' 표시).
건너뛸 공변량).
--pca-클러스터 이름 [...] : 개별적으로 또는 조합하여 사용할 수 있습니다.
--pca-클러스터 [f이름]
기본에서 사용할 클러스터 목록을 정의합니다. --pca 계산.
(--pca-클러스터 이름 공백으로 구분된 일련의 클러스터 이름을 예상하지만
--pca-클러스터 한 줄에 하나의 클러스터 이름이 있는 파일이 필요합니다.) 외부의 모든 샘플
그러면 해당 클러스터가 계산된 PC에 투영됩니다.
--mds-플롯 [흐리게] :
다차원 척도 분석.
필요 --무리.
--셀 [뒹굴다]
: 일부 건너뛰기 --모델 분할표 항목이 주어진 것보다 작은 경우 테스트
문지방.
--상태 [변수 ID] : 하나의 변형을 --선의
or --물류 공변량.
--조건 목록 [에프] : 파일에 이름이 지정된 변형을 추가합니다.
as --선의/--물류 covs.
--매개변수 [...]
: 주어진 공변량/상호작용만 --선의/--물류 모델,
1 기반 인덱스 및/또는 그 범위의 목록으로 식별됩니다.
--테스트 {...} : 지정된 용어에 대해 (공동) 테스트를 수행합니다.
--선의//1 기반 인덱스 및/또는 그 범위로 식별되는 로지스틱 모델입니다. 만약에
순열이 요청되었으므로 이 테스트를 기반으로 합니다. * 참고할 때
--매개변수 또한 존재하며,
인덱스는 가지치기 후 남은 용어를 나타냅니다.
--매개변수.
* '--tests all'을 사용하여 모든 용어를 포함할 수 있습니다.
--vif [최대 VIF]
: 다음에 대한 VIF 임계값을 설정합니다. --선의 다중공선성 검사(기본값 50).
--xchr-모델 [코드] : X 염색체 설정 --선의/---물류 모델.
0 = 성별 및 반수체 염색체 건너뛰기 1(기본값) = X에 공변량으로 성별 추가
염색체 2 = 남성 유전자형을 0/2 대신 0/1로 코딩 3 = 상호작용 테스트
유전자형과 성별 사이
--lasso-select-covars {cov(s)...} : 일부 또는 전체 공변량을 LASSO에 적용합니다.
모델 선택.
--조정하다
: 몇 가지 다중 테스트 수정 사항을 보고합니다.
--람다 [발]
: 다음에 대한 게놈 제어 람다를 설정합니다. --조정하다.
--ci [크기]
: 승산비에 대한 신뢰구간을 보고합니다.
--pfilter [발]
: p-값이 더 높은 연관성 테스트 결과를 필터링합니다.
--aperm [최소 허용 - 1] {최대 허용} {알파} {베타} {초기 간격} {경사} :
적응형 순열 테스트를 제어하는 최대 XNUMX개의 매개변수를 설정합니다. * 처음 두 개
최소 및 최대 순열 수를 제어합니다.
각 변형에 대해 실행될 수 있습니다. 기본값은 5와 1000000입니다.
* 다음 두 가지는 조기 종료 조건을 제어합니다.
A
100% * (1 - 베타/2T) 신뢰 구간은 각 경험적 p-값에 대해 계산됩니다.
여기서 T는 총 변형 수입니다. 이 신뢰 구간이 그렇지 않을 때마다
알파를 포함하는 경우 변형은 추가 순열 테스트에서 제외됩니다. 기본
값은 0과 1e-4입니다.
* 조기종료 조건을 확인할 때 마지막 XNUMX개의 컨트롤입니다.
If
순열 #p에서 검사가 발생하고, 다음 검사는 [slope]p + [init 이후에 발생합니다.
간격] 더 많은 순열(반내림). 기본 초기 간격은 1이고
기본 경사는 0.001입니다.
--mperm-저장
: 최상의 max(T) 순열 테스트 통계를 저장합니다.
--mperm-저장-모두 : 모든 max(T) 순열 검정 통계를 저장합니다.
--set-p [p-발]
: 집합 검정 유의 변형 p-값 상한선을 조정합니다(기본값 0.05).
--set-r2 {V}
: 세트 테스트 유의 변형 쌍별 r^2 상한을 조정합니다(기본값 0.5). '쓰다'
위반 쌍이 {output prefix}.ldset에 덤프됩니다.
--set-최대 [ct]
: 세트당 고려되는 중요한 변형의 세트 테스트 최대 개수를 조정합니다(기본값 5).
--세트-테스트-람다 [v] : 세트 테스트에 대한 게놈 제어 보정을 지정합니다.
--국경 [kbs]
: 연장하다 --주석 주어진 #kbs로 범위 간격을 지정합니다.
--주석-snp-필드 [nm] : 설정 --주석 변형 ID 필드 이름입니다.
--덩어리-p1 [pval] : 설정 --덩어리 인덱스 변수 p-값 상한(기본값 1e-4).
--덩어리-p2 [pval] : 설정 --덩어리 0.01차 p-값 임계값(기본값 XNUMX).
--덩어리-r2 [r^2]
: 설정 --덩어리 r^2 임계값(기본값 0.5).
--클럼프-kb [kbs]
: 설정 --덩어리 kb 반경(기본값 250).
--덩어리-snp-필드 [N...]
: 설정 --덩어리 변형 ID 필드 이름(기본값 'SNP') 여러 필드 이름을 사용하면
이전 이름이 이후 이름보다 우선합니다.
--덩어리 필드 [이름...]
: 설정 --덩어리 p-값 필드 이름(기본값 'P')
--덩어리-허용-겹침
: 허락하다 --덩어리 비인덱스 변수 여러 덩어리에 합류하십시오.
--덩어리 장황
: 요청이 연장되었습니다 --덩어리 보고합니다.
--덩어리 주석 [hdr...] : 이름이 지정된 추가 필드를 포함합니다. --덩어리 장황 and
--덩어리-최고 보고서. (필드 이름은 공백이나 쉼표로 구분할 수 있습니다.)
--덩어리 범위 [파일 이름]
: 덩어리와 영역 간의 중복을 보고합니다.
--덩어리 범위 경계 [kb] : 스트레치 영역 --덩어리 범위 파일.
--클럼프-인덱스-첫번째
: 발췌 --덩어리 인덱스 변수. 첫 번째 파일에서만.
--덩어리 복제
: 하나의 파일에서만 XNUMX차 결과가 포함된 덩어리를 제외합니다.
--덩어리-최고
: 각각에 대해 최상의 프록시를 보고합니다. --덩어리 인덱스 변수
--메타-분석-snp-필드 [n...] : 설정 --메타 분석 변형 ID, A1/A2
--메타-분석-a1-필드 [N...]
대립유전자, p-값 및/또는 유효 표본
--메타-분석-a2-필드 [N...]
크기 필드 이름. 기본값은 'SNP'입니다.
--메타-분석-p-필드 [N...]
'A1', 'A2', 'P', 'NMISS',
--메타-분석-ess-필드 [N...]
각기. 이러한 플래그에 여러 매개변수가 제공되면 이전 이름은
나중 것보다 우선합니다. 케이스와 컨트롤의 수가
동일하지 않으면 효과적인 표본 크기는 다음과 같아야 합니다.
4 / (1/[케이스 #개] + 1/[컨트롤 #개]).
--메타-분석-보고서-dups
: 동일한 파일에 변형이 여러 번 나타나면 이를 보고하세요.
--유전자 목록-경계 [kbs]
: 연장하다 --유전자 보고서 주어진 kb 수만큼 지역을 표시합니다.
--유전자 하위 집합 [파일 이름]
: 다음에 대한 유전자 이름 하위 집합을 지정합니다. --유전자 보고서.
--gene-report-snp-필드 [] : 세트 --유전자 보고서 변형 ID 필드 이름(기본값
'SNP'). 에만 관련됨 --발췌.
--갭 [kbs]
: '--fast-epistance case-only' 최소값을 설정합니다. 간격(기본값 1000).
--epi1 [p-값] : 설정 --{fast-}이상반응 보고 임계값(기본값)
'부스트'의 경우 5e-6, 그렇지 않은 경우 1e-4).
--epi2 [p-value] : SIG_E 수에 기여하기 위한 임계값을 설정합니다(def. 0.01).
--제셀민 [n] : 3x3x2 우발상황당 필요한 관측치 수를 설정합니다.
결합 효과 테스트를 위한 테이블 셀(기본값 5)
--q-점수-범위 [범위 파일] [데이터 파일] {i} {j} :
신청 --점수 예를 들어 기본 점수 목록에 있는 변형의 하위 집합
p-값 범위. * 첫 번째 파일은 첫 번째 열에 범위 라벨이 있어야 하며,
P-값이
두 번째 열의 하한값, 세 번째 열의 상한값입니다. 윤곽
항목이 너무 적거나 두 번째 또는 세 번째 열에 숫자가 아닌 값이 있는 경우
무시되었습니다.
* 두 번째 파일에는 변형 ID와 각 파일의 p-값이 포함되어야 합니다.
비어 있지 않은 줄(첫 번째 줄은 제외)
변형 ID는 다음에서 읽습니다.
열 #i와 p-값은 열 #j에서 읽혀집니다. 여기서 i의 기본값은 1과 j입니다.
기본값은 i+1입니다. 'header' 수정자는 이 파일의 첫 번째 비어 있지 않은 줄을 발생시킵니다.
건너뜁니다.
--평행 한 [k] [n] : 출력 행렬을 n 조각으로 나누고 계산만 합니다.
k 번째 조각. 기본 출력 파일에는 조각 번호가 포함됩니다.
이름(예: k가 13인 경우 plink.rel.13 또는 plink.rel.13.gz). 이 파일 연결
순서대로 관심 있는 전체 행렬이 생성됩니다. (예, 그 전에는 할 수 있습니다.
압축 해제.) NB 이것은 일반적으로 대칭형을 직접 작성하는 데 사용할 수 없습니다.
정사각형 행렬. 대신 square0 또는 삼각형 모양을 선택하고 다음과 같이 후처리합니다.
필요한.
--메모리 [발]
: 초기 작업공간 malloc 시도의 크기(MB)를 설정합니다. (실질적으로 필수
GNU 병렬을 사용할 때.)
--스레드 [발]
: 최대 동시 스레드 수를 설정합니다. 여기에는 한 가지 알려진 제한 사항이 있습니다.
BLAS/LAPACK 선형 대수 연산은 PLINK가 할 수 없는 방식으로 멀티스레드됩니다.
제어. 문제가 있는 경우 단일 스레드에 대해 다시 컴파일해야 합니다.
BLAS/라팩.
--디 [숯]
: 변형/공변량 범위 구분 기호(일반적으로 '-')를 변경합니다.
--씨앗 [발...]
: 난수 시드를 설정합니다. 각 값은 0에서 XNUMX 사이의 정수여야 합니다.
4294967295년을 포함합니다.
--perm-배치 크기 [val] : 일부 배치당 순열 수를 설정합니다.
순열 테스트.
--출력-최소-p [p] : 보고서에 쓸 최소 p-값을 지정합니다.
-디버그
: 더 느리고 충돌에 강한 로깅 방법을 사용합니다.
주요 방법 논문: Chang CC, Chow CC, Tellier LCAM, Vattikuti S, Purcell SM, Lee JJ
(2015) XNUMX세대 PLINK: 더 크고 풍부한 데이터 세트에 대한 도전에 부응합니다.
기가사이언스, 4.
추가 문서 및 지원은 기본 웹페이지를 참조하세요.
(https://www.cog-genomics.org/plink2) 및/또는 메일링 리스트
(https://groups.google.com/d/forum/plink2-users).
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 plink1.9 사용
