proda - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

proda - 반복 및 재배열이 있는 단백질 서열의 다중 정렬

개요

프로다 [option] [mfa파일] [> 출력]

기술

이 매뉴얼 페이지는 간략하게 설명합니다 프로다 명령.

프로다 (Protein Domain Aligner)는 다중 생성을 위한 공개 도메인 소프트웨어입니다.
반복 및 재배열이 있는 단백질 서열의 정렬, 예를 들어
여러 도메인.

입력으로 일련의 단백질 서열이 주어지면 ProDA는 먼저 로컬 쌍별 정렬을 찾습니다.
모든 쌍의 서열 사이에서 정렬 가능한 서열 단편의 블록을 형성하고,
마지막으로 블록의 여러 정렬을 생성합니다. ProDA는 사용된 많은 기술에 의존합니다.
in 프로콘 (<http://probcons.stanford.edu>), 최근 높은 수치를 보이는 다중교정기
다수의 인기 있는 벤치마크에서 정확도.

입력 FORMAT

Proda는 MFA 형식의 입력 파일을 허용합니다. MFA 형식은 다음과 같이 지정됩니다.

· MFA 형식은 여러 시퀀스로 구성됩니다.

· MFA 형식의 각 시퀀스는 한 줄 설명으로 시작하고 그 뒤에
시퀀스 데이터 라인;

· 설명 줄은 보다 큼(">")으로 시퀀스 데이터와 구별됩니다.
첫 번째 열의 기호.

출력 FORMAT

일련의 입력 시퀀스에 대해 Proda는 일반적으로 여러 블록을 차례로 출력하며 각 블록은 다음으로 구성됩니다.
정렬 가능한 시퀀스 조각. 각 블록 다음에는 다중 정렬이 이어집니다.

시퀀스 조각을 나열하여 블록을 지정합니다. 각 조각은 다음과 같이 출력됩니다.
sequence_name(start-end), 여기서 sequence_name은 원래 시퀀스의 이름이고
start 및 end는 조각이 각각 시작하고 끝나는 위치입니다.

Proda는 아래에 설명된 ClustalW(ALN) 형식으로 블록 정렬을 생성합니다.

· ClustalW 형식은 단일 헤더 라인과 시퀀스 데이터로 구성됩니다.
50개의 정렬 위치 블록;

· 각 블록은 다음으로 구성됩니다.

· 정렬의 각 서열에 대한 한 줄의 데이터 - 특히,
시퀀스 이름;

· 정렬의 50자;

· 완전히 보존됨(*), 강력하게 보존됨(:) 또는
약하게 보존된 열(.);

· 설명 줄은 보다 큼(">")으로 시퀀스 데이터와 구별됩니다.
첫 번째 열의 기호.

파스타 체재 for 출력
-fasta 옵션이 지정된 경우 ProDA는 일반 출력 외에도
FASTA 형식의 블록 정렬을 포함하는 파일. 출력 파일의 이름은 다음과 같습니다.
첫 번째 입력 파일 및 확장자 ".fasta". 두 개의 연속 블록 정렬은 다음과 같습니다.
문자 ´#´를 포함하는 행으로 구분됩니다.

FASTA 형식은 다음과 같습니다.

· FASTA 형식은 입력 파일에 제공된 모든 시퀀스로 구성됩니다.

· FASTA 형식의 각 시퀀스는 한 줄 설명으로 시작하고 그 뒤에
시퀀스 데이터 라인;

· 설명 줄은 보다 큼(">")으로 시퀀스 데이터와 구별됩니다.
첫 번째 열의 기호;

· 정렬된 잔기는 대문자이고 정렬되지 않은 잔기는 소문자입니다.

최종 정렬에는 각 시퀀스가 ​​한 번만 포함되므로 이 옵션은
입력 시퀀스에 반복이 포함되어 있지 않은 경우.

옵션

-L [최소_길이]

최소 정렬 길이를 [min_length]와 동일하게 설정합니다.

ProDA는 임계값 L보다 크거나 같은 길이의 선형을 찾습니다.
기본값은 L = 30입니다. 이 옵션은 임계값을 [min_length]로 설정합니다.

-후부

로컬 쌍별 정렬을 계산할 때 사후 디코딩을 사용합니다.

ProDA는 pair-HMM을 사용하여 두 시퀀스 간의 로컬 쌍별 정렬을 계산합니다.
Viterbi 디코딩 또는 사후 디코딩 중 하나입니다. 기본 옵션은 다음을 사용하는 것입니다.
비터비 디코딩은 사후 디코딩보다 빠르지만 덜 정확할 수 있습니다.
이 옵션을 켜면 얼라이너가 사후 디코딩을 대신 사용하도록 지시합니다. ~ 안에
위의 예에서는 -posterior 옵션을 켠 상태에서 출력이 생성되었습니다.

-조용한

정렬하는 동안 진행 상황을 보고하지 마십시오.

이 옵션을 켜면 얼라이너가 진행 상황을 보고하지 않도록 지시합니다.
정렬. 기본적으로 ProDA는 모든 쌍 정렬에 대한 진행 상황을 보고합니다. 블록
생성 및 블록 정렬 시. 알고리즘의 일부 단계, 특히
쌍별 정렬, 시간이 오래 걸릴 수 있음, 진행 상황을 보고하면 프로그램이 보입니다.
달리면서 살아.

-트란

정렬 가능한 시퀀스 조각의 블록을 형성할 때 전이성을 사용합니다.

두 시퀀스 조각은 로컬의 일부인 경우 직접 정렬할 수 있습니다.
쌍으로 정렬. 기본적으로 두 조각은 다음과 같은 경우에만 정렬 가능한 것으로 간주됩니다.
직접 정렬 가능한 경우. 이 옵션을 켜면 얼라이너가 다음을 지시합니다.
두 프래그먼트가 직접 정렬 가능하거나 둘 다일 때 정렬 가능한 것으로 간주합니다.
세 번째 조각에 직접 정렬할 수 있습니다.

-파스타

ClustalW 형식 외에 FASTA 출력 형식을 사용합니다.

이 옵션이 켜져 있으면 얼라이너는 FASTA 형식으로 출력을 생성합니다.
첫 번째 입력 파일과 확장자가 동일한 파일에 저장
".fasta", stdout에 대한 일반 출력 외에. 이 옵션을 사용해야 합니다
입력 시퀀스에 반복이 포함되지 않은 경우에만.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 proda 사용