pymvpa2-prep-afni-surf - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

prep_afni_surf - AFNI/SUMA용 FreeSurfer 표면 전처리

기술

사용법: pymvpa2-prep-afni-surf [-h] [-v] [-s SID] [-d SURFDIR] [-a ANATVOL]

[-e EPIVOL] [-x EXPVOL] [-E {예, 아니요}] -r 레디르
[-p 단계] [-l LD] [--덮어쓰기] [--hemi {l,r,l+r}] [-S {yes,no}] [--aea_opts
AEA_OPTS] [-I] [-A {예,아니오}] [-f {gifti,ascii}] [-T] [-t]

FreeSurfer 표면을 AFNI 데이터와 정렬하기 위한 해부학적 사전 처리.

다음과 같은 기능을 제공합니다.

- FreeSurfer 표면을 AFNI/SUMA 형식으로 변환합니다(SUMA_Make_Spec_FS 사용).

- 다양한 해상도에서 표준 토폴로지(MapIcosahedron 사용)로 표면을 다시 샘플링합니다.

- 기존 표면을 평균화하여 추가 표면을 생성합니다.

- AFNI/SUMA 해부학적 또는 기능적 볼륨에 freesurfer 출력의 공동 등록(사용
align_epi_anat.py).

- @AddEdge를 실행하여 공동 등록을 시각화합니다.

- 왼쪽(lh) 및 오른쪽(rh) 반구를 단일 파일(mh)로 병합합니다.

- 왼쪽+오른쪽으로 팽창된 표면의 다양한 보기를 생성합니다.

- SUMA 사양 파일 및 see_suma* 셸 스크립트를 생성합니다.

이 스크립트는 표면 재구성을 위해 FreeSurfer를 사용한 처리 파이프라인을 가정하고,
공동 등록 및 시각화를 위한 AFNI/SUMA. 특히 표면이
FreeSurfer의 정찰기를 사용하여 재구성되었습니다. 자세한 내용은
사용 가능한 문서 http://surfing.sourceforge.net

여러 세션의 EPI가 정렬된 경우 이 스크립트는 다른 디렉토리를 사용해야 합니다.
각 세션의 refdir에 대해 그렇지 않으면 이름 충돌이 발생할 수 있습니다.

이 함수는 기능 데이터를 리샘플링하거나 변환하지 않습니다. 대신 표면은
ANATVOL 또는 EPIVOL과 일치하도록 변환됩니다.

일반적인 사용법에는 세 가지 인수가 필요합니다. (1) "-e epi_filename" 또는 "-a
anat_filename" (2) "-d freesurfer/directory/surf" (3) "-r outputdir"' (*) "-T" [if
"epi_filename" / "anat_filename"은 템플릿(MNI/Tal) ​​공간에 있습니다."

배송 시 요청 사항:

- 얼라인먼트를 육안으로 확인하십시오.

- Nifti(.nii 또는 .nii.gz) 파일은 지원되지만 AFNI는 읽지 못할 수 있습니다.
{S,Q} 형식의 정보가 적절합니다. 기능 데이터가 다른 프로그램으로 사전 처리된 경우
AFNI보다, 다음과 같이 AFNI 이외의 다른 프로그램과의 정렬을 육안으로 확인하십시오.
MRI크론.

저작권

저작권 2010-2012 Nikolaas N. Oosterhof[이메일 보호]>

optional 인수 :
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시하고 종료

-v, --번역
프로그램의 버전 번호를 표시하고 종료

-s 시드, --sid SID
@SUMA_Make_Spec_FS에서 사용된 주제 ID

-d 서프디르, --surfdir 서프디르
FreeSurfer 서핑/디렉토리

-a 아나볼, --anatvol 아나볼
관심 있는 EPI 데이터와 일치한다고 가정되는 해부학적

-e 에피볼, --에피볼 에피볼
관심 EPI 데이터

-x 엑스볼, --expvol 엑스볼
SurfVol이 정렬되는 실험 볼륨

-E {예 아니오}, --이세피 {예 아니오}
실험 부피는 EPI(예) 또는 해부학적(아니요)입니까?

-r 레디르, -o 레디르, --refdir 레디르
볼륨 및 표면이 ANATVOL 또는
에피볼

-p 단계, --단계 단계
"+" 문자로 구분된 처리 단계. "all"은 기본값이며 이에 해당합니다.
"toafni+mapico+moresurfs +skullstrip+align+makespec+makespecboth+makesurfmasks"로

-l LD, --ld LD
Map80면체 선형 분할, 예: 16 또는 96+16(96 또는 XNUMX 모두에 대해). 기본값
is 4+8+16+32+64+128

--덮어쓰기
기존 파일 덮어쓰기

--헤미 {l,r,l+r}
처리할 반구([l+r])

-S {예 아니오}, --expvol_ss {예 아니오}
스컬 스트립 실험 볼륨([yes],no)

--aea_opts AEA_OPTS
align_epi_anat([-cmass cmass+xyz -큰_이동])

-I, --신원
SurfVol과 anat/epivol 간의 ID 변환 사용(정렬 없음)

-A {예 아니오}, --가장자리 추가 {예 아니오}
정렬된 볼륨에서 AddEdge 실행([예])

-f {선물,아스키}, --surfformat {선물,아스키}
표면의 출력 형식: 'ascii'(기본값 - 현재) 또는 'gifti'

-T, --주형
실험 부피('-e', '-a' 또는 '-x'로 제공됨)가 다음에 있음을 나타냅니다.
템플릿 공간. "-Allineate_opts '-maxrot 10 -maxshf 10 -maxscl 1.5 인치 "
에 --aea_opts

-t, --노트 템플릿
실험 볼륨('-e', '-a' 또는 '-x' 제공)이
템플릿 공간.

이 기능은 *실험적*입니다. 를 사용하여 --덮어쓰기 옵션은 제거 및/또는 덮어쓸 수 있습니다.
기존 파일.

onworks.net 서비스를 사용하여 pymvpa2-prep-afni-surf 온라인 사용