spidey - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

spidey - mRNA 서열을 게놈에 정렬

개요

첩보 [-] [-F N] [-G] [-L N] [-M 파일 이름] [-N 파일 이름] [-R 파일 이름] [-S 오후] [-T N]
[-X] [-a 파일 이름] [-c N] [-d] [-e X] [-f X] [-g X] -i 파일 이름 [-j] [-k 파일 이름] [-l N]
-m 파일 이름 [-n N] [-o 하위 버전] [-p N] [-r c/d/m/p/v] [-s] [-t 파일 이름] [-u] [-w]

기술

첩보 하나 이상의 mRNA 서열을 주어진 게놈 서열에 정렬하기 위한 도구입니다.
첩보 두 가지 주요 목표를 염두에 두고 작성되었습니다. 인트론과 상관없이 좋은 정렬 찾기
크기; 근처에 있는 유사유전자와 파라로그로 인해 혼동되지 않도록 하십시오. 처음을 향해
골, 첩보 BLAST 및 Dot View(또 다른 로컬 정렬 도구)를 사용하여
정렬; 둘 다 로컬 정렬 도구이기 때문에 첩보 본질적으로 하지 않는다
더 짧거나 더 긴 인트론을 선호하며 최대 인트론 크기가 없습니다. 실수를 피하기 위해
paralogs 및 pseudogenes의 엑손을 포함하여, 첩보 먼저 게놈에 대한 창을 정의합니다.
그런 다음 각 창 내에서 개별적으로 mRNA-게놈 정렬을 수행합니다.
창이 구성되는 방식 때문에 이웃하는 paralogs 또는 pseudogenes는 다음과 같아야 합니다.
별도의 창에 있어야 하며 최종 이음 정렬에 포함되지 않아야 합니다.

처음의 정렬 and 구조 of 게놈 창
첩보 단일 게놈 서열과 mRNA 접근 또는 FASTA 세트를 입력으로 사용
시퀀스. 모든 처리는 한 번에 하나의 mRNA 시퀀스로 수행됩니다. 각자의 첫걸음
mRNA 서열은 게놈 서열에 대한 엄격한 BLAST이다. 결과 조회수
게놈 창을 찾기 위해 분석됩니다.

BLAST 정렬은 점수별로 정렬된 다음 재귀 함수에 의해 창에 할당됩니다.
첫 번째 정렬을 취한 다음 모든 정렬 목록을 찾기 위해 아래로 내려가는 함수
첫 번째와 일치하는 정렬(mRNA의 동일한 가닥, mRNA 및
게놈 좌표는 겹치지 않고 선형적으로 일치함). 이후의 패스에서는
나머지 정렬은 검사되어 자체적으로 겹치지 않습니다.
정렬이 남지 않을 때까지 일관된 창. 얼마나 많은 유전자 모델이 있는지에 따라
원하는, 상단 n 창은 다음 단계로 넘어가도록 선택되고 나머지는
삭제됨

정렬 in 마다 창
게놈 창이 구성되면 초기 BLAST 정렬이 해제되고
이번에는 게놈에 대한 전체 mRNA로 또 다른 BLAST 검색이 수행됩니다.
창에 의해 정의된 영역과 초기 검색보다 낮은 엄격도에서. 첩보
그런 다음 욕심 많은 알고리즘을 사용하여 점수가 높고 겹치지 않는 하위 집합을 생성합니다.
두 번째 BLAST 검색에서 정렬. 이 일관된 세트는 다음을 위해 주의 깊게 분석됩니다.
전체 mRNA 서열이 정렬로 덮여 있는지 확인하십시오. 공백이 발견되면
정렬 사이에서 게놈 서열의 적절한 영역이 검색됩니다.
먼저 매우 낮은 엄격도의 BLAST를 사용하고 BLAST가
히트, DotView 기능을 사용하여 정렬을 찾습니다. 끝부분에 틈이 생겼을 때
정렬, BLAST 및 DotView 검색은 실제로
창의 경계. mRNA의 3' 말단이 완전히 정렬되지 않으면
먼저 poly(A) 꼬리의 존재를 검사했습니다. 정렬을 시도하지 않음
폴리(A) 꼬리인 것으로 보이는 mRNA 부분; 때로는 폴리(A) 꼬리가 있습니다.
그것은 게놈 서열과 일치하며, 이것들은 다음을 나타내기 때문에 주목됩니다
유사 유전자의 가능성.

이제 mRNA가 일련의 정렬에 의해 완전히 덮여 있으므로
정렬(현재 엑손당 하나의 정렬이 있어야 함)은 다음과 같이 조정됩니다.
정렬은 서로 정확하게 인접하여 양호한 접합 기증자에 인접하도록 합니다.
및 수용자 사이트. 가장 일반적으로 인접한 두 엑손의 정렬은 다음과 같이 겹칩니다.
mRNA 서열의 20개 또는 30개 염기쌍. 진정한 엑손 경계는
이 겹침, 또는 (우리가 경험적으로 보았듯이) 겹침 외부에 있는 몇 개의 염기쌍도 있습니다.
엑손 경계의 위치를 ​​지정하기 위해 겹치는 부분에 각 면에 몇 개의 염기쌍을 더한 값은 다음과 같습니다.
다른 스플라이스 매트릭스를 가진 기능을 사용하여 스플라이스 기증자 사이트에 대해 검사
선택한 유기체에 따라. 상위 몇 개의 스플라이스 기증자 사이트(점수 기준)는 다음과 같습니다.
원래 선형 경계에 얼마나 영향을 미치는지 평가됩니다. 해당 사이트
경계에 영향을 미치는 가장 작은 항목이 선택되고 존재 여부가 평가됩니다.
수용자 사이트. 정렬은 필요에 따라 잘리거나 확장됩니다.
겹치지 않도록 스플라이스 기증자 사이트에서 종료합니다.

끝 결과
창은 엑손당 퍼센트 동일성, 개수를 얻기 위해 주의 깊게 검사됩니다.
엑손당 갭, 전체 퍼센트 동일성, mRNA의 퍼센트 커버리지, 존재
정렬 또는 비정렬 폴리(A) 꼬리, 스플라이스 기증자 부위의 수 및 존재 또는
각 엑손에 대한 스플라이스 공여자 및 수용체 부위의 부재 및 mRNA의 발생
게놈 서열에 정렬되지 않은 5' 또는 3' 말단(또는 둘 다)을 갖는 것. 만약
전체 퍼센트 동일성 및 퍼센트 길이 적용 범위가 사용자 정의 컷오프보다 높은 경우
요약 보고서가 인쇄되고 요청된 경우 ID와 ID를 보여주는 텍스트 정렬이 인쇄됩니다.
불일치도 인쇄됩니다.

종간 정렬
첩보 종간 정렬을 수행할 수 있습니다. 의 주요 차이점
종간 정렬은 mRNA-게놈 동일성이 100%에 가깝지 않을 것이라는 것입니다.
종내 정렬에 있습니다. 또한 정렬에는 수많은 긴 간격이 있습니다. 만약에
첩보 종간 정렬을 수행하기 위해 정상 모드에서 사용되며, 유전자 모델을 생성합니다.
많은 짧은 엑손이 있습니다. 종간 플래그가 설정되면 첩보 다른 사용
BLAST 매개변수는 더 길고 더 많은 간격을 조장하고
불일치. 이렇게 하면 엑손의 정렬이 훨씬 더 길고 더 밀접하게 됩니다.
실제 유전자 구조에 가깝습니다.

적출 CDS 정렬
인셀덤 공식 판매점인 첩보 네트워크 인식 모드에서 실행되거나 mRNA에 ASN.1 파일이 사용되는 경우
기록, mRNA 정렬 및 인쇄에서 CDS 정렬을 추출할 수 있습니다.
CDS 정보도. CDS 정렬은 mRNA 정렬의 일부일 뿐이므로,
필요에 따라 엑손 정렬을 자르는 것은 비교적 간단합니다.
CDS 정렬을 생성합니다. 또한 번역되지 않은 영역이 이제 정의되므로
5' 및 3' 비번역 영역에 대한 퍼센트 동일성도 계산됩니다.

옵션

아래에 옵션 요약이 포함되어 있습니다.

- 사용 메시지를 인쇄합니다.

-F N 원하는 게놈 간격의 시작(부터, 0부터).

-G 입력 파일은 GI 목록입니다.

-L N 사용할 초대형 인트론 크기(기본값 = 220000).

-M 파일 이름
기증자 스플라이스 매트릭스가 있는 파일.

-N 파일 이름
억셉터 스플라이스 매트릭스가 있는 파일.

-R 파일 이름
필터링을 위해 blast 데이터베이스를 반복할 파일(경로 포함)입니다.

-S 오후 게놈 서열의 플러스(p) 또는 마이너스(m) 가닥으로 제한합니다.

-T N 원하는 게놈 간격의 중지(~까지, 0 기반).

-X 초대형 인트론 크기 사용(초기 및 말단 인트론의 한계 증가
100kb ~ 240kb 및 기타 모든 35kb ~ 120kb); 결과를 초래할 수 있습니다
훨씬 더 긴 계산 시간.

-a 파일 이름
다음을 사용하여 별도의 파일로 지시할 때 정렬을 위한 출력 파일 -p 3 (기본값 =
spidey.aln).

-c N 품질 관리를 위한 ID 컷오프(퍼센트).

-d 또한 주어진 mRNA 레코드에 해당하는 코딩 서열을 정렬하려고 시도합니다(
네트워크 액세스가 필요함).

-e X 1.0차 통과 e-값(기본값 = 10e-XNUMX). 값이 높을수록 속도가 빨라집니다.
감도의.

-f X 0.001차 통과 e-값(기본값 = XNUMX).

-g X 세 번째 패스 e-값(기본값 = 10).

-i 파일 이름
ASN.1 또는 FASTA 형식의 게놈 서열을 포함하는 입력 파일. 만약 당신의
컴퓨터가 GenBank에 액세스할 수 있는 네트워크에서 실행 중이면 대체할 수 있습니다.
파일 이름에 대한 원하는 액세스 번호.

-j ASN.1 정렬을 인쇄하시겠습니까?

-k 파일 이름
ASN.1 출력용 파일 -k (기본값 = spidey.asn).

-l N 길이 범위 컷오프(퍼센트).

-m 파일 이름
ASN.1 또는 FASTA 형식의 mRNA 서열을 포함하는 입력 파일 또는 목록
그들의 가입( -G). 컴퓨터가 다음을 수행할 수 있는 네트워크에서 실행 중인 경우
GenBank에 액세스하려면 파일 이름을 단일 액세스 번호로 대체할 수 있습니다.

-n N 입력 mRNA당 반환할 유전자 모델 수(기본값 = 1).

-o 하위 버전 주 출력 파일(기본값 = stdout, 에 의해 제어되는 내용 -p).

-p N 인쇄 정렬?
0 요약 및 정렬 함께(기본값)
1 그냥 요약
2 그냥 얼라인먼트
3 다른 파일의 요약 및 정렬

-r c/d/m/p/v
스플라이스 매트릭스를 결정하는 데 사용되는 게놈 서열의 유기체.
c C. 엘레
d Drosophila
m Dictyostelium discoideum
p 식물
v 척추동물(기본값)

-s 종간 정렬을 조정하십시오.

-t 파일 이름
4개의 탭으로 구분된 열에 기능 테이블이 있는 파일:
세키드 (예 : NM_04377.1)
name (뿐 반복 영역 현재 지원됨)
스타트 (0부터 시작)
중지 (0부터 시작)

-u 모든 입력 mRNA의 다중 정렬을 만듭니다(게놈에서 겹쳐야 합니다).
순서).

-w 마스킹할 입력 FASTA 시퀀스의 소문자를 고려하십시오.

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