이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 stellar 명령입니다.
프로그램:
이름
stellar - SwifT Exact Local Aligner
개요
별 [옵션]
기술
STELLAR는 SWIFT 필터 알고리즘(Rasmussen et al., 2006)을 구현합니다.
로컬 정렬, 간격 X-드롭을 적용하는 SWIFT 히트에 대한 검증 단계
확장 및 가장 긴 엡실론 일치 추출.
STELLAR에 대한 입력은 각각 FASTA의 하나 이상의 시퀀스를 포함하는 두 개의 파일입니다.
체재. 파일 1의 각 시퀀스는 파일 2의 각 시퀀스와 비교됩니다.
파일 1의 시퀀스는 데이터베이스로 사용되고, 파일 2의 시퀀스는 쿼리로 사용됩니다.
(c) Birte Kehr의 2010-2012
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시합니다.
--번역
버전 정보를 표시
주요 옵션 :
-e, --엡실론 NUM
최대 오류율(최대 0.25). 범위는 [0.0000001..0.25]입니다. 기본값: 0.05.
-l, --최소 길이 NUM
엡실론 일치의 최소 길이입니다. [0..inf] 범위에 있습니다. 기본값: 100.
-f, --앞으로
데이터베이스의 정방향 가닥에서만 검색합니다.
-r, --역전
데이터베이스의 역보수로만 검색합니다.
-a, --알파벳 STR
입력 시퀀스의 알파벳 유형(dna, rna, dna5, rna5, Protein, char). DNA 중 하나,
dna5, rna, rna5, 단백질 및 char.
-v, --말 수가 많은
상세 모드를 설정합니다.
필터링 옵션:
-k, --kmer NUM
Q-그램의 길이(최대 32개) [1..32] 범위에 있습니다.
-rp, --repeatPeriod NUM
복잡도가 낮은 반복의 최대 주기가 필터링됩니다. 기본값: 1.
-rl, --repeatLength NUM
복잡도가 낮은 반복의 최소 길이가 필터링됩니다. 기본값: 1000.
-c, --abundanceCut NUM
k-mer 과잉 절단 비율. 범위 [0..1] 내에 있습니다. 기본값: 1.
확인 옵션:
-x, --x드롭 NUM
확장을 위한 최대 x-drop. 기본값: 5.
-대, --확인 STR
검증 전략: 정확한 또는 bestLocal 또는 bandedGlobal 정확한, bestLocal 중 하나,
그리고 bandedGlobal. 기본값: 정확함.
-dt, --disableThresh NUM
하나의 쿼리에 대한 확인을 비활성화하기 전 확인된 일치 항목의 최대 수
시퀀스(기본값 무한대). [0..inf] 범위에 있습니다.
-n, --numMatches NUM
쿼리 및 데이터베이스당 유지되는 최대 일치 항목 수입니다. STELLAR가 더 많은 것을 발견하면
일치하는 항목 중 가장 긴 항목만 보관됩니다. 기본값: 50.
-s, --sortThresh NUM
중복 제거를 트리거하는 일치 항목 수입니다. 더 작은 값을 선택하세요.
공간 절약. 기본값: 500.
출력 옵션:
-o, --밖 FILE
출력 파일의 이름입니다. 유효한 파일 형식은 gff 및 txt입니다. 기본값: stellar.gff.
-od, --outDisabled FILE
비활성화된 쿼리 시퀀스의 출력 파일 이름입니다. 유효한 파일 유형은 fa 및
FASTA. 기본값: stellar.disabled.fasta.
참조
Kehr, B., Weese, D., Reinert, K.: STELLAR: 빠르고 정확한 로컬 정렬. BMC
생물정보학, 12(Suppl 9):S15, 2011.
버전
스텔라 버전: 1.3 마지막 업데이트: 2012년 XNUMX월
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