이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 vecscreen 명령입니다.
프로그램:
이름
vecscreen - 가능한 벡터 출처의 핵산 세그먼트 찾기
개요
vec스크린 [-] [-d 하위 버전] [-f N] [-i 파일 이름] [-o 파일 이름]
기술
vec스크린 다음과 같은 핵산 서열의 세그먼트를 신속하게 식별하기 위한 시스템입니다.
벡터 기원이어야 합니다. NCBI 개발 vec스크린 발생률과 영향을 최소화하기 위해
공개 시퀀스 데이터베이스의 벡터 오염. GenBank 주석 직원 사용 vec스크린
데이터베이스에 포함시키기 위해 제출된 서열에 다음 사항이 없는지 확인합니다.
벡터 시퀀스를 오염시킵니다. 다음을 사용하여 모든 시퀀스에서 벡터 오염을 스크리닝할 수 있습니다.
vec스크린.
vec스크린 특수한 비-특수 문자열에서 임의의 시퀀스와 일치하는 세그먼트에 대한 쿼리를 검색합니다.
중복 벡터 데이터베이스(UniVec). 검색에서는 매개변수가 미리 설정된 BLAST를 사용합니다.
벡터 오염의 최적 검출. 벡터와 일치하는 쿼리 세그먼트
시퀀스는 일치 강도에 따라 분류되며 해당 위치는 다음과 같습니다.
표시됩니다(긍정적인 결과 예시 참조).
vec스크린 벡터의 존재 여부를 핵산 서열에서 빠르게 확인할 수 있도록 설계되었습니다.
오염을 확인하고 서열 내의 어떤 세그먼트가 벡터 기원일 수 있는지 보여줍니다.
비록 vec스크린 UniVec에 대한 검색은 가장 많은 벡터를 식별하지 않습니다.
오염의 원인일 가능성이 높으며 이는 일반적으로 복제 기록에서 추론할 수 있습니다.
서열화된 DNA의.
옵션
아래에 옵션 요약이 포함되어 있습니다.
- 사용 메시지 인쇄
-d 하위 버전 데이터베이스(기본값 = 유니벡)
-f N 출력 형식:
0 HTML 형식, 정렬 포함(기본값)
1 HTML 형식, 정렬 없음
2 정렬이 포함된 텍스트 목록
3 텍스트 목록, 정렬 없음
-i 파일 이름
쿼리 파일(기본값 = 표준)
-o 파일 이름
VecScreen 보고서 출력 파일(기본값 = 표준 출력)
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 vecscreen을 사용하세요.
