fcGENE: Linux용 유전자형 형식 변환기 다운로드

이것은 fcGENE이라는 이름의 Linux 앱입니다: 최신 릴리스를 fcgene-1.0.7.zip으로 다운로드할 수 있는 유전자형 형식 변환기입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.

스크린샷:

fcGENE: 유전자형 형식 변환기

설명 :

주요 응용 프로그램은 두 가지입니다. 첫째는 유전자형 SNP 데이터를 PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE 및 BIMBBAM과 같은 다른 전가 도구 형식으로 변환하고, 둘째는 전가 데이터를 PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT 및 SNPTEST와 같은 다른 파일 형식으로 변환하는 것입니다.

읽을 수 있는 파일 형식: plink-pedigree(ped 및 map), plink-raw, plink-dosage, mach, minimac, impute, snptest, beagle 및 bimbam. 마찬가지로 모든 종류의 출력 대치도 허용됩니다.

fcGENE에서 생성할 수 있는 형식: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs 및 bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
추가 적용:
-? 필요한 전가 명령의 템플릿 및 다른 전가 도구의 명령 얻기
- MAF, HWE & CALLRATE에 따른 품질 관리.

키워드: 유전자형 변환, 유전자형 형식 변환, 대치 출력, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.

기능

• SNP-wise 및 Individual-wise 품질 관리를 만들 수 있으며 데이터를 변환하면서 부적격 SNP 및 개인을 필터링할 수 있습니다.
• 유전자형 SNP 데이터의 양방향 형식 변환을 수행할 수 있습니다(예: PLINK -> 대치 도구 및 대치 도구 -> PLINK). plink 형식의 가계도와 바이너리 파일을 모두 읽고 쓸 수 있습니다.
• 전가 품질 점수를 기반으로 전가된 SNP를 필터링할 수 있습니다.
• 명령 템플릿을 생성할 수 있습니다. GWA 분석 도구
• 유전형 데이터를 한 대치 도구의 형식에서 다른 형식으로 변환합니다.
• 대치 참조를 plink 형식으로 변환합니다. 이것은 유전자형 데이터를 참조 패널과 비교하는 데 도움이 됩니다.
• 원래 다른 형식으로 제공된 데이터에서 GenABEL 형식의 snp 데이터를 생성할 수 있습니다.
• 예상되는 소량의 대립 유전자 빈도를 포함하는 다른 형식의 파일을 생성할 수 있습니다.
• 통계 유전학 분야를 연구하는 연구자에게 매우 유용합니다.
• C++로 작성, STL 컨테이너 사용
• gzip으로 압축된 파일을 읽고 쓸 수 있습니다.
• --fst 명령으로 FST를 계산할 수 있습니다.
• 대립유전자 수와 대립유전자 용량으로 표준 유전자형 데이터를 읽고 쓸 수 있습니다.
• BEAGLE4에 사용되는 vcf 형식 파일을 생성할 수 있습니다.

프로그래밍 언어

C + +

https://sourceforge.net/projects/fcgene/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.