Linux용 gsasnp2 다운로드

이것은 gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip으로 최신 릴리스를 다운로드할 수 있는 gsasnp2라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.

스크린 샷

gsasnp2

기술

* GSA-SNP2는 GSA-SNP의 후속 제품입니다(Nam et al. 2010, NAR 웹 서버 문제). GSA-SNP2는 인간 GWAS 요약 데이터(rs 번호, p-값) 또는 유전자별 p-값을 받아들이고 주어진 표현형과 관련된 유전자로 '풍부한' 경로 유전자 세트를 출력합니다. 또한 관련 경로에서 로컬 및 글로벌 단백질 상호 작용 네트워크를 모두 제공합니다.

* 논문: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, "Efficient pathway enhanced and network analysis of GWAS summary data using GSA-SNP2", Nucleic Acids Research, Vol. 46(10), e60(2018).

* 펍메드 ID: 29562348

* DOI: 10.1093/nar/gky175

-> 프로그램이 사전 설계된 데이터를 찾을 수 있도록 '데이터' 폴더를 집중 테스트 폴더(예: Linux, MAC 또는 Windows 지정 폴더)로 이동하거나 복사하십시오.

* 업데이트 참고:
-> 1년 2020월 20.04일: Ubuntu-XNUMX용 업데이트를 추가합니다. Boost 라이브러리가 설치되어 있어야 합니다(sudo apt-get install libboost-all-dev).
-> 7년 2018월 XNUMX일: 출력 파일의 헤더 용어 수정

기능

• 1/ 'DECENT TYPE I ERROR CONTROL'은 다음 두 프로세스에 의해 달성됩니다. A) 유전자 점수는 모노톤 큐빅 스플라인 추세 곡선을 사용하여 각 유전자에 할당된 SNP의 수에 '조정'됩니다. B) 각 경로 내에서 유전자간 상관관계가 높은 인접 유전자 제거
• 2/ 랜덤셋 모델 기반의 'HIGH POWER AND FAST COMPUTATION'
• 3/ '중요하지 않은 매개변수 없음'
• 4/ 구성원 유전자 중 'PROTEIN INTERACTION NETWORKS'는 중요한 경로에 대해 시각화되었습니다. 이 기능을 통해 사용자는 중요한 경로 내 및 전체에서 핵심 하위 네트워크의 우선 순위를 지정할 수 있습니다. 현재 STRING 및 HIPPIE 네트워크가 제공됩니다.
• 5/ '사용하기 쉬움': GWAS 요약 데이터(또는 유전자 p-값)만 필요하고 결과를 얻는 데 XNUMX~XNUMX분밖에 걸리지 않습니다. 다른 강력한 자체 포함 경로 도구는 SNP 상관 입력도 필요하며 훨씬 더 오랜 시간이 걸립니다. 사용자는 또한 자신의 경로 유전자 세트 및 단백질 상호 작용 네트워크를 업로드할 수 있습니다.

사용자 인터페이스

Win32(MS Windows), 명령줄

프로그래밍 언어

C++, PHP, 자바스크립트

카테고리

이것은 https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.