Linux용 ISVASE 다운로드

ISVASE라는 이름의 Linux 앱으로 최신 릴리스를 ISVASE1.1.tar.gz로 다운로드할 수 있습니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.

스크린 샷

이바세

기술

올바른 성숙한 mRNA를 생성하려면 엑손을 식별하고 RNA 스플라이싱 메커니즘을 통해 정확하고 효율적으로 결합해야 합니다. 모든 질병 유발 돌연변이의 약 XNUMX/XNUMX 또는 절반이 RNA 스플라이싱에 영향을 미친다는 점에 유의해야 합니다. 그러나 RNA-seq 데이터를 기반으로 스플라이싱 이벤트(SVASE)와 관련된 서열 변이를 직접 식별할 수 있는 생물정보학 도구는 거의 없습니다. 우리는 RNA-seq 데이터를 사용하여 SVASE를 직접 식별하기 위한 간단하고 편리한 도구인 ISVASE를 개발했습니다. 기존 소프트웨어 PVAAS와 비교하여 우리의 방법은 각 단계에서 엄격한 규칙 의존 필터 및 통계 필터, 알려진 스플라이싱 이벤트에 대한 검출 시퀀스 변형, 스플라이싱(접합)의 두 부분에서 식별 시퀀스 변형, 검출 접합 시프트와 같은 몇 가지 장점이 있습니다. 알려진 스플라이싱 주석을 제공하고, 스플라이싱 신호를 평가하고, 알려진 DNA 돌연변이 및/또는 RNA 편집 데이터와 비교하고, 실행 시간이 짧은 경우 이벤트.

기능

• 새로운 스플라이싱 변이체와 알려진 스플라이싱 변이체 모두에 대한 스플라이싱 이벤트와 관련된 서열 변이를 식별하는 최초의 도구입니다.
• ISVASE는 먼저 각 스플라이싱 변이체에 대한 서열 변이를 식별한 다음 비교 분석 및 통계 테스트를 위해 모든 관련 스플라이싱 변이(동일 접합 시작 또는 끝)에 대한 서열 변이를 식별합니다.
• ISVASE는 접합의 두 부분에 대한 서열 변이를 개별적으로 식별하고 판단하여 접합의 다른 부분에 대한 서열 변이의 영향을 추가로 구별할 수 있습니다.
• ISVASE는 다양한 단계에서 몇 가지 엄격한 규칙 종속 필터 및 통계 필터를 적용합니다.
• ISVASE는 잘못된 스플라이싱 변형을 제거하기 위해 접합부 이동 이벤트 및 접합부 신호(5' ss 및 3' ss)를 고려합니다.
• ISVASE는 사용자가 제공한 DNA 돌연변이 및 RNA 편집 데이터를 사용하여 시퀀스 변형의 소스 유형을 지정할 수 있습니다.
• ISVASE는 엑소닉 스플라이싱 인핸서 모티프 검색을 위한 서열 변이체의 플랭킹 서열을 얻습니다.
• ISVASE는 변형 주석을 위해 기본 시퀀스 변형 파일을 ANNOVAR 입력 형식 파일로 변환할 수 있습니다.
• ISVASE는 스플라이싱 이벤트와 관련된 서열 변이의 특성을 보여주기 위해 8개의 숫자를 사용합니다.

오디언스 (Audience)

과학/연구

프로그래밍 언어

펄

카테고리

이것은 https://sourceforge.net/projects/isvase/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.