이것은 최신 릴리스를 MITP-1.1.tar.gz로 다운로드할 수 있는 MITP라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks가 포함된 MITP라는 앱을 무료로 온라인으로 다운로드하여 실행하세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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MITP
기술
miRNA는 식물과 동물에서 가장 중요한 생물학적 과정의 유전자 조절을 매개할 수 있는 널리 알려진 작은 비암호화 RNA입니다. 따라서 모델 및 새로운 염기서열 종에서 식별 보존 및 새로운 miRNA 및 표적 유전자가 불가피합니다. MITP는 SAM 형식 출력 결과, blast 결과(기본 출력 결과) 또는 blat 결과(기본 출력 결과)를 생성하는 모든 매핑 소프트웨어의 시퀀스 매핑 결과를 기반으로 miRNA를 쉽고 빠르게 식별하도록 설계되었습니다. 이 프로그램은 모든 단계에서 프로그램을 실행하고 나머지 모든 단계를 완료할 수 있는 단계 praramter(8단계)를 제공합니다. 각 단계별 프로그램을 사용하여 단계별로 실행할 수도 있습니다. 주 프로그램 MITP.pl을 실행하기 위해 동일한 디렉토리에서 이 단계 프로그램을 실행하십시오. 일부 단계는 선택 사항입니다(읽기 필터, 발현, miRNA 클래스 및 대상). 이러한 선택적 단계에 속하는 관련 매개변수를 선택하면 프로그램이 이 단계를 실행합니다. 그렇지 않으면 이 단계를 건너뜁니다.
기능
- 알려진 miRNA와 genome sequence 간의 BLAST 결과에 따른 conserve miRNA 확인
- 기본 BLAST 출력, BLAT 출력 또는 SAM 형식 파일의 정렬 결과를 기반으로 새로운 miRNA 식별
- Samll RNA 영역 식별
- miRNA 표적 유전자 예측
- 다른 종의 miRNA 비교
오디언스 (Audience)
과학/연구
프로그래밍 언어
펄
카테고리
이것은 https://sourceforge.net/projects/mitp/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
