최신 릴리스를 PhyTB.v2.1.zip으로 다운로드할 수 있는 Linux 온라인에서 실행되는 PhyloTrack이라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
PhyloTrack이라는 이 앱을 온라인으로 다운로드하여 실행하면 OnWorks와 함께 Linux 온라인에서 무료로 실행할 수 있습니다.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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Linux 온라인에서 실행되는 PhyloTrack
기술
PhyloTrack은 데이터 시각화를 위한 D3.js 라이브러리와 게놈 브라우저 표시를 위한 JBrowse 도구를 통합하는 JavaScript 기반 소프트웨어 도구입니다. 일반적인 Newick 데이터 형식의 계통 발생 트리가 입력으로 필요하며 샘플, 분기 정의 노드 및 분기 색상 정의에 대한 XNUMX개의 메타 데이터 파일(모두 탭으로 구분된 형식)이 필요합니다. PhyloTrack 내의 기능은 계통 발생 트리의 각 노드에서 유익한 마커를 표시하므로 분기 정의 다형성을 강조 표시합니다. 이 기능은 서버 측의 tabix 도구를 사용하여 구현되어 VCF 유사 파일에 저장된 유익한 SNP를 포함하여 각 트리 노드의 정보에 대한 간단하고 빠른 액세스를 제공합니다. 이러한 유익한 변종은 조상 노드 비교 및 인구 분화의 FST 측정을 사용하여 균주 유형 간의 대립 유전자 빈도를 비교하여 확립되었습니다.기능
- 샘플의 계통발생 표현
- 게놈 브라우저
- 대립 유전자 및 spoligotypes의 지도 분포
- 트리에서 샘플 분석 및 포지셔닝
오디언스 (Audience)
과학/연구
프로그래밍 언어
파이썬, 펄, PHP, 자바스크립트
데이터베이스 환경
기타 파일 기반 DBMS
이는 https://sourceforge.net/projects/phylotrack/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
