이것은 최신 릴리스를 simulation_PCR-v1.2.tar.gz로 다운로드할 수 있는 시뮬레이션_pcr이라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
Simulate_pcr이라는 이 앱을 OnWorks와 함께 무료로 다운로드하여 온라인으로 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
시뮬레이션_pcr
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기술
프라이머 특이성을 평가하고 원하는 증폭 산물과 비표적 증폭 산물을 모두 예측하는 것은 강력한 PCR 분석 설계를 위한 필수 단계입니다. 이 스크립트는 NCBI nt와 같은 대규모 시퀀스 데이터베이스에서 싱글플렉스 또는 대규모 멀티플렉스 프라이머 세트에서 잠재적인 중합효소 연쇄 반응(PCR) 앰플리콘을 예측하여 대상 불일치 허용 오차 및 앰플리콘 길이 범위를 설정하여 퇴화 프라이머 및 프로브 염기를 허용합니다. 사용자. PCR 앰플리콘 시뮬레이션 코드는 또한 NCBI에서 자동으로 다운로드된 유전자 정보로 앰플리콘에 주석을 달고 선택적으로 예측 앰플리콘 내에서 TaqMan/Luminex 프로브 일치도 있는지 여부를 예측할 수 있습니다. BLAST(Altschul, et al., 1990) 프로그램인 makeblastdb, blastn 및 blastdbcmd와 NCBI efetch 유틸리티(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).이것은 https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
