이것은 최신 릴리스를 SPANDx_v3.2.tar.gz로 다운로드할 수 있는 SPANDx라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks가 포함된 SPANDx라는 앱을 무료로 온라인으로 다운로드하여 실행해 보세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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SPANDx
기술
SPANDx는 NGS 데이터를 사용하여 반수체 게놈에서 SNP 및 indel 변이체를 식별하기 위한 원스톱 도구입니다.
SPANDx는 선택한 참조 게놈 또는 팬 게놈에 대해 원시 NGS 읽기 정렬을 수행한 후 정확한 변이 호출 및 주석, 유전자좌 존재/부재 결정을 수행합니다. SPANDx는 다운스트림 계통발생 분석을 위해 SNP 및 indel 매트릭스를 생성합니다. 주석이 달린 게놈 전체 SNP 및 삽입 삭제도 지정된 경우 식별할 수 있으며 사람이 읽을 수 있는 형식으로 출력됩니다. 모든 게놈에서 핵심/부속 게놈 콘텐츠를 식별할 수 있도록 존재/부재 매트릭스도 생성됩니다.
SPANDx에서 생성된 출력은 mGWAS(미생물 게놈 연관 연구) 분석을 위해 PLINK로 가져올 수 있습니다.
SPANDx는 리소스 관리를 위해 PBS, SGE 또는 SLURM을 활용할 수 있습니다. SPANDx는 리소스 관리자를 사용할 수 없는 경우 명령줄에서 직접 실행할 수도 있습니다.
SPANDx의 최신 버전을 보려면 GitHub에서 확인하세요. https://github.com/dsarov/SPANDx
기능
- 30년 16월 3.2일: SPANDx XNUMX는 이제 더 빠르고 정확한 정렬을 위해 BWA-mem을 사용합니다.
- 31년 16월 3.1.1일: 이제 SPANDx 2.3.1이 vXNUMX 이전 TORQUE/PBS 시스템에서 작동합니다.
- 14년 16월 3.1일: SPANDx XNUMX 이제 -z 플래그를 설정하여 .nex 출력에 삼중 및 사중 대립유전자 SNP를 포함할 수 있습니다.
- 26월 15일: SPANDx 3.0에는 향상된 samtools 호환성, 향상된 GWAS용 PLINK 통합을 포함하여 많은 업그레이드가 이루어졌으며 단일 위치에서 최대 9개의 indel과 XNUMX개의 SNP를 모두 호출할 수 있습니다!
- 05Aug15: SPANDx v2.7은 이제 SGE, PBS, SLURM 및 리소스 관리자 없이 시스템에서 작동합니다.
오디언스 (Audience)
과학/연구
사용자 인터페이스
명령줄
프로그래밍 언어
유닉스 쉘
카테고리
이는 https://sourceforge.net/projects/spandx/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 시스템 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
