이것은 TaxOnTree라는 이름의 Linux 앱이며 최신 릴리스는 TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz로 다운로드할 수 있습니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks와 함께 TaxOnTree라는 이 앱을 무료로 다운로드하여 온라인으로 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린샷:
택스온트리
설명 :
TaxOnTree는 분류학적 정보를 계통수에 연관시키기 위한 계통발생 프로그램입니다.
출력은 FigTree에서 열리도록 구성된 NEX 형식 트리 파일이며, 사용자는 모든 분류군 또는 쿼리가 있는 시퀀스에서 공유하는 조상별로 즉시 색상을 지정할 수 있습니다. 클러스터가 이미 사용 가능한 경우 입력은 BLAST 검색에 사용되는 Fasta 형식 파일이거나 해당 식별자(UniProtAC 또는 NCBI gi)로 표시되는 시퀀스 목록일 수 있습니다. 또한 사용자 소프트웨어 및 특정 설정으로 생성된 newick 파일을 사용하여 분류학적 라벨링을 진행할 수 있습니다. TaxOnTree는 사용자를 분류법 전문가로 만듭니다. TaxOnTree는 또한 NCBI 분류 체계에서 일부 분류군이 없는 부분을 수정합니다. 명령줄 프로그램은 설정하기 쉽고 여러 생물정보학 도구와 결합하여 PDF 형식의 컬러 트리를 생성할 수 있습니다. TaxOnTree는 다음에서 웹 도구로 사용할 수 있습니다. http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree 낮은 요구 작업을 위해.
기능
- fasta 형식(또는 해당 ID)으로 쿼리를 입력하고 계통수를 생성합니다.
- 완전한 단백질과 UniProt Reference 단백질만 있는 RefSeq 데이터베이스는 TaxOnTree와 함께 배포됩니다.
- MUSCLE, PRANK, Clustal Omega 또는 Kalign으로 다중 정렬 가능
- 또는 KO, eggNOG, OrthoMCL-DB, PANTHER 등과 같은 동족체 클러스터를 입력으로 사용할 수 있습니다.
- TaxOnTree는 TrimAl로 정렬을 처리하고 FastTree로 트리를 빌드할 수 있습니다.
- 그러나 newick 형식의 사용자 빌드 트리는 TaxOnTree에 대한 입력으로 사용할 수 있습니다.
- TaxOnTree는 FigTree로 열 수 있는 NEXUS 파일을 생성합니다.
- 애플리케이션은 명령줄 FigTree를 실행하고 분석된 트리를 PDF로 내보낼 수 있습니다.
- 단일 사용의 경우 웹 도구를 사용할 수 있으며 해당 코드는 로컬 설치에도 사용할 수 있습니다.
오디언스 (Audience)
과학/연구
사용자 인터페이스
명령줄
프로그래밍 언어
펄
데이터베이스 환경
펄 DBI/DBD, MySQL
카테고리
이것은 https://sourceforge.net/projects/taxontree/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.