์ด๊ฒ์ ์ต์ ๋ฆด๋ฆฌ์ค๋ฅผ Alphafoldv2.3.2.zip์ผ๋ก ๋ค์ด๋ก๋ํ ์ ์๋ Alphafold๋ผ๋ Windows ์ฑ์ ๋๋ค. ์ํฌ์คํ ์ด์ ์ฉ ๋ฌด๋ฃ ํธ์คํ ์ ๊ณต์ ์ฒด์ธ OnWorks์์ ์จ๋ผ์ธ์ผ๋ก ์คํํ ์ ์์ต๋๋ค.
OnWorks์ ํจ๊ป Alphafold๋ผ๋ ์ด ์ฑ์ ๋ฌด๋ฃ๋ก ๋ค์ด๋ก๋ํ์ฌ ์จ๋ผ์ธ์ผ๋ก ์คํํ์ญ์์ค.
์ด ์ฑ์ ์คํํ๋ ค๋ฉด ๋ค์ ์ง์นจ์ ๋ฐ๋ฅด์ธ์.
- 1. ์ด ์ ํ๋ฆฌ์ผ์ด์ ์ PC์ ๋ค์ด๋ก๋ํ์ต๋๋ค.
- 2. ํ์ผ ๊ด๋ฆฌ์ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX์ ์ํ๋ ์ฌ์ฉ์ ์ด๋ฆ์ ์ ๋ ฅํฉ๋๋ค.
- 3. ์ด๋ฌํ ํ์ผ ๊ด๋ฆฌ์์์ ์ด ์์ฉ ํ๋ก๊ทธ๋จ์ ์ ๋ก๋ํฉ๋๋ค.
- 4. ์ด ์น์ฌ์ดํธ์์ ๋ชจ๋ OS OnWorks ์จ๋ผ์ธ ์๋ฎฌ๋ ์ดํฐ๋ฅผ ์์ํ์ง๋ง ๋ ๋์ Windows ์จ๋ผ์ธ ์๋ฎฌ๋ ์ดํฐ๋ฅผ ์์ํฉ๋๋ค.
- 5. ๋ฐฉ๊ธ ์์ํ OnWorks Windows OS์์ ์ํ๋ ์ฌ์ฉ์ ์ด๋ฆ์ผ๋ก ํ์ผ ๊ด๋ฆฌ์ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX๋ก ์ด๋ํฉ๋๋ค.
- 6. ์ ํ๋ฆฌ์ผ์ด์ ์ ๋ค์ด๋ก๋ํ์ฌ ์ค์นํฉ๋๋ค.
- 7. Linux ๋ฐฐํฌ ์ํํธ์จ์ด ์ ์ฅ์์์ Wine์ ๋ค์ด๋ก๋ํฉ๋๋ค. ์ค์น๊ฐ ์๋ฃ๋๋ฉด ์ฑ์ ๋ ๋ฒ ํด๋ฆญํ์ฌ Wine๊ณผ ํจ๊ป ์คํํ ์ ์์ต๋๋ค. ์ธ๊ธฐ ์๋ Windows ํ๋ก๊ทธ๋จ ๋ฐ ๊ฒ์์ ์ค์นํ๋ ๋ฐ ๋์์ด ๋๋ Wine์ ํตํ ๋ฉ์ง ์ธํฐํ์ด์ค์ธ PlayOnLinux๋ฅผ ์ฌ์ฉํด ๋ณผ ์๋ ์์ต๋๋ค.
Wine์ Linux์์ Windows ์ํํธ์จ์ด๋ฅผ ์คํํ๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ด์ง๋ง Windows๊ฐ ํ์ํ์ง ์์ต๋๋ค. Wine์ ๋ชจ๋ Linux ๋ฐ์คํฌํ์์ ์ง์ Windows ํ๋ก๊ทธ๋จ์ ์คํํ ์ ์๋ ์คํ ์์ค Windows ํธํ์ฑ ๊ณ์ธต์ ๋๋ค. ๋ณธ์ง์ ์ผ๋ก Wine์ Windows๊ฐ ํ์ํ์ง ์๊ณ ๋ชจ๋ Windows ์์ฉ ํ๋ก๊ทธ๋จ์ ์คํํ ์ ์๋๋ก Windows๋ฅผ ์ฒ์๋ถํฐ ์ถฉ๋ถํ ๋ค์ ๊ตฌํํ๋ ค๊ณ ํฉ๋๋ค.
์คํฌ๋ฆฐ ์ท
Ad
์ํ ํด๋
๊ธฐ์
์ด ํจํค์ง๋ AlphaFold v2.0์ ์ถ๋ก ํ์ดํ๋ผ์ธ ๊ตฌํ์ ์ ๊ณตํฉ๋๋ค. CASP14์ ๋ฑ๋ก๋์ด Nature์ ๊ฒ์ฌ๋ ์์ ํ ์๋ก์ด ๋ชจ๋ธ์ ๋๋ค. ๋จ์ํ๋ฅผ ์ํด ์ด ๋ฌธ์์ ๋๋จธ์ง ๋ถ๋ถ์์ ์ด ๋ชจ๋ธ์ AlphaFold๋ผ๊ณ ํฉ๋๋ค. ์ด ์์ค ์ฝ๋ ๋๋ ๋ชจ๋ธ ๋งค๊ฐ๋ณ์๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋ฐ์ํ ๊ฒฐ๊ณผ๋ฅผ ๊ณต๊ฐํ๋ ๋ชจ๋ ์ถํ๋ฌผ์ AlphaFold ๋ ผ๋ฌธ์ ์ธ์ฉํด์ผ ํฉ๋๋ค. ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋ํ ์์ธํ ์ค๋ช ์ ๋ณด์ถฉ ์ ๋ณด๋ฅผ ์ฐธ์กฐํ์ญ์์ค. ์ด Colab ๋ ธํธ๋ถ ๋๋ ์ปค๋ฎค๋ํฐ ์ง์ ๋ฒ์ ๊ณผ ํจ๊ป ์ฝ๊ฐ ๋จ์ํ๋ AlphaFold ๋ฒ์ ์ ์ฌ์ฉํ ์ ์์ต๋๋ค. ์ ์ฒด ๋ฐ์ดํฐ๋ฒ ์ด์ค์ ์ด ๋ค์ด๋ก๋ ํฌ๊ธฐ๋ ์ฝ 415GB์ด๊ณ ์์ถ์ ํ์์ ๋์ ์ด ํฌ๊ธฐ๋ 2.2TB์ ๋๋ค. ๋ค์ด๋ก๋ํ ์ ์๋ ์ถฉ๋ถํ ํ๋ ๋๋ผ์ด๋ธ ๊ณต๊ฐ, ๋์ญํญ ๋ฐ ์๊ฐ์ด ์๋์ง ํ์ธํ์ญ์์ค. ๋ ๋์ ์ ์ ์ ๊ฒ์ ์ฑ๋ฅ์ ์ํด SSD๋ฅผ ์ฌ์ฉํ๋ ๊ฒ์ด ์ข์ต๋๋ค.
๊ธฐ๋ฅ
- AlphaFold๋ฅผ ์คํํ๋ ค๋ฉด ์ฌ๋ฌ ์ ์ (์์ด) ๋ฐ์ดํฐ๋ฒ ์ด์ค๊ฐ ํ์ํฉ๋๋ค.
- AlphaFold ์ฝ๋๋ Apache 2.0 ๋ผ์ด์ ์ค์ ๋ฐ๋ผ ๋ผ์ด์ ์ค๊ฐ ๋ถ์ฌ๋์ง๋ง AlphaFold ๋งค๊ฐ๋ณ์๋ ๋น์์ ์ ์ฉ๋๋ก ์ฌ์ฉํ ์ ์์ต๋๋ค.
- CASP5 ๋์ ์ฌ์ฉ๋์์ผ๋ฉฐ ๊ตฌ์กฐ ์์ธก ํ์ง์ ๋ํด ๊ด๋ฒ์ํ๊ฒ ๊ฒ์ฆ๋ 14๊ฐ ๋ชจ๋ธ
- pTM์ ์์ฑํ๋๋ก ๋ฏธ์ธ ์กฐ์ ๋ 5๊ฐ์ pTM ๋ชจ๋ธ
- AlphaFold๋ฅผ ์คํํ๋ ๊ฐ์ฅ ๊ฐ๋จํ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ ๊ณต๋ Docker ์คํฌ๋ฆฝํธ๋ฅผ ์ฌ์ฉํ๋ ๊ฒ์ ๋๋ค.
- ๊ธฐ๋ณธ์ ์ผ๋ก Alphafold๋ ๋ณด์ด๋ ๋ชจ๋ GPU ์ฅ์น๋ฅผ ์ฌ์ฉํ๋ ค๊ณ ์๋ํฉ๋๋ค.
ํ๋ก๊ทธ๋๋ฐ ์ธ์ด
Python
์นดํ ๊ณ ๋ฆฌ
์ด๊ฒ์ https://sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/์์๋ ๊ฐ์ ธ์ฌ ์ ์๋ ์ ํ๋ฆฌ์ผ์ด์ ์ ๋๋ค. ์ฐ๋ฆฌ์ ๋ฌด๋ฃ ์ด์ ์ฒด์ ์ค ํ๋์์ ๊ฐ์ฅ ์ฌ์ด ๋ฐฉ๋ฒ์ผ๋ก ์จ๋ผ์ธ์ผ๋ก ์คํํ๊ธฐ ์ํด OnWorks์์ ํธ์คํ ๋์์ต๋๋ค.