이것은 fcgene-1.0.7.zip으로 최신 릴리스를 다운로드할 수 있는 fcGENE: Genotype 형식 변환기라는 Windows 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks와 함께 fcGENE: Genotype 형식 변환기라는 이름의 이 앱을 무료로 다운로드하여 온라인에서 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 모든 OS OnWorks 온라인 에뮬레이터를 시작하지만 더 나은 Windows 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Windows OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 애플리케이션을 다운로드하여 설치합니다.
- 7. Linux 배포 소프트웨어 저장소에서 Wine을 다운로드합니다. 설치가 완료되면 앱을 두 번 클릭하여 Wine과 함께 실행할 수 있습니다. 인기 있는 Windows 프로그램 및 게임을 설치하는 데 도움이 되는 Wine을 통한 멋진 인터페이스인 PlayOnLinux를 사용해 볼 수도 있습니다.
Wine은 Linux에서 Windows 소프트웨어를 실행하는 방법이지만 Windows가 필요하지 않습니다. Wine은 모든 Linux 데스크탑에서 직접 Windows 프로그램을 실행할 수 있는 오픈 소스 Windows 호환성 계층입니다. 본질적으로 Wine은 Windows가 필요하지 않고 모든 Windows 응용 프로그램을 실행할 수 있도록 Windows를 처음부터 충분히 다시 구현하려고 합니다.
스크린 샷
Ad
fcGENE: 유전자형 형식 변환기
기술
주요 응용 프로그램은 두 가지입니다. 첫째는 유전자형 SNP 데이터를 PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE 및 BIMBBAM과 같은 다른 전가 도구 형식으로 변환하고, 둘째는 전가 데이터를 PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT 및 SNPTEST와 같은 다른 파일 형식으로 변환하는 것입니다.읽을 수 있는 파일 형식: plink-pedigree(ped 및 map), plink-raw, plink-dosage, mach, minimac, impute, snptest, beagle 및 bimbam. 마찬가지로 모든 종류의 출력 대치도 허용됩니다.
fcGENE에서 생성할 수 있는 형식: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs 및 bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
추가 적용:
-? 필요한 전가 명령의 템플릿 및 다른 전가 도구의 명령 얻기
- MAF, HWE & CALLRATE에 따른 품질 관리.
키워드: 유전자형 변환, 유전자형 형식 변환, 대치 출력, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
기능
- SNP-wise 및 Individual-wise 품질 관리를 만들 수 있으며 데이터를 변환하면서 부적격 SNP 및 개인을 필터링할 수 있습니다.
- 유전자형 SNP 데이터의 양방향 형식 변환을 수행할 수 있습니다(예: PLINK -> 대치 도구 및 대치 도구 -> PLINK). plink 형식의 가계도와 바이너리 파일을 모두 읽고 쓸 수 있습니다.
- 전가 품질 점수를 기반으로 전가된 SNP를 필터링할 수 있습니다.
- 명령 템플릿을 생성할 수 있습니다. GWA 분석 도구
- 유전형 데이터를 한 대치 도구의 형식에서 다른 형식으로 변환합니다.
- 대치 참조를 plink 형식으로 변환합니다. 이것은 유전자형 데이터를 참조 패널과 비교하는 데 도움이 됩니다.
- 원래 다른 형식으로 제공된 데이터에서 GenABEL 형식의 snp 데이터를 생성할 수 있습니다.
- 예상되는 소량의 대립 유전자 빈도를 포함하는 다른 형식의 파일을 생성할 수 있습니다.
- 통계 유전학 분야를 연구하는 연구자에게 매우 유용합니다.
- C++로 작성, STL 컨테이너 사용
- gzip으로 압축된 파일을 읽고 쓸 수 있습니다.
- --fst 명령으로 FST를 계산할 수 있습니다.
- 대립유전자 수와 대립유전자 용량으로 표준 유전자형 데이터를 읽고 쓸 수 있습니다.
- BEAGLE4에 사용되는 vcf 형식 파일을 생성할 수 있습니다.
프로그래밍 언어
C + +
https://sourceforge.net/projects/fcgene/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
