이것은 PRADA.zip으로 최신 릴리스를 다운로드할 수 있는 PRADA라는 Windows 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks와 함께 PRADA라는 이 앱을 무료로 다운로드하여 온라인에서 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 모든 OS OnWorks 온라인 에뮬레이터를 시작하지만 더 나은 Windows 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Windows OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 애플리케이션을 다운로드하여 설치합니다.
- 7. Linux 배포 소프트웨어 저장소에서 Wine을 다운로드합니다. 설치가 완료되면 앱을 두 번 클릭하여 Wine과 함께 실행할 수 있습니다. 인기 있는 Windows 프로그램 및 게임을 설치하는 데 도움이 되는 Wine을 통한 멋진 인터페이스인 PlayOnLinux를 사용해 볼 수도 있습니다.
Wine은 Linux에서 Windows 소프트웨어를 실행하는 방법이지만 Windows가 필요하지 않습니다. Wine은 모든 Linux 데스크탑에서 직접 Windows 프로그램을 실행할 수 있는 오픈 소스 Windows 호환성 계층입니다. 본질적으로 Wine은 Windows가 필요하지 않고 모든 Windows 응용 프로그램을 실행할 수 있도록 Windows를 처음부터 충분히 다시 구현하려고 합니다.
PRADA
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기술
RNA에서 역전사된 cDNA(RNASeq)의 대규모 병렬 시퀀싱은 mRNA의 양과 구성에 대한 정확한 추정치를 제공합니다. RNA-seq 데이터 분석을 통해 transcriptome을 특성화하기 위해 PRADA를 개발했습니다. PRADA는 유전자 발현 추정치의 처리 및 분석, 감독 및 감독되지 않은 유전자 융합 식별, 감독된 유전자 내 결실 식별에 중점을 둡니다.
PRADA는 현재 RNAseq 데이터에서 이상을 처리하고 식별하기 위한 7개의 모듈을 지원합니다.
전처리: 정렬 및 재보정된 BAM 파일을 생성합니다.
expression: 유전자 발현(RPKM) 및 품질 메트릭을 생성합니다.
fusion: 후보 유전자 융합을 식별합니다.
guess-ft: 융합 성적표에 대한 감독 검색.
추측-만약: 유전자 내 융합에 대한 감독 검색.
상동성: 주어진 두 유전자 사이의 상동성을 계산합니다.
프레임: 융합 전사체의 기능적 결과 예측
기능
- PRADA는 Python 프로그래밍 언어로 작성되었으며 UNIX 또는 LINUX 운영 체제의 명령줄 환경에서 실행되도록 고안되었습니다.
- 예제와 함께 각 모듈의 설치 단계 및 사용법에 대한 자세한 설명은 다음 문서에서 확인할 수 있습니다. https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- hg19 참조 파일은 다음에서 다운로드할 수 있습니다. http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- 융합 아티팩트를 제거하기 위해 동일한 샘플 및 상동성에서 여러 파트너가 있는 유전자를 필터링합니다.
카테고리
이것은 https://sourceforge.net/projects/prada/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
