ພາສາອັງກິດພາສາຝຣັ່ງແອສປາໂຍນ

OnWorks favicon

ABYSS - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ແລ່ນ ABYSS ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີຜ່ານ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator

ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ ABYSS ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator

ໂຄງການ:

NAME


ABYSS - ປະກອບການອ່ານສັ້ນໆເຂົ້າໄປໃນ contigs

ສະຫຼຸບສັງລວມ


ABYSS [ທາງເລືອກ] ... ເອກະສານ...

ລາຍລະອຽດ


ປະກອບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນທັງໝົດ, FILE, ເຊິ່ງອາດຈະຢູ່ໃນ FASTA, FASTQ, qseq, ສົ່ງອອກ, SRA, SAM ຫຼື
ຮູບແບບ BAM ແລະອາດຈະຖືກບີບອັດດ້ວຍ gz, bz2 ຫຼື xz ແລະອາດຈະຖືກ tarred.

ຜູ້​ໃຊ້​ທີ່​ຕ້ອງ​ການ​ທີ່​ຈະ​ດໍາ​ເນີນ​ການ​ການ​ປະ​ກອບ​ຢ່າງ​ເຕັມ​ທີ່​ກັບ ABySS ແມ່ນ​ແນະ​ນໍາ​ໃຫ້​ນໍາ​ໃຊ້ abyss-pe ເປັນ​ຂອງ​ເຂົາ​ເຈົ້າ​
ຈຸດເຂົ້າແທນທີ່ຈະເປັນໂຄງການ ABYSS. abyss-pe ແມ່ນ Makefile ທີ່ປະສານງານຫຼາຍຢ່າງ
ຂອງເຄື່ອງມື ABySS (ລວມທັງ ABYSS) ເພື່ອດໍາເນີນການທໍ່ປະກອບ ABySS ເຕັມ.
abyss-pe ແມ່ນສາມາດເຮັດຫຼາຍຢ່າງທີ່ ABYSS ບໍ່ແມ່ນ, ເຊັ່ນ: ການໃຊ້ປະໂຫຍດ
ຂໍ້​ມູນ​ໄລ​ຍະ​ທີ່​ສະ​ຫນອງ​ໃຫ້​ໂດຍ​ການ​ອ່ານ​ທ້າຍ​ຄູ່​ແລະ​ຄູ່​ຄູ່​ການ​ອ່ານ​.

--ພົມມະຈັນ
ຍົກເລີກການອ່ານທີ່ບໍ່ສະອາດ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]

--ບໍ່ມີພົມມະຈັນ
ຢ່າປະຖິ້ມການອ່ານທີ່ບໍ່ມີປະໂຫຍດ

--trim-mask
ຕັດຖານທີ່ເຮັດດ້ວຍຜ້າອັດດັງອອກຈາກຈຸດສິ້ນສຸດຂອງການອ່ານ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]

--no-trim-mask
ຢ່າຕັດຖານທີ່ເຮັດດ້ວຍຫນ້າກາກອອກຈາກປາຍຂອງອ່ານ

-q, -- ຕັດ​ຄຸນ​ນະ​ພາບ​=ເກນ
ຕັດຖານຈາກທ້າຍຂອງເຄື່ອງອ່ານທີ່ມີຄຸນນະພາບຕໍ່າກວ່າເກນ

-Q, -- ຫນ້າກາກຄຸນນະພາບ=ເກນ
ເຮັດໜ້າກາກພື້ນຖານທັງໝົດໃນການອ່ານທີ່ມີຄຸນນະພາບໜ້ອຍກວ່າເກນ

-- ຄຸນ​ນະ​ພາບ​ມາດ​ຕະ​ຖານ​
ຄຸນນະພາບສູນແມ່ນ `!' (33)
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງໄຟລ໌ FASTQ ແລະ SAM

-- ຄຸນ​ນະ​ພາບ illumina​
ຄຸນນະພາບສູນແມ່ນ `@' (64)
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ qseq ແລະໄຟລ໌ສົ່ງອອກ

-o, --ອອກ=ເອກະສານ
ຂຽນ contigs ໃສ່ FILE

-k, --kmer=KMER_SIZE
k-mer ຂະຫນາດ

-t, --trim-ຍາວ=TRIM_LENGTH
ຄວາມຍາວສູງສຸດຂອງຂອບ dangling ກັບ trim

-c, -- ການຄຸ້ມຄອງ=COVERAGE
ເອົາ contigs ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງສະເລ່ຍ k-mer ຫນ້ອຍກວ່າເກນນີ້

-b, -- ຟອງ=N
ຟອງປັອບສັ້ນກວ່າ N bp (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 3*k).

-b0, -- ບໍ່ມີຟອງ
ບໍ່​ມີ​ຟອງ​

-e, -- ເຊາະເຈື່ອນ=COVERAGE
ການເຊາະເຈື່ອນຂອງຖານຢູ່ປາຍຂອງ contigs blunt ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງຫນ້ອຍກວ່າຂອບເຂດນີ້

-E, --erode-strand=COVERAGE
ການເຊາະເຈື່ອນຂອງຖານຢູ່ປາຍຂອງ contigs blunt ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງຫນ້ອຍກວ່າຂອບເຂດນີ້
ບໍ່ວ່າສາຍ

--coverage-hist=ເອກະສານ
ບັນທຶກ k-mer coverage histogram ໃນ FILE

-g, --ກຣາຟ=ເອກະສານ
ສ້າງກຣາຟໃນຮູບແບບຈຸດ

-s, --snp=ເອກະສານ
ບັນທຶກຟອງທີ່ປາກົດຢູ່ໃນ FILE

-v, -- verbose
ສະແດງຜົນຜະລິດ verbose

- ຊ່ວຍ ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ແລະອອກ

- ການປ່ຽນແປງ
ຜົນຜະລິດສະບັບຂໍ້ມູນແລະອອກ

ໃຊ້ ABYSS ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net


ເຊີບເວີ ແລະສະຖານີເຮັດວຽກຟຣີ

ດາວໂຫຼດແອັບ Windows ແລະ Linux

  • 1
    ຜູ້ຈັດການ PAC
    ຜູ້ຈັດການ PAC
    PAC ເປັນການທົດແທນ Perl/GTK ສໍາລັບ
    SecureCRT/Putty/etc (linux
    ssh/telnet/... gui)... ມັນສະຫນອງ GUI
    ການຕັ້ງຄ່າການເຊື່ອມຕໍ່: ຜູ້ໃຊ້,
    ລະ​ຫັດ​ຜ່ານ​, ຄາດ​ວ່າ​ຈະ​ລະ​ບຽບ​ການ ...
    ດາວໂຫລດ PAC Manager
  • 2
    GeoServer
    GeoServer
    GeoServer ເປັນຊອບແວ open-source
    ເຊີບເວີຂຽນໃນ Java ທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ຜູ້ໃຊ້
    ເພື່ອແບ່ງປັນ ແລະແກ້ໄຂຂໍ້ມູນພູມສາດ.
    ອອກແບບສໍາລັບການເຮັດວຽກຮ່ວມກັນ, ມັນ
    ເຜີຍແຜ່ da...
    ດາວໂຫລດ GeoServer
  • 3
    Firefly III
    Firefly III
    ການເງິນສ່ວນຕົວທີ່ບໍ່ເສຍຄ່າ ແລະເປີດແຫຼ່ງ
    ຜູ້​ຈັດ​ການ. Firefly III ລັກສະນະ ກ
    ລະບົບການບັນຊີສອງຄັ້ງ. ເຈົ້າ​ສາ​ມາດ
    ເຂົ້າໄປໄວ ແລະຈັດລະບຽບຂອງເຈົ້າ
    ທຸລະກຳ i...
    ດາວໂຫລດ Firefly III
  • 4
    ສ່ວນຂະຫຍາຍ Apache OpenOffice
    ສ່ວນຂະຫຍາຍ Apache OpenOffice
    ລາຍການຢ່າງເປັນທາງການຂອງ Apache
    ສ່ວນຂະຫຍາຍ OpenOffice. ເຈົ້າຈະພົບເຫັນ
    ສ່ວນຂະຫຍາຍຕັ້ງແຕ່ວັດຈະນານຸກົມຫາ
    ເຄື່ອງ​ມື​ທີ່​ຈະ​ນໍາ​ເຂົ້າ​ໄຟລ​໌ PDF ແລະ​ການ​ເຊື່ອມ​ຕໍ່​
    ກັບ ext...
    ດາວໂຫລດ Apache OpenOffice Extensions
  • 5
    MantisBT
    MantisBT
    Mantis ເປັນເວັບທີ່ສາມາດນຳໃຊ້ໄດ້ງ່າຍ
    bugtracker ອີງໃສ່ການຊ່ວຍເຫຼືອ bug ຜະລິດຕະພັນ
    ການຕິດຕາມ. ມັນຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີ PHP, MySQL ແລະ a
    ເຊີບເວີເວັບ. ກວດເບິ່ງຕົວຢ່າງຂອງພວກເຮົາ ແລະເປັນເຈົ້າພາບ
    ຂໍ້ສະເໜີ...
    ດາວໂຫລດ MantisBT
  • 6
    LAN Messenger
    LAN Messenger
    LAN Messenger ເປັນແອັບພລິເຄຊັນສົນທະນາ p2p
    ສໍາລັບການສື່ສານ intranet ແລະບໍ່
    ຕ້ອງການເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ. ຫຼາກຫຼາຍຂອງ handy
    ຄຸນນະສົມບັດແມ່ນສະຫນັບສະຫນູນລວມທັງ
    ແຈ້ງ​ການ...
    ດາວໂຫລດ LAN Messenger
  • ເພີ່ມເຕີມ »

Linux ຄຳ ສັ່ງ

  • 1
    abidw
    abidw
    abidw - serialize ABI ຂອງ ELF ໄດ້
    file abidw ອ່ານຫ້ອງສະຫມຸດທີ່ໃຊ້ຮ່ວມກັນໃນ ELF
    ຮູບແບບແລະປ່ອຍຕົວສະແດງ XML
    ABI ຂອງ​ຕົນ​ກັບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ມາດ​ຕະ​ຖານ​. ໄດ້
    ປ່ອຍອອກມາ...
    ແລ່ນ abidw
  • 2
    abilint
    abilint
    abilint - ກວດສອບ abigail ABI
    ການເປັນຕົວແທນ abilint parses native
    ການເປັນຕົວແທນ XML ຂອງ ABI ທີ່ປ່ອຍອອກມາ
    ໂດຍ abidw. ເມື່ອມັນວິເຄາະ XML ແລ້ວ
    ບັນຍາຍ...
    ແລ່ນ abilint
  • 3
    coresendmsg
    coresendmsg
    coresendmsg - ສົ່ງຂໍ້ຄວາມ CORE API
    ກັບ core-daemon daemon ...
    ດໍາເນີນການ coresendmsg
  • 4
    core_server
    core_server
    core_server - ເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍຕົ້ນຕໍສໍາລັບ
    SpamBayes. ລາຍລະອຽດ: ປະຈຸບັນໃຫ້ບໍລິການ
    ການໂຕ້ຕອບຂອງເວັບໄຊຕ໌ເທົ່ານັ້ນ. ສຽບເຂົ້າ
    ຜູ້ຟັງສໍາລັບໂປໂຕຄອນຕ່າງໆແມ່ນ TBD.
    ນີ້ ...
    ແລ່ນ core_server
  • 5
    fwflash
    fwflash
    fwflash - ໂຄງ​ການ​ເພື່ອ flash ໄຟ​ຮູບ​ພາບ​
    ກັບອຸປະກອນ NXT ທີ່ເຊື່ອມຕໍ່...
    ແລ່ນ fwflash
  • 6
    fwts-collect
    fwts-collect
    fwts-collect - ເກັບກໍາຂໍ້ມູນບັນທຶກສໍາລັບ fwts
    ການ​ລາຍ​ງານ bug​. ...
    ດໍາເນີນການ fwts-collect
  • ເພີ່ມເຕີມ »

Ad