ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ alimask ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
alimask - ເພີ່ມເສັ້ນຫນ້າກາກໃສ່ການຈັດລໍາດັບຫຼາຍ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ຜ້າຫົ່ມ [ທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
ຜ້າຫົ່ມ ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອນໍາໃຊ້ເສັ້ນຫນ້າກາກກັບການຈັດລໍາດັບຫຼາຍ, ອີງຕາມການສະຫນອງໃຫ້
ການຈັດຮຽງຫຼືຈຸດປະສານງານແບບຈໍາລອງ. ເມື່ອໃດ hmmbuild ໄດ້ຮັບການສອດຄ່ອງຫນ້າກາກເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນ, ມັນ
ຜະລິດຮູບແບບໂປຼໄຟລ໌ທີ່ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງການປ່ອຍອາຍພິດຢູ່ໃນຕໍາແຫນ່ງຫນ້າກາກຖືກກໍານົດ
ເພື່ອໃຫ້ກົງກັບຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ, ແທນທີ່ຈະຖືກຕັ້ງໂດຍອີງໃສ່ຄວາມຖີ່ຂອງການສັງເກດໃນ
ການຈັດວາງ. ອັດຕາການໃສ່ ແລະລຶບຂໍ້ມູນສະເພາະຕໍາແໜ່ງບໍ່ໄດ້ປ່ຽນແປງ, ແມ້ແຕ່ຢູ່ໃນ
ພາກພື້ນທີ່ມີຫນ້າກາກ. ຜ້າຫົ່ມ ກວດຫາຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນອັດຕະໂນມັດ, ແລະຜະລິດການຈັດຮຽງໜ້າກາກໃນ
ຮູບແບບສະຕັອກໂຮມ. ອາດມີການຈັດຮຽງລຳດັບອັນດຽວເທົ່ານັ້ນ.
ແຮງຈູງໃຈທົ່ວໄປສໍາລັບການປິດບັງພາກພື້ນໃນການຈັດລໍາດັບແມ່ນວ່າພາກພື້ນປະກອບດ້ວຍ a
ການເຮັດເລື້ມຄືນ tandem ງ່າຍໆທີ່ສັງເກດເຫັນວ່າເຮັດໃຫ້ເກີດອັດຕາທີ່ສູງທີ່ບໍ່ສາມາດຍອມຮັບໄດ້ຂອງຜົນບວກທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງ
ຕີ.
ໃນກໍລະນີງ່າຍດາຍທີ່ສຸດ, ຂອບເຂດຫນ້າກາກແມ່ນໃຫ້ຢູ່ໃນຈຸດປະສານງານທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ
ສອດຄ່ອງ, ການນໍາໃຊ້ --ແປກ . ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ມັນມັກຈະເປັນກໍລະນີທີ່ພາກພື້ນທີ່ຈະເປັນ
masked ໄດ້ຖືກກໍານົດຢູ່ໃນຈຸດປະສານງານທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຕົວແບບ profile (ເຊັ່ນ: ອີງໃສ່
ການຮັບຮູ້ຮູບແບບການຊໍ້າຄືນແບບງ່າຍໆໃນການຈັດຮຽງຕີທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງ ຫຼືຢູ່ໃນໂລໂກ້ HMM). ບໍ່ແມ່ນທັງຫມົດ
ຖັນການຈັດຮຽງຖືກປ່ຽນໃຫ້ກົງກັບຕຳແໜ່ງຂອງລັດໃນໂປຣໄຟລ໌ (ເບິ່ງ --symfrac
ທຸງສໍາລັບ hmmbuild ສໍາລັບການສົນທະນາ), ດັ່ງນັ້ນຕໍາແຫນ່ງຕົວແບບບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງກົງກັນເຖິງ
ການຈັດຕໍາແຫນ່ງຖັນ. ເພື່ອເອົາພາລະຂອງການແປງຕໍາແຫນ່ງແບບຈໍາລອງເປັນ
ຕໍາແຫນ່ງຈັດຕັ້ງ, ຜ້າຫົ່ມ ຍອມຮັບການປ້ອນຂໍ້ມູນໄລຍະໜ້າກາກຢູ່ໃນຈຸດປະສານງານຕົວແບບເຊັ່ນດຽວກັນ,
ການນໍາໃຊ້ -- ລະດັບຕົວແບບ . ເມື່ອໃຊ້ທຸງນີ້, ຜ້າຫົ່ມ ກໍານົດການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃດ
ຕໍາແຫນ່ງຈະໄດ້ຮັບການກໍານົດໂດຍ hmmbuild ໃນຖານະທີ່ກົງກັນ, ຂະບວນການທີ່ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີນັ້ນ
ທັງຫມົດ hmmbuild ທຸງທີ່ສົ່ງຜົນກະທົບຕໍ່ການຕັດສິນໃຈນັ້ນ ຜ້າຫົ່ມ. ມັນແມ່ນຍ້ອນເຫດຜົນນີ້
ວ່າຈໍານວນຫຼາຍຂອງ hmmbuild ທຸງຍັງຖືກນໍາໃຊ້ໂດຍ ຜ້າຫົ່ມ.
OPTIONS
-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.
-o ຊີ້ນຳຜົນຜະລິດສະຫຼຸບສັງລວມເພື່ອໄຟລ໌ , ແທນທີ່ຈະ stdout.
OPTIONS FOR ລະບຸ ຫນ້າກາກ ຫາຍາກ
ຊ່ວງໜ້າກາກອັນດຽວແມ່ນໃຫ້ເປັນຄູ່ທີ່ແຍກກັນເປັນ dash, ເຊັ່ນ -- ລະດັບຕົວແບບ 10-20 ແລະ
ຫຼາຍໄລຍະອາດຈະຖືກສົ່ງເປັນລາຍການທີ່ຂັ້ນດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດ, -- ລະດັບຕົວແບບ 10-20,30-42.
-- ລະດັບຕົວແບບ
ສະໜອງຂອບເຂດທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນຈຸດປະສານງານຕົວແບບ.
--ແປກ
ສະໜອງຂອບເຂດທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນຈຸດປະສານງານການຈັດຮຽງ.
--ໜ້າກາກ
ຕື່ມໃສ່ຫນ້າກາກທີ່ມີຢູ່ທີ່ພົບເຫັນກັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອຂຽນທັບໃດໆ
ຫນ້າກາກທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ.
--model2ali
ແທນທີ່ຈະຜະລິດການຈັດຮຽງໜ້າກາກຕົວຈິງ, ພຽງແຕ່ພິມຊ່ວງຕົວແບບ.
ທີ່ສອດຄ້ອງກັນກັບໄລຍະການຈັດຕັ້ງການປ້ອນຂໍ້ມູນ.
--ali2 ຮຸ່ນ
ແທນທີ່ຈະຜະລິດການຈັດຮຽງໜ້າກາກຕົວຈິງ, ພຽງແຕ່ພິມໄລຍະການຈັດຮຽງ
ທີ່ສອດຄ້ອງກັນກັບໄລຍະຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ.
OPTIONS FOR ລະບຸ ການ ອັກຂະຣະ
ປະເພດຕົວອັກສອນ (amino, DNA, ຫຼື RNA) ແມ່ນຖືກກວດພົບໂດຍອັດຕະໂນມັດໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໂດຍການເບິ່ງ
ອົງປະກອບຂອງ msafile. ການກວດສອບອັດຕະໂນມັດແມ່ນຂ້ອນຂ້າງເຊື່ອຖືໄດ້, ແຕ່ບາງຄັ້ງຄາວ
ປະເພດຕົວອັກສອນອາດມີຄວາມຊັດເຈນ ແລະການກວດຫາອັດຕະໂນມັດສາມາດລົ້ມເຫລວ (ຕົວຢ່າງ: ຢູ່ໃນເຄື່ອງຫຼິ້ນນ້ອຍໆ.
ການຈັດລຽງຂອງພຽງແຕ່ຈໍານວນຫນຶ່ງທີ່ຕົກຄ້າງ). ເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການນີ້, ຫຼືເພື່ອເພີ່ມຄວາມເຂັ້ມແຂງໃນອັດຕະໂນມັດ
ທໍ່ການວິເຄາະ, ທ່ານອາດຈະລະບຸປະເພດຕົວອັກສອນຂອງ msafile ດ້ວຍຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້.
--ອາມີໂນ
ລະບຸວ່າລໍາດັບທັງຫມົດໃນ msafile ແມ່ນທາດໂປຼຕີນ.
--dna ລະບຸວ່າລໍາດັບທັງຫມົດໃນ msafile ແມ່ນ DNAs.
--rna ລະບຸວ່າລໍາດັບທັງຫມົດໃນ msafile ແມ່ນ RNAs.
OPTIONS ການຄວບຄຸມ ຂໍ້ມູນ ການກໍ່ສ້າງຕ່າງໆ
ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຄວບຄຸມວິທີການກໍານົດຄໍລໍາ consensus ໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.
-- ໄວ ກຳນົດຖັນທີ່ເຫັນດີເປັນສ່ວນໜຶ່ງທີ່ມີສ່ວນ >= symfrac ຂອງ residues ເປັນ
ກົງກັນຂ້າມກັບຊ່ອງຫວ່າງ. (ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບ --symfrac ທາງເລືອກ.) ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
--ມື ກໍານົດຄໍລໍາເປັນເອກະສັນກັນໃນໂປຣໄຟລ໌ຕໍ່ໄປໂດຍໃຊ້ຄໍາບັນຍາຍອ້າງອີງໃສ່ຫຼາຍອັນ
ການຈັດວາງ. ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ທ່ານກໍານົດຄໍລໍາ consensus ໃດທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
--symfrac
ກໍານົດຂອບເຂດຂອງເສດສ່ວນທີ່ເຫຼືອທີ່ມີຄວາມຈໍາເປັນເພື່ອກໍານົດຄໍລໍາເປັນເອກະສັນກັນໃນເວລາທີ່
ການນໍາໃຊ້ -- ໄວ ທາງເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.5. ສ່ວນສັນຍາລັກໃນແຕ່ລະຖັນແມ່ນ
ຄິດໄລ່ຫຼັງຈາກການຄິດໄລ່ນ້ໍາຫນັກຕາມລໍາດັບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ, ແລະບໍ່ສົນໃຈຊ່ອງຫວ່າງ
ຕົວອັກສອນທີ່ສອດຄ້ອງກັນກັບການສິ້ນສຸດຂອງຊິ້ນລໍາດັບ (ທີ່ກົງກັນຂ້າມກັບພາຍໃນ
ແຊກ/ລຶບ). ການຕັ້ງຄ່ານີ້ເປັນ 0.0 ຫມາຍຄວາມວ່າທຸກໆຖັນການຈັດລໍາດັບຈະ
ໄດ້ຮັບການມອບຫມາຍເປັນຄວາມເຫັນດີນໍາ, ເຊິ່ງອາດຈະເປັນປະໂຫຍດໃນບາງກໍລະນີ. ຕັ້ງຄ່າມັນເປັນ 1.0
ຫມາຍຄວາມວ່າພຽງແຕ່ຖັນທີ່ປະກອບມີ 0 ຊ່ອງຫວ່າງ (ການແຊກພາຍໃນ / ລຶບ) ຈະເປັນ
ມອບໝາຍເປັນເອກະສັນ.
--fragthresh
ພວກເຮົາພຽງແຕ່ຕ້ອງການທີ່ຈະນັບຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ປາຍຍອດເປັນການລົບຖ້າຫາກວ່າລໍາດັບການສອດຄ່ອງແມ່ນຮູ້ຈັກ
ເພື່ອໃຫ້ມີຄວາມຍາວເຕັມ, ບໍ່ແມ່ນຖ້າມັນເປັນຊິ້ນ (ຕົວຢ່າງ, ເພາະວ່າພຽງແຕ່ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງມັນ
ຖືກຈັດຕາມລໍາດັບ). HMMER ໃຊ້ກົດລະບຽບງ່າຍໆເພື່ອສະແດງຊິ້ນສ່ວນ: ຖ້າຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບ
L ແມ່ນໜ້ອຍກວ່າ ຫຼືເທົ່າກັບສ່ວນໜຶ່ງ ເທົ່າຂອງຄວາມຍາວການຈັດແຖວໃນຖັນ,
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ລໍາດັບໄດ້ຖືກຈັດການເປັນຊິ້ນສ່ວນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.5. ການຕັ້ງຄ່າ
--fragthresh0 ຈະກໍານົດ no (nonempty) ລໍາດັບເປັນ fragment; ເຈົ້າອາດຈະຕ້ອງການ
ເຮັດແນວນີ້ຖ້າທ່ານຮູ້ວ່າທ່ານໄດ້ຮັບການຈັດລຽງຢ່າງລະມັດລະວັງຂອງຄວາມຍາວເຕັມ
ລໍາດັບ. ການຕັ້ງຄ່າ --fragthresh1 ຈະກໍານົດລໍາດັບທັງຫມົດເປັນ fragments; ເຈົ້າອາດຈະ
ຕ້ອງການເຮັດສິ່ງນີ້ຖ້າທ່ານຮູ້ວ່າການຈັດຕໍາແຫນ່ງຂອງທ່ານແມ່ນປະກອບດ້ວຍຊິ້ນສ່ວນທັງຫມົດ, ເຊັ່ນ
ດັ່ງທີ່ແປສັ້ນອ່ານຢູ່ໃນຂໍ້ມູນປືນຍິງຂະໜາດໃຫຍ່.
OPTIONS ການຄວບຄຸມ ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ ນໍ້າ ໜັກ
HMMER ໃຊ້ລະບົບການໃຫ້ນ້ຳໜັກຕາມລຳດັບສະເພາະເພື່ອຫຼຸດນ້ຳໜັກຕາມລຳດັບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດ
ແລະ upweight ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຫ່າງໄກ. ອັນນີ້ມີຜົນກະທົບເຮັດໃຫ້ແບບຈໍາລອງມີຄວາມລໍາອຽງຫນ້ອຍລົງ
ການເປັນຕົວແທນຂອງ phylogenetic ບໍ່ສະເຫມີພາບ. ຕົວຢ່າງ, ສອງລໍາດັບທີ່ຄືກັນໂດຍປົກກະຕິ
ແຕ່ລະຄົນໄດ້ຮັບເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງນ້ໍາຫນັກທີ່ລໍາດັບຫນຶ່ງຈະ. ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຄວບຄຸມອັນໃດ
algorithm ຖືກນໍາໃຊ້.
--wpb ໃຊ້ລະບົບການນ້ໍາຫນັກຕາມລໍາດັບຕາມຕໍາແຫນ່ງ Henikoff [Henikoff ແລະ Henikoff,
J. ໂມ. ຊີວະພາບ. 243: 574, 1994]. ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
--wgsc ໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ນ້ຳໜັກ Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
ຊີວະພາບ. 235: 1067, 1994].
--wblosum
ໃຊ້ລະບົບການຈັດກຸ່ມແບບດຽວກັນທີ່ເຄີຍໃຊ້ເພື່ອເກັບນ້ຳໜັກຂໍ້ມູນໃນການຄຳນວນ BLOSUM
matrices ທົດແທນ [Henikoff ແລະ Henikoff, Proc. Natl. ອາກາດ. Sci 89: 10915, 1992].
ລຳດັບແມ່ນການເຊື່ອມໂຍງແບບດຽວເປັນກຸ່ມຢູ່ໃນເກນຕົວຕົນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.62; ເບິ່ງ
-- ກວ້າງ) ແລະພາຍໃນແຕ່ລະກຸ່ມຂອງລໍາດັບ c, ແຕ່ລະລໍາດັບຈະໄດ້ຮັບນ້ໍາຫນັກທີ່ສົມທຽບ
1/ຄ.
--wone
ບໍ່ມີນ້ໍາຫນັກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ. ລໍາດັບທັງຫມົດຖືກມອບຫມາຍນ້ໍາຫນັກທີ່ເປັນເອກະພາບ.
-- ກວ້າງ
ກຳນົດເກນການລະບຸຕົວຕົນທີ່ໃຊ້ໂດຍກຸ່ມການເຊື່ອມໂຍງແບບດຽວໃນເວລານຳໃຊ້ --wblosum.
ບໍ່ຖືກຕ້ອງກັບໂຄງການນ້ໍາຫນັກອື່ນໆ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.62.
ອື່ນໆ OPTIONS
-- ຂໍ້ມູນ
ປະກາດວ່າວັດສະດຸປ້ອນ msafile ຢູ່ໃນຮູບແບບ . ໃນປັດຈຸບັນຈໍານວນຫຼາຍທີ່ຍອມຮັບ
ຮູບແບບໄຟລ໌ລໍາດັບການຈັດລຽງລໍາດັບປະກອບມີ Stockholm, Aligned FASTA, Clustal, NCBI.
PSI-BLAST, PHYLIP, Selex, ແລະ UCSC SAM A2M. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອກວດຫາຮູບແບບຂອງ
ໄຟລ໌.
-- ແກ່ນ
ແກ່ນເຄື່ອງກໍາເນີດຈໍານວນ Random ກັບ , an integer >= 0. ຖ້າ ບໍ່ແມ່ນສູນ, ໃດໆ
simulations stochastic ຈະໄດ້ຮັບການແຜ່ພັນ; ຄໍາສັ່ງດຽວກັນຈະໃຫ້ຄືກັນ
ຜົນໄດ້ຮັບ. ຖ້າ ແມ່ນ 0, ເຄື່ອງກໍາເນີດເລກສຸ່ມແມ່ນ seeded arbitrarily, ແລະ
ການຈໍາລອງ stochastic ຈະແຕກຕ່າງກັນຈາກການແລ່ນໄປຫາຄໍາສັ່ງດຽວກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແກ່ນແມ່ນ 42.
ໃຊ້ Alimask ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
