ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ allversusalle ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
allversusall - ລໍາດັບຂໍ້ມູນຄວາມຄ້າຍຄືກັນຈາກການປຽບທຽບທັງຫມົດ.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ທັງໝົດ - seqinpath ບັນຊີລາຍການ [- ມາຕຣິກເບື້ອງ ມາຕຣິກເບື້ອງ] [-gapopen float] [- ຂະຫຍາຍ float]
-datoutdir ຂີ້ຮ້າຍ -logfile outfile
ທັງໝົດ -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
ທັງໝົດ ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "Utils:Database creation" .
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- seqinpath ບັນຊີລາຍການ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
- ມາຕຣິກເບື້ອງ ມາຕຣິກເບື້ອງ
ຕົວເລືອກນີ້ລະບຸຕາຕະລາງການທົດແທນທີ່ຕົກຄ້າງທີ່ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບລໍາດັບ
ການປຽບທຽບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: EBLOSUM62
ທີ່ກໍານົດໄວ້ ສ່ວນ
ເພີ່ມເຕີມ ສ່ວນ
-gapopen float
ຕົວເລືອກນີ້ກໍານົດການລົງໂທດການໃສ່ຊ່ອງຫວ່າງ. ການລົງໂທດການໃສ່ຊ່ອງຫວ່າງແມ່ນ
ຄະແນນຖືກເອົາໄປເມື່ອຊ່ອງຫວ່າງຖືກສ້າງຂື້ນ. ມູນຄ່າທີ່ດີທີ່ສຸດແມ່ນຂຶ້ນກັບການເລືອກຂອງ
ມາຕຣິກເບື້ອງປຽບທຽບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສົມມຸດວ່າທ່ານກໍາລັງໃຊ້ EBLOSUM62 matrix ສໍາລັບ
ລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ, ແລະຕາຕະລາງ EDDAFULL ສໍາລັບລໍາດັບ nucleotide. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10
- ຂະຫຍາຍ float
ຕົວເລືອກນີ້ກໍານົດການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ. ການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ, ການລົງໂທດແມ່ນເພີ່ມ
ຕໍ່ກັບການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງມາດຕະຖານສໍາລັບແຕ່ລະຖານ ຫຼືສ່ວນທີ່ເຫຼືອຢູ່ໃນຊ່ອງຫວ່າງ. ນີ້ແມ່ນຊ່ອງຫວ່າງດົນປານໃດ
ຖືກລົງໂທດ. ປົກກະຕິແລ້ວທ່ານຈະຄາດຫວັງວ່າຊ່ອງຫວ່າງຍາວບໍ່ຫຼາຍປານໃດແທນທີ່ຈະເປັນຊ່ອງຫວ່າງສັ້ນຫຼາຍ, ດັ່ງນັ້ນ
ການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງຄວນຈະຕ່ໍາກວ່າການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງ. ຂໍ້ຍົກເວັ້ນແມ່ນບ່ອນທີ່
ລໍາດັບຫນຶ່ງຫຼືທັງສອງແມ່ນການອ່ານດຽວທີ່ມີຄວາມຜິດພາດໃນລໍາດັບທີ່ເປັນໄປໄດ້ໃນກໍລະນີນີ້
ທ່ານຈະຄາດຫວັງວ່າຊ່ອງຫວ່າງພື້ນຖານດຽວຫຼາຍ. ທ່ານສາມາດໄດ້ຮັບຜົນໄດ້ຮັບນີ້ໂດຍການກໍານົດຊ່ອງຫວ່າງ
ເປີດການລົງໂທດເປັນສູນ (ຫຼືຕ່ໍາຫຼາຍ) ແລະການນໍາໃຊ້ການລົງໂທດຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງເພື່ອຄວບຄຸມຊ່ອງຫວ່າງ
ຄະແນນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.5
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-datoutdir ຂີ້ຮ້າຍ
ທາງເລືອກນີ້ລະບຸທີ່ຕັ້ງຂອງລໍາດັບຄວາມຄ້າຍຄືກັນໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ (ຜົນຜະລິດ). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ມູນຄ່າ: ./
-logfile outfile
ຕົວເລືອກນີ້ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ບັນທຶກ ALLVERSUSALL (ຜົນຜະລິດ). ໄຟລ໌ບັນທຶກ
ມີຂໍ້ຄວາມກ່ຽວກັບຂໍ້ຜິດພາດທີ່ເກີດຂຶ້ນໃນຂະນະທີ່ ALLVERSUSALL ແລ່ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
allversusall.log
ໃຊ້ allversusalle ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
