ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ aragorn ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
aragorn - ກວດພົບ tRNA genes ໃນລໍາດັບ nucleotide
ສະຫຼຸບສັງລວມ
aragorn [ທາງເລືອກ] ... ເອກະສານ
OPTIONS
-m
ຄົ້ນຫາພັນທຸກໍາຂອງ tmRNA.
-t
ຄົ້ນຫາພັນທຸກໍາຂອງ tRNA. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ທັງໝົດຖືກກວດພົບ. ຖ້າຫາກວ່າຫນຶ່ງໃນ -m or -t ແມ່ນລະບຸໄວ້,
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ອື່ນໆແມ່ນບໍ່ໄດ້ກວດພົບເວັ້ນເສຍແຕ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ເຊັ່ນດຽວກັນ.
- mt
ຊອກຫາ genes Metazoan mitochondrial tRNA. genes tRNA ກັບ introns ບໍ່ກວດພົບ.
-i, -sr ສະວິດຖືກລະເລີຍ. ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ mitochondrial Composite Metazoan ຖືກນໍາໃຊ້.
- mtmam
ຊອກຫາ genes mitochondrial tRNA ຂອງສັດລ້ຽງລູກດ້ວຍນົມແມ່. -i, -sr ສະວິດຖືກລະເລີຍ. - ໂທລະພາບ ສະຫຼັບ
ຕັ້ງ. ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ mitochondrial mammalian ຖືກນໍາໃຊ້.
-mtx
ຄືກັນກັບ - mt ແຕ່ genes tRNA ຄະແນນຕໍ່າບໍ່ໄດ້ຖືກລາຍງານ.
-mtd
ມີການລາຍງານ genes metazoan mitochondrial tRNA ທີ່ທັບຊ້ອນກັນຢູ່ໃນສາຍກົງກັນຂ້າມ.
-gc[num]
ໃຊ້ GenBank transl_table = [num] ລະຫັດພັນທຸກໍາ. ການແກ້ໄຂສ່ວນບຸກຄົນສາມາດເປັນ
ເພີ່ມເຕີມໂດຍນໍາໃຊ້ ,BBB= B = A,C,G, ຫຼື T. ແມ່ນລະຫັດຕົວອັກສອນສາມຕົວສໍາລັບ an
ອາຊິດ amino. ສາມາດລະບຸໄດ້ຫຼາຍກວ່າໜຶ່ງການດັດແກ້. ຕົວຢ່າງ -gcvert,aga=Trp,agg=Trp
ໃຊ້ລະຫັດ Vertebrate Mitochondrial ແລະ codons AGA ແລະ AGG ປ່ຽນເປັນ
ໄບໂຕຟານ.
-gcsd
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາມາດຕະຖານ.
-gcmt
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ Metazoan mitochondrial ປະສົມ.
-gcvert
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ Vertebrate mitochondrial.
-gcinvert
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ mitochondrial Invertebrate.
- gcyeast
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ Yeast mitochondrial.
-gcprot
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາ Mold/Protozoan/Coelenterate mitochondrial.
-gcciliate
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາ Ciliate.
- ແມ່ທ້ອງ gcflat
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ Echinoderm/Flatworm mitochondrial
-gceuplot
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາ Euplotid.
-gcbact
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງແບັກທີເລຍ/ພືດ Chloroplast.
- gcaltyeast
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງເຊື້ອລາທາງເລືອກ.
-gcascid
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ Ascidian Mitochondrial.
-gcaltflat
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ Flatworm Mitochondrial.
-gcblep
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາ Blepharisma.
-gcchloroph
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ Chlorophycean Mitochondrial.
-gctrem
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ Trematode Mitochondrial.
-gcscen
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ Scenedesmus obliquus Mitochondrial.
-gcthraust
ໃຊ້ລະຫັດພັນທຸກໍາຂອງ Thraustochytrium Mitochondrial.
- ໂທລະພາບ
ຢ່າຄົ້ນຫາ mitochondrial TV ທົດແທນ loop tRNA. ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງພຽງແຕ່ຖ້າຫາກວ່າ - mt
ໃຊ້ແລ້ວ.
-c7
ຄົ້ນຫາພັນທຸກໍາ tRNA ດ້ວຍ 7 base C-loops ເທົ່ານັ້ນ.
-i
ຄົ້ນຫາພັນທຸກໍາ tRNA ດ້ວຍ introns ໃນ anticodon loop ທີ່ມີຄວາມຍາວສູງສຸດ 3000 ຖານ.
ຄວາມຍາວຂອງ intro ຕໍາ່ສຸດແມ່ນ 0 ຖານ. ບໍ່ສົນໃຈຖ້າ -m ຖືກກໍານົດ.
-i[ສູງສຸດທີ່ເຄຍ]
ຄົ້ນຫາ tRNA genes ທີ່ມີ introns ໃນ anticodon loop ທີ່ມີຄວາມຍາວສູງສຸດ [ສູງສຸດທີ່ເຄຍ] ຖານ.
ຄວາມຍາວຂອງ intro ຕໍາ່ສຸດແມ່ນ 0 ຖານ. ບໍ່ສົນໃຈຖ້າ -m ຖືກກໍານົດ.
-i[ນາທີ], [ສູງສຸດທີ່ເຄຍ]
ຄົ້ນຫາ tRNA genes ທີ່ມີ introns ໃນ anticodon loop ທີ່ມີຄວາມຍາວສູງສຸດ [ສູງສຸດທີ່ເຄຍ] ຖານ,
ແລະຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດ [ນາທີ] ຖານ. ບໍ່ສົນໃຈຖ້າ -m ຖືກກໍານົດ.
-io
ຄືກັນກັບ -i, ແຕ່ອະນຸຍາດໃຫ້ tRNA genes ທີ່ມີ introns ຍາວເພື່ອ overlap genes tRNA ສັ້ນ.
-ຖ້າ
ຄືກັນກັບ -i, ແຕ່ແກ້ໄຂ intron ລະຫວ່າງຕໍາແຫນ່ງ 37 ແລະ 38 ໃນ C-loop (ຫນຶ່ງຖານຫຼັງຈາກ
anticodon).
-ifo
ຄືກັນກັບ -ຖ້າ ແລະ -io ລວມກັນ.
-ຂອງພວກເຮົາ
ຄືກັນກັບ -i, ແຕ່ລາຍງານພັນທຸກໍາ tRNA ທີ່ມີຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດ [ນາທີ] ພື້ນຖານແທນທີ່ຈະຄົ້ນຫາ
ສໍາລັບພັນທຸກໍາ tRNA ທີ່ມີຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດ [ນາທີ] ຖານ. ດ້ວຍການປ່ຽນແປງນີ້, [ນາທີ] ເຮັດຫນ້າທີ່ເປັນ
ການກັ່ນຕອງຜົນຜະລິດ, ຄວາມຍາວຂອງ intro ຕໍາ່ສຸດທີ່ສໍາລັບການຊອກຫາແມ່ນຍັງ 0 ຖານ.
-c
ສົມມຸດວ່າແຕ່ລະລໍາດັບມີ topology ວົງ. ຄົ້ນຫາອ້ອມຮອບແຕ່ລະປາຍ.
ການຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
-l
ສົມມຸດວ່າແຕ່ລະລໍາດັບມີ topology ເສັ້ນ. ຄົ້ນຫາບໍ່ໄດ້ຫໍ່.
-d
ສອງເທົ່າ. ຄົ້ນຫາທັງສອງ strands ຂອງແຕ່ລະລໍາດັບ. ການຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
-s or -s+
ໂສດ. ຫ້າມຊອກຫາສາຍພັນ (antisense) ປະສົມຂອງແຕ່ລະລຳດັບ.
-sc or -s-
ຄູ່ດຽວ. ຢ່າຄົ້ນຫາຄວາມຮູ້ສຶກຂອງແຕ່ລະລໍາດັບ.
-ps
ຫຼຸດເກນຄະແນນລົງເປັນ 95% ຂອງລະດັບເລີ່ມຕົ້ນ.
-ps[num]
ປ່ຽນເກນຄະແນນເປັນ [num] ເປີເຊັນຂອງລະດັບເລີ່ມຕົ້ນ.
-rp
ປັກທຸງ pseudogenes ທີ່ເປັນໄປໄດ້ (ຄະແນນ <100 ຫຼື tRNA anticodon loop <> ຍາວ 7 ຖານ). ຫມາຍເຫດ
genes ທີ່ມີຄະແນນ < 100 ຈະບໍ່ຖືກກວດພົບ ຫຼືຖືກໝາຍວ່າມີເກນຄະແນນ.
ບໍ່ໄດ້ປ່ຽນເປັນຕ່ໍາກວ່າ 100% (ເບິ່ງ -ps switch).
-seq
ພິມອອກລໍາດັບຕົ້ນຕໍ.
-br
ສະແດງໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງຂອງລຳດັບຫຼັກຂອງ tRNA gene ໂດຍໃຊ້ວົງເລັບຮອບ.
- ໄວ
ພິມອອກລໍາດັບຕົ້ນຕໍໃນຮູບແບບ fasta.
-fo
ພິມອອກລໍາດັບຕົ້ນຕໍໃນຮູບແບບ fasta ເທົ່ານັ້ນ (ບໍ່ມີໂຄງສ້າງຮອງ).
-fon
ຄືກັນກັບ -fo, ທີ່ມີລໍາດັບແລະເລກ gene ໃນສ່ວນຫົວ.
-fos
ຄືກັນກັບ -fo, ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ໃນສ່ວນຫົວ.
-fons
ຄືກັນກັບ -fo, ທີ່ມີລໍາດັບແລະເລກພັນທຸກໍາ, ແຕ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ.
-w
ພິມອອກໃນຮູບແບບ batch.
-ss
ໃຊ້ canonical 1-2 bp spacer1 ແລະ 1 bp spacer2 ທີ່ເຂັ້ມງວດກວ່າ. ບໍ່ສົນໃຈຖ້າ - mt ຕັ້ງ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນອະນຸຍາດໃຫ້ 3 bp spacer1 ແລະ 0-2 bp spacer2, ເຊິ່ງອາດຈະເຮັດໃຫ້ການເລືອກຕົວຫຼຸດລົງ.
-v
ຄຳເວົ້າ. ພິມຂໍ້ມູນໃນລະຫວ່າງການຄົ້ນຫາໄປຫາ STDERR.
-a
ພິມອອກໂດເມນ tRNA ສໍາລັບພັນທຸກໍາ tmRNA.
-a7
ຈຳກັດຄວາມຍາວຂອງ tRNA ສູງສຸດ 7 ຖານ
-aa
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຖ້າສາຍພັນຕົວຮັບ iso ທີ່ຄາດຄະເນໄວ້ບໍ່ກົງກັບຊະນິດຕາມລໍາດັບ
ຊື່ (ຖ້າມີ).
-j
ສະແດງລໍາດັບ 4-base ຢູ່ປາຍ 3' ຂອງ astem ໂດຍບໍ່ຄໍານຶງເຖິງຕົວຮັບ amino-acyl ທີ່ຄາດຄະເນ
ຄວາມຍາວ.
-jr
ອະນຸຍາດໃຫ້ມີຄວາມແຕກຕ່າງຂອງລໍາດັບ 3' amino-acyl ຮັບເອົາຈາກ NCCA.
-jr4
ອະນຸຍາດໃຫ້ມີ divergence ຂອງລໍາດັບ 3' amino-acyl ຮັບເອົາຈາກ NCCA, ແລະສະແດງ 4
ຖານຂໍ້.
-q
ຢ່າພິມເສັ້ນການຕັ້ງຄ່າ (ທີ່ສະຫຼັບແລະໄຟລ໌ຖືກໃຊ້).
-rn
ເຮັດຊ້ໍາຊື່ລໍາດັບກ່ອນຂໍ້ມູນສະຫຼຸບ.
-O [outfile]
ພິມອອກໄປທີ່ . If ['outfile] ມີຢູ່ແລ້ວ, ມັນຖືກຂຽນທັບ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທັງໝົດ
ຜົນຜະລິດໄປຫາ stdout.
ລາຍລະອຽດ
aragorn ກວດພົບ tRNA, mtRNA, ແລະ tmRNA genes. ຄວາມຕ້ອງການຂັ້ນຕ່ໍາແມ່ນຢ່າງຫນ້ອຍ 32 ບິດ
ສະຖາປັດຕະຍະກໍາ compiler (ປະເພດຕົວແປ int ແລະ unsigned int ມີຄວາມຍາວຢ່າງຫນ້ອຍ 4 bytes).
[ເອກະສານ] ຖືວ່າມີໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍລຳດັບໃນຮູບແບບ FASTA. ຜົນໄດ້ຮັບຂອງການຄົ້ນຫາ
ຖືກພິມເປັນ STDOUT. ສະວິດທັງໝົດແມ່ນເປັນທາງເລືອກ ແລະບໍ່ມີຕົວພິມນ້ອຍໃຫຍ່. ເວັ້ນເສຍແຕ່ -i ແມ່ນ
ລະບຸໄວ້, genes tRNA ທີ່ມີ introns ບໍ່ໄດ້ຖືກກວດພົບ.
AUTHORS
Bjorn Canback[email protected]>, Dean Laslett[email protected]>
ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ
Laslett, D. ແລະ Canback, B. (2004) ARAGORN, ໂຄງການສໍາລັບການກວດສອບການໂອນ RNA
ແລະ genes ການໂອນ-messenger RNA ໃນລໍາດັບ nucleotide ການຄົ້ນຄວ້າ Nucleic Acids, 32;11-16
Laslett, D. and Canback, B. (2008) ARWEN: ໂຄງການກວດຫາພັນທຸກໍາຂອງ tRNA ໃນ metazoan
ລໍາດັບ nucleotide mitochondrial Bioinformatics, 24(2); 172-175.
02/24/2013 ARAGORN(1)
ໃຊ້ aragorn ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
