ສິນລະປະ - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

art - ຕົວທ່ອງເວັບຂອງ Artemis genome ແລະເຄື່ອງມືການບັນຍາຍ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ສິນລະປະ [ທາງເລືອກໃນການ] SEQUENCE_FILE [+FEATURE_FILE... ]

OPTIONS

SEQUENCE_FILE ໄຟລ໌ EMBL, GenBank, FASTA, ຫຼື GFF3
FEATURE_FILE ໄຟລ໌ Artemis TAB, ຫຼືໄຟລ໌ GFF

-options FILE ອ່ານໄຟລ໌ຂໍ້ຄວາມຂອງຕົວເລືອກຈາກ FILE
-debug Run ໂດຍໃຊ້ debugging JVM ແທນ
-ໄວ | -fast64 ໃຊ້ FastVM (hp Tru64 UNIX) ດ້ວຍ 32/64 bit
ຈຸດ

-Dblack_belt_mode=? ຮັກສາຂໍ້ຄວາມເຕືອນໃຫ້ໜ້ອຍສຸດ [ຈິງ,ຜິດ]
-Doffset=XXX ເປີດ viewer ຢູ່ຕຳແໜ່ງຖານ XXX [ຈຳນວນເຕັມ >= 1]
-Duserplot=FILE[,FILE2] ເປີດນຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍກວ່ານັ້ນ userplot
-Dloguserplot=FILE[,FILE2] ເປີດ​ໜຶ່ງ ຫຼື​ຫຼາຍ​ໂຄງ​ການ​ຜູ້​ໃຊ້, ເອົາ​ບັນ​ທຶກ (ຂໍ້​ມູນ)
-Dbam=FILE[,FILE2,...] ເປີດໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍໄຟລ໌ BAM, VCF ຫຼື BCF
-DbamClone=n ເປີດ BAM ທັງໝົດໃນຫຼາຍແຜງ (n > 1).
-Dbam[1,2,..]=FILE[,FILE2,..] ເປີດ BAMs ໃນແຖບແຍກຕ່າງຫາກ
-Dshow_snps ສະແດງເຄື່ອງໝາຍ SNP ໃນ BamView
-Dshow_snp_plot ເປີດຕອນ SNP ໃນ BamView
-Dshow_cov_plot ເປີດແຜນການຄຸ້ມຄອງໃນ BamView
-Dshow_forward_lines=? ເຊື່ອງ/ສະແດງເສັ້ນຂອບທາງໜ້າ [ແທ້, ຜິດ]
-Dshow_reverse_lines=? ເຊື່ອງ / ສະແດງເສັ້ນກອບປີ້ນກັບກັນ [ແທ້, ຜິດ]
-Dchado="h:p/d?u" ເອົາ Artemis ເພື່ອເປີດຖານຂໍ້ມູນ CHADO ນີ້
-Dread_only ເປີດຖານຂໍ້ມູນ CHADO ອ່ານເທົ່ານັ້ນ

ຕົວຢ່າງ

% art AJ006275.embl
% art contigs.fa +annotation.gff +islands.tab
% art -Dblack_belt_mode=true -Dbam=ecoli_hiseq.bam E_coli_K12.gbk
% art -Duserplot=repeatmap.plot,geecee.plot Plasmid.gff3

ໃຊ້ສິນລະປະອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net