asn2all - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

asn2all - ສ້າງບົດລາຍງານຈາກຂໍ້ມູນຊີວະພາບ ASN.1

ສະຫຼຸບສັງລວມ

asn2ທັງໝົດ [-] [-A acc] [-F ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-G] [-J n] [-K n] [-M] [-T] [-X] [-a ປະເພດ] [-b] [-c]
[-d ເສັ້ນທາງ] [-f ຮູບແບບ] [-h] [-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-k] [-l] [-n ນະໂຍບາຍ] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-p ເສັ້ນທາງ]
[-r] [-v ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-x ext]

ລາຍລະອຽດ

asn2ທັງໝົດ ມີຈຸດປະສົງຕົ້ນຕໍສໍາລັບການສ້າງບົດລາຍງານຈາກ binary ASN.1 Bioseq-set
ປ່ອຍໄຟລ໌ທີ່ດາວໂຫລດຈາກເວັບໄຊທ໌ NCBI ftp (ໄດເລກະທໍລີ ncbi-asn1). ມັນສາມາດຜະລິດ
GenBank ແລະ GenPept flatfiles, ໄຟລ໌ລໍາດັບ FASTA, INSDSet ໂຄງສ້າງ XML, TinySeq XML,
ແລະຕາຕະລາງຄຸນສົມບັດ 5 ຖັນແບບ Sequin.

ໄຟລ໌ປ່ອຍ (ເຊິ່ງມີນາມສະກຸນ .aso.gz) ຄວນຖືກບີບອັດດ້ວຍ
gunzip(1), ສົ່ງຜົນໃຫ້ໄຟລ໌ທີ່ມີນາມສະກຸນ .asoທີ່ຢູ່ ຍົກ​ຕົວ​ຢ່າງ, gbpri1.aso ເປັນ
ໄຟລ໌ທໍາອິດໃນພະແນກ primate, ແລະຄໍາສັ່ງ

gunzip gbpri1.aso.gz

ຈະມີຜົນໃນ gbpri1.aso ຖືກສ້າງຂື້ນ. ຕົ້ນສະບັບ gbpri1.aso.gz ໄຟລ​໌​ໄດ້​ຖືກ​ໂຍກ​ຍ້າຍ​ອອກ​ຫຼັງ​ຈາກ​
decompression ສົບ​ຜົນ​ສໍາ​ເລັດ​.

In asn2ທັງໝົດ, ຊື່ຂອງໄຟລ໌ທີ່ຈະດໍາເນີນການແມ່ນລະບຸໄວ້ໂດຍ -i ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ
ການໂຕ້ຖຽງ. ໃຊ້ -a t ເພື່ອຊີ້ບອກວ່າມັນເປັນໄຟລ໌ປ່ອຍແລະ -b ເພື່ອຊີ້ບອກວ່າມັນແມ່ນ
ໄບນາຣີ ASN.1. ໄຟລ໌ ASN.1 ຂໍ້ຄວາມທີ່ມາຈາກ Entrez ສາມາດປະມວນຜົນໄດ້ໂດຍການໃຊ້ -a a
ແທນ​ທີ່ -a t -b.

ບັນທຶກຂອງນິວຄລີໂອຕິດແລະທາດໂປຼຕີນສາມາດຖືກປຸງແຕ່ງພ້ອມກັນ. ໃຊ້ -o ການໂຕ້ຖຽງກັບ
ຊີ້ບອກໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ nucleotide, ແລະ -v ການໂຕ້ຖຽງສໍາລັບໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທາດໂປຼຕີນ.

ໄດ້ -f argument ກໍານົດຮູບແບບທີ່ຈະສ້າງ, ແລະຖືກບັນທຶກໄວ້ໃນລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມ
(ພ້ອມກັບທາງເລືອກອື່ນ) ໃນພາກຕໍ່ໄປນີ້.

OPTIONS

ສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກແມ່ນລວມຢູ່ຂ້າງລຸ່ມນີ້.

- ພິມຂໍ້ຄວາມການນໍາໃຊ້

-A ການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ
ການເຂົ້າຍຶດເອົາ; ອາດຈະໃຊ້ແບບຟອມ ການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ,ຄວາມສັບສົນ,ທົງ ບ່ອນທີ່ ຄວາມສັບສົນ
ປົກກະຕິຄວນຈະເປັນ 0 ແລະ ທົງ ມູນຄ່າຂອງ -1 ເປີດໃຊ້ການດຶງເອົາຄຸນສົມບັດພາຍນອກ

-F ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງການເຂົ້າເຖິງ

-G ແຜນທີ່ Genome ທີ່ຜ່ອນຄາຍ

-J n Seq-loc ຈາກ

-K n Seq-loc ກັບ

-M Seq-loc Minus strand

-T ໃຊ້ກະທູ້

-X ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ຄຸນ​ສົມ​ບັດ​ຂະ​ຫຍາຍ​

-a ປະເພດ
ການປ້ອນຂໍ້ມູນປະເພດ ASN.1:
ອັດຕະໂນມັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
c Catedated
z ໃດ
e Seq-entry
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-submit
t ການ​ປຸງ​ແຕ່ງ batch (ເຫມາະ​ສົມ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ອອກ​ຢ່າງ​ເປັນ​ທາງ​ການ​; ອັດ​ຕະ​ໂນ​ມັດ​ກວດ​ສອບ​ປະ​ເພດ​ສະ​ເພາະ​)

-b Bioseq-set ແມ່ນ Binary

-c Bioseq-set ຖືກບີບອັດ

-d ເສັ້ນທາງ
ເສັ້ນທາງໄປຫາຂໍ້ມູນ ASN.1 binary ທີ່ຖືກດັດສະນີ

-f ຮູບແບບ
ຮູບແບບຜົນໄດ້ຮັບ:
g GenBank/GenPept (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
m ແບບແມ່ບົດ GenBank
f FASTA
d CDS FASTA
e Gene FASTA
t ຕາຕະລາງຄຸນສົມບັດ 5 ຖັນແບບ Sequin
y TinySet XML (ຄ້າຍຄືກັບ FASTA)
INSDSet XML (ຄ້າຍຄືກັບ GenBank/GenPept)
ຂໍ້ຄວາມທີ່ທຽບເທົ່າໂຄງສ້າງ ASN.1
x XML ທຽບເທົ່າໂຄງສ້າງ
ອົງປະກອບຂອງ cache

-h ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອເພີ່ມເຕີມ

-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ປ້ອນ​ຊື່​ໄຟລ​໌ (ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ມາດ​ຕະ​ຖານ​ໂດຍ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​)

-k ເປີດໃຊ້ການດຶງຂໍ້ມູນໃນທ້ອງຖິ່ນ

-l ລັອກອົງປະກອບລ່ວງຫນ້າ

-n ນະໂຍບາຍ
ນະໂຍບາຍໃກ້ກັບ FASTA:
a ທັງ ໝົດ
n ໃກ້ເທົ່ານັ້ນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
f ໄກເທົ່ານັ້ນ

-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຊື່ໄຟລ໌ Nucleotide Output

-p ເສັ້ນທາງ
ເສັ້ນທາງໄປຫາໄຟລ໌

-r ເປີດໃຊ້ການດຶງຂໍ້ມູນທາງໄກ

-v ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທາດໂປຼຕີນ

-x ext ການເລືອກໄຟລ໌ຕໍ່ທ້າຍເມື່ອເຮັດວຽກກັບໄດເລກະທໍລີທັງໝົດ. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ .aso)

ຕົວຢ່າງ

ຄໍາສັ່ງ

asn2all -i gbpri1.aso -at -b -fg -o gbpri1.nuc -v gbpri1.prt

ຈະສ້າງບົດລາຍງານ GenBank ແລະ GenPept ຈາກ gbpri1.aso.

ໃຊ້ asn2all ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net