bowtie2-align-s - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

bowtie2-align-s - ເຄື່ອງ​ມື backend ໄວ​ແລະ​ຄວາມ​ຊົງ​ຈໍາ​ປະ​ສິດ​ທິ​ພາບ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຈັດ​ລໍາ​ດັບ
ອ່ານຕໍ່ລຳດັບການອ້າງອີງຍາວ

ລາຍລະອຽດ

Bowtie 2 ຮຸ່ນ 2.2.6 ໂດຍ Ben Langmead (langmea@cs.jhu.edu, www.cs.jhu.edu/~langmea)

ການນໍາໃຊ້

bowtie2-align [ຕົວເລືອກ]* -x {-2 -2 | -U } [-ສ ]


Index filename prefix (ລົບຕໍ່ທ້າຍ .X.bt2). ໝາຍເຫດ: ດັດຊະນີ Bowtie 1 ແລະ Bowtie 2
ບໍ່ເຂົ້າກັນໄດ້.

ໄຟລ໌ທີ່ມີຄູ່ #1, ຈັບຄູ່ກັບໄຟລ໌ໃນ .

ໄຟລ໌ທີ່ມີຄູ່ #2, ຈັບຄູ່ກັບໄຟລ໌ໃນ .

ໄຟລ໌ທີ່ມີການອ່ານທີ່ບໍ່ໄດ້ຈັບຄູ່.

ໄຟລ໌ສໍາລັບຜົນຜະລິດ SAM (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: stdout)

, , ສາມາດເປັນລາຍການທີ່ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດ (ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ) ແລະສາມາດລະບຸໄດ້
ຫຼາຍເທື່ອ. ຕົວຢ່າງ '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

OPTIONS (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ in ວົງເລັບ)

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-q ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແບບສອບຖາມແມ່ນ FASTQ .fq/.fastq (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

--qseq ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແບບສອບຖາມແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ qseq ຂອງ Illumina

-f ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແບບສອບຖາມແມ່ນ (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແບບສອບຖາມແມ່ນເປັນວັດຖຸດິບໜຶ່ງລຳດັບຕໍ່ແຖວ

-c , , ແມ່ນລໍາດັບດ້ວຍຕົນເອງ, ບໍ່ແມ່ນໄຟລ໌

-s// ຂ້າມ
ຂ້າມຄັ້ງທໍາອິດ ອ່ານ/ຄູ່ໃນການປ້ອນຂໍ້ມູນ (ບໍ່ມີ)

-u// ເຖິງ
ຢຸດຫຼັງຈາກທໍາອິດ ອ່ານ/ຄູ່ (ບໍ່ຈຳກັດ)

-5///-trim5
ຕັດ ພື້ນຖານຈາກ 5'/ ປາຍຊ້າຍຂອງການອ່ານ (0)

-3///-trim3
ຕັດ ພື້ນຖານຈາກ 3'/ ປາຍຂວາຂອງການອ່ານ (0)

--phred33
ຄຸນນະພາບແມ່ນ Phred +33 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

--phred64
ຄຸນນະພາບແມ່ນ Phred+64

--int-quals
ຄຸນ​ນະ​ພາບ​ທີ່​ເຂົ້າ​ລະ​ຫັດ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຈໍາ​ກັດ​ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​

presets:
ຄື​ກັນ​ກັບ:

ສໍາລັບການ --end-to-end:

--ໄວຫຼາຍ -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

-- ໄວ -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--sensitive -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

--sensitive ຫຼາຍ -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

ສໍາລັບການ --ທ້ອງຖິ່ນ:

--ໄວຫຼາຍ-ທ້ອງຖິ່ນ -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--ໄວ-ທ້ອງຖິ່ນ -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--sensitive-local -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

--sensitive ຫຼາຍ-ທ້ອງຖິ່ນ -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

ຈັດລຽນ:
-N
ສູງສຸດ # ບໍ່ກົງກັນໃນການຈັດຮຽງແກ່ນ; ສາມາດເປັນ 0 ຫຼື 1 (0)

-L
ຄວາມຍາວຂອງສາຍຍ່ອຍຂອງແກ່ນ; ຕ້ອງເປັນ >3, <32 (22)

-i
ໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງສາຍພັນຍ່ອຍ w/r/t ອ່ານເລນ (S,1,1.15)

--n-ceil
func ສໍາລັບສູງສຸດ # ທີ່ບໍ່ແມ່ນ A/C/G/Ts ອະນຸຍາດໃນ aln (L,0,0.15)

--dpad
ລວມ ຕົວ​ອັກ​ສອນ​ພິ​ເສດ​ກ່ຽວ​ກັບ​ດ້ານ​ຂອງ​ຕາ​ຕະ​ລາງ DP (15​)

--gbar
ບໍ່​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ພາຍ​ໃນ​ nucs ຂອງ​ການ​ອ່ານ​ທີ່​ສຸດ (4​)

--ignore-quals
ປະຕິບັດຄ່າຄຸນນະພາບທັງຫມົດເປັນ 30 ໃນລະດັບ Phred (ປິດ)

--nofw ບໍ່​ວາງ​ໄປ​ຂ້າງ​ຫນ້າ (ຕົ້ນ​ສະ​ບັບ​) ເວີ​ຊັນ read (off​)

--norc ບໍ່ຈັດຮຽງ reverse-complement version of read (off)

--no-1mm-ທາງຫນ້າ
ຢ່າປ່ອຍໃຫ້ 1 ການຈັດຮຽງທີ່ບໍ່ກົງກັນກ່ອນທີ່ຈະພະຍາຍາມສະແກນຫາເມັດທີ່ດີທີ່ສຸດ
ການຈັດວາງ

--end-to-end
ອ່ານທັງໝົດຕ້ອງສອດຄ່ອງ; ບໍ່ມີການຕັດ (ເປີດ)

OR

--ທ້ອງຖິ່ນ
ສອດຄ່ອງທ້ອງຖິ່ນ; ປາຍອາດຈະຖືກຕັດອ່ອນໆ (ປິດ)

ຄະແນນ:
--ມາ
ໂບນັດການແຂ່ງຂັນ (0 ສໍາລັບ --end-to-end, 2 ສໍາລັບ --ທ້ອງຖິ່ນ)

--mp
ການລົງໂທດສູງສຸດສໍາລັບການບໍ່ກົງກັນ; ຄຸນນະພາບຕ່ຳ = ໂທດຕ່ຳ (6)

--np
ການລົງໂທດສຳລັບທີ່ບໍ່ແມ່ນ A/C/G/Ts ໃນການອ່ານ/ອ້າງອີງ (1)

--rdg ,
ອ່ານຊ່ອງຫວ່າງເປີດ, ຂະຫຍາຍການລົງໂທດ (5,3)

--rfg ,
ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ກະ​ສານ​ອ້າງ​ອີງ​ເປີດ​, ຂະ​ຫຍາຍ​ການ​ລົງ​ໂທດ (5,3​)

--ຄະແນນ-ນາທີ ຄະແນນການຈັດຕໍາແໜ່ງທີ່ຍອມຮັບໄດ້ w/r/t ຄວາມຍາວອ່ານ
(G,20,8 ສໍາລັບທ້ອງຖິ່ນ, L,-0.6,-0.6 ສໍາລັບ end-to-end)

ການລາຍງານ:
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
ຊອກຫາການຈັດລໍາດັບຫຼາຍ, ລາຍງານທີ່ດີທີ່ສຸດ, ກັບ MAPQ

OR

-k
ລາຍງານເຖິງ alns ຕໍ່ອ່ານ; MAPQ ບໍ່ມີຄວາມຫມາຍ

OR

-a// ທັງໝົດ
ລາຍງານການຈັດວາງທັງໝົດ; ຊ້າຫຼາຍ, MAPQ ບໍ່ມີຄວາມຫມາຍ

ຄວາມພະຍາຍາມ:
-D
ໃຫ້ເຖິງການຂະຫຍາຍພາຍຫຼັງ ລົ້ມເຫລວຂະຫຍາຍຕິດຕໍ່ກັນ (15)

-R
ສໍາ​ລັບ​ການ​ອ່ານ w/ ເມັດ​ຊ​້​ໍາ​, ພະ​ຍາ​ຍາມ​ ຊຸດເມັດ (2)

ປາຍຄູ່:

-I/--ນາທີ
ຄວາມຍາວຂອງຊິ້ນສ່ວນຕໍາ່ສຸດ (0)

-X// maxins
ຄວາມຍາວຂອງຊິ້ນສ່ວນສູງສຸດ (500)

--fr//-rf/--ff -1, -2 ຄູ່ຈັດຮຽງ fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

-- ບໍ່ປະສົມ
ສະກັດກັ້ນການຈັດຮຽງທີ່ບໍ່ໄດ້ຈັບຄູ່ສໍາລັບການອ່ານຄູ່

-- ບໍ່​ປະ​ທະ​ກັນ​
ສະກັດກັ້ນການຈັດຮຽງທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນສໍາລັບການອ່ານຄູ່

--no-dovetail
ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນເມື່ອຄູ່ຄອງຂ້າມກັນແລະກັນ

--ບໍ່ມີ
ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນເມື່ອການຈັດຄູ່ຄູ່ໜຶ່ງປະກອບດ້ວຍອັນອື່ນ

--no-overlap
ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນເມື່ອຄູ່ຊ້ອນກັນ

ຜົນໄດ້ຮັບ:
-t/-- ເວລາ
ພິມເວລາໂມງຕິດຝາໂດຍໄລຍະການຄົ້ນຫາ

--ງຽບ
ພິມບໍ່ມີຫຍັງທີ່ຈະ stderr ຍົກເວັ້ນຄວາມຜິດພາດທີ່ຮ້າຍແຮງ

--met-file
ສົ່ງ metrics ກັບໄຟລ໌ທີ່ (ປິດ)

--met-stderr
ສົ່ງ metrics ກັບ stderr (ປິດ)

--ພົບ
ລາຍ​ງານ​ຕົວ​ນັບ​ພາຍ​ໃນ & metrics ທຸກ ວິນາທີ (1)

--no-unal
ສະກັດກັ້ນການບັນທຶກ SAM ສໍາລັບການອ່ານທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນ

--ບໍ່ຫົວ
supppress header lines, ie ແຖວເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ @

--no-sq
ສະກັດກັ້ນ @SQ ແຖວຫົວ

--rg-id
ຕັ້ງ id ກຸ່ມອ່ານ, ສະທ້ອນໃຫ້ເຫັນໃນແຖວ @RG ແລະ RG:Z: ເລືອກຊ່ອງຂໍ້ມູນ

--rg
ເພີ່ມ ("lab:value") ຫາແຖວ @RG ຂອງ SAM header. ໝາຍເຫດ: ເສັ້ນ @RG ພິມອອກເທົ່ານັ້ນ
ໃນເວລາທີ່ --rg-id ຖືກກໍານົດ.

--omit-sec-seq
ໃສ່ '*' ໃນຊ່ອງ SEQ ແລະ QUAL ສໍາລັບການຈັດລໍາດັບຂັ້ນສອງ.

ການປະຕິບັດ:
-p// ກະທູ້ ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ກະ​ທູ້​ຈັດ​ຕັ້ງ​ເພື່ອ​ເປີດ (1​)

--ສັ່ງໃໝ່
ບັງຄັບຄໍາສັ່ງຜົນຜະລິດ SAM ໃຫ້ກົງກັບຄໍາສັ່ງຂອງ input ອ່ານ

--mm ໃຊ້ Memory-mapped I/O ສໍາລັບດັດສະນີ; bowtie ຫຼາຍ​ຄົນ​ສາ​ມາດ​ແບ່ງ​ປັນ​

ອື່ນ ໆ :
--qc-filter
ກັ່ນຕອງການອ່ານທີ່ບໍ່ດີຕາມຕົວກອງ QSEQ

-- ແກ່ນ
ແກ່ນ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຜະ​ລິດ​ຈໍາ​ນວນ Random (0​)

-- ບໍ່​ແມ່ນ​ການ​ກໍາ​ນົດ​ ແກ່ນ rand. gen. arbitrarily ແທນທີ່ຈະໃຊ້ຄຸນລັກສະນະການອ່ານ

- ການປ່ຽນແປງ
ພິມຂໍ້ມູນສະບັບແລະອອກ

-h// ຊ່ວຍເຫຼືອ
ພິມຂໍ້ຄວາມການນໍາໃຊ້ນີ້

ໃຊ້ bowtie2-align-s ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net