ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ bp_biofetch_genbank_proxyp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຟຣີຫຼາຍອັນຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
bp_biofetch_genbank_proxy.pl - Caching BioFetch-compatible web proxy ສໍາລັບ GenBank
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ຕິດຕັ້ງຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີ cgi-bin ຂອງເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍເວັບ. ຢືນຄືນ.
ລາຍລະອຽດ
ສະຄຣິບ CGI ນີ້ເຮັດໜ້າທີ່ເປັນເຊີບເວີຂອງໂປຣໂຕຄໍ BioFetch ຕາມທີ່ໄດ້ອະທິບາຍໄວ້ໃນ
http://obda.open-bio.org/Specs/. ມັນສະຫນອງສອງການບໍລິການເຂົ້າເຖິງຖານຂໍ້ມູນ, ຫນຶ່ງສໍາລັບຂໍ້ມູນ
ແຫຼ່ງ "genbank" (ລາຍການ nucleotide) ແລະແຫຼ່ງຂໍ້ມູນອື່ນໆ "genpep" (ທາດໂປຼຕີນ.
ລາຍການ).
ສະຄຣິບນີ້ເຮັດວຽກໂດຍການສົ່ງຕໍ່ຄໍາຮ້ອງຂໍຂອງມັນໄປຫາສະຄິບ eutils ຂອງ NCBI, ເຊິ່ງອາໄສຢູ່
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi. ຈາກນັ້ນກໍ່ປະຕິຮູບຜົນຜະລິດ
ອີງຕາມຮູບແບບ BioFetch ດັ່ງນັ້ນລໍາດັບສາມາດດໍາເນີນການແລະສົ່ງຄືນໂດຍ
ຊີວະປະຫວັດ::DB::ໂມດູນ BioFetch. ລາຍການທີ່ສົ່ງຄືນຖືກເກັບໄວ້ຊົ່ວຄາວຢູ່ໃນເວັບເຊີບເວີ
ລະບົບໄຟລ໌, ອະນຸຍາດໃຫ້ການເຂົ້າເຖິງເລື້ອຍໆຈະໄດ້ຮັບການດຶງຂໍ້ມູນໂດຍບໍ່ມີການຮອບອີກ
ການເດີນທາງໄປ NCBI.
ການຕິດຕັ້ງ
ທ່ານຕ້ອງມີການຕິດຕັ້ງຕໍ່ໄປນີ້ເພື່ອແລ່ນສະຄຣິບນີ້:
1) perl
2) ໂມດູນ perl LWP ແລະ Cache::FileCache
3) web server (ແນະນໍາ Apache)
ເພື່ອຕິດຕັ້ງສະຄຣິບນີ້, ສຳເນົາມັນໃສ່ໄດເຣັກທໍຣີ cgi-bin ຂອງເຊີບເວີ. ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການ
ຫຍໍ້ຊື່; "dbfetch" ແມ່ນແນະນໍາ.
ມີຫຼາຍຕົວຄົງທີ່ຢູ່ເທິງສຸດຂອງສະຄຣິບທີ່ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການປັບ.
ພວກນີ້ແມ່ນ:
CACHE_LOCATION
ນີ້ແມ່ນສະຖານທີ່ຢູ່ໃນລະບົບໄຟລ໌ທີ່ໄຟລ໌ທີ່ເກັບໄວ້ໃນຖານຄວາມຈໍາຈະຕັ້ງຢູ່. ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ /usr/tmp/dbfetch_cache.
MAX_SIZE
ນີ້ແມ່ນຂະຫນາດສູງສຸດທີ່ແຄດສາມາດເຕີບໂຕໄດ້. ເມື່ອ cache ເກີນຂະຫນາດນີ້
ລາຍການເກົ່າຈະຖືກລຶບອັດຕະໂນມັດ. ການຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 100,000,000 bytes
(.100,.XNUMX MB MB MB).
ໝົດອາຍຸ
ລາຍການທີ່ບໍ່ໄດ້ເຂົ້າເຖິງໃນໄລຍະເວລານີ້ຈະຖືກເອົາອອກຈາກ cache.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1 ອາທິດ.
ລ້າງ
ຄົງທີ່ນີ້ລະບຸວ່າແຄດຈະຖືກລຶບລ້າງເລື້ອຍໆສໍ່າໃດສຳລັບລາຍການທີ່ເກົ່າກວ່າ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນ 1 ຊົ່ວໂມງ.
ທົດສອບ
ເພື່ອເບິ່ງວ່າສະຄຣິບນີ້ເຮັດວຽກຕາມທີ່ຄາດໄວ້, ເຈົ້າອາດຈະທົດສອບມັນດ້ວຍສະຄຣິບນີ້:
ໃຊ້ Bio::DB::BioFetch;
$db ຂອງຂ້ອຍ = Bio::DB::BioFetch->new(-baseaddress=>'http://localhost/cgi-bin/dbfetch',
-format => 'genbank',
-db => 'genbank');
$seq ຂອງຂ້ອຍ = $db->get_Seq_by_id('DDU63596');
ພິມ $seq->seq,"\n";
ນີ້ຄວນຈະພິມອອກລໍາດັບ DNA.
ໃຊ້ bp_biofetch_genbank_proxyp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
