bp_biofetch_genbank_proxyp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

bp_biofetch_genbank_proxy.pl - Caching BioFetch-compatible web proxy ສໍາລັບ GenBank

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ຕິດຕັ້ງຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີ cgi-bin ຂອງເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍເວັບ. ຢືນຄືນ.

ລາຍລະອຽດ

ສະຄຣິບ CGI ນີ້ເຮັດໜ້າທີ່ເປັນເຊີບເວີຂອງໂປຣໂຕຄໍ BioFetch ຕາມທີ່ໄດ້ອະທິບາຍໄວ້ໃນ
http://obda.open-bio.org/Specs/. ມັນສະຫນອງສອງການບໍລິການເຂົ້າເຖິງຖານຂໍ້ມູນ, ຫນຶ່ງສໍາລັບຂໍ້ມູນ
ແຫຼ່ງ "genbank" (ລາຍການ nucleotide) ແລະແຫຼ່ງຂໍ້ມູນອື່ນໆ "genpep" (ທາດໂປຼຕີນ.
ລາຍການ).

ສະຄຣິບນີ້ເຮັດວຽກໂດຍການສົ່ງຕໍ່ຄໍາຮ້ອງຂໍຂອງມັນໄປຫາສະຄິບ eutils ຂອງ NCBI, ເຊິ່ງອາໄສຢູ່
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi. ຈາກນັ້ນກໍ່ປະຕິຮູບຜົນຜະລິດ
ອີງຕາມຮູບແບບ BioFetch ດັ່ງນັ້ນລໍາດັບສາມາດດໍາເນີນການແລະສົ່ງຄືນໂດຍ
ຊີວະປະຫວັດ::DB::ໂມດູນ BioFetch. ລາຍການທີ່ສົ່ງຄືນຖືກເກັບໄວ້ຊົ່ວຄາວຢູ່ໃນເວັບເຊີບເວີ
ລະ​ບົບ​ໄຟລ​໌​, ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ການ​ເຂົ້າ​ເຖິງ​ເລື້ອຍໆ​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ດຶງ​ຂໍ້​ມູນ​ໂດຍ​ບໍ່​ມີ​ການ​ຮອບ​ອີກ​
ການເດີນທາງໄປ NCBI.

ການຕິດຕັ້ງ
ທ່ານຕ້ອງມີການຕິດຕັ້ງຕໍ່ໄປນີ້ເພື່ອແລ່ນສະຄຣິບນີ້:

1) perl
2) ໂມດູນ perl LWP ແລະ Cache::FileCache
3) web server (ແນະນໍາ Apache)

ເພື່ອຕິດຕັ້ງສະຄຣິບນີ້, ສຳເນົາມັນໃສ່ໄດເຣັກທໍຣີ cgi-bin ຂອງເຊີບເວີ. ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການ
ຫຍໍ້ຊື່; "dbfetch" ແມ່ນແນະນໍາ.

ມີຫຼາຍຕົວຄົງທີ່ຢູ່ເທິງສຸດຂອງສະຄຣິບທີ່ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການປັບ.
ພວກ​ນີ້​ແມ່ນ:

CACHE_LOCATION

ນີ້ແມ່ນສະຖານທີ່ຢູ່ໃນລະບົບໄຟລ໌ທີ່ໄຟລ໌ທີ່ເກັບໄວ້ໃນຖານຄວາມຈໍາຈະຕັ້ງຢູ່. ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ /usr/tmp/dbfetch_cache.

MAX_SIZE

ນີ້ແມ່ນຂະຫນາດສູງສຸດທີ່ແຄດສາມາດເຕີບໂຕໄດ້. ເມື່ອ cache ເກີນຂະຫນາດນີ້
ລາຍການເກົ່າຈະຖືກລຶບອັດຕະໂນມັດ. ການຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 100,000,000 bytes
(.100,.XNUMX MB MB MB).

ໝົດອາຍຸ

ລາຍການທີ່ບໍ່ໄດ້ເຂົ້າເຖິງໃນໄລຍະເວລານີ້ຈະຖືກເອົາອອກຈາກ cache.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1 ອາທິດ.

ລ້າງ

ຄົງທີ່ນີ້ລະບຸວ່າແຄດຈະຖືກລຶບລ້າງເລື້ອຍໆສໍ່າໃດສຳລັບລາຍການທີ່ເກົ່າກວ່າ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນ 1 ຊົ່ວໂມງ.

ທົດສອບ

ເພື່ອເບິ່ງວ່າສະຄຣິບນີ້ເຮັດວຽກຕາມທີ່ຄາດໄວ້, ເຈົ້າອາດຈະທົດສອບມັນດ້ວຍສະຄຣິບນີ້:

ໃຊ້ Bio::DB::BioFetch;
$db ຂອງຂ້ອຍ = Bio::DB::BioFetch->new(-baseaddress=>'http://localhost/cgi-bin/dbfetch',
-format => 'genbank',
-db => 'genbank');
$seq ຂອງຂ້ອຍ = $db->get_Seq_by_id('DDU63596');
ພິມ $seq->seq,"\n";

ນີ້ຄວນຈະພິມອອກລໍາດັບ DNA.

ໃຊ້ bp_biofetch_genbank_proxyp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net