ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ bp_download_query_genbankp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
bp_download_query_genbank - script ເພື່ອສອບຖາມ Genbank ແລະດຶງຂໍ້ມູນບັນທຶກ
ການນໍາໃຊ້
bp_download_query_genbank --query "Neurospora[ORGN]" --db nucest -o Ncrassa_ESTs.fa --format fasta
bp_download_query_genbank --queryfile 'filewithquery' --db nucest -o Ncrassa_ESTs.fa --format fasta
ອື່ນ ໆ ທາງເລືອກໃນການ
ສະໜອງໜຶ່ງໃນ:
-q --query string query OR
--queryfile ໄຟລ໌ໂປຣໄຟລ໌ທີ່ມີການສອບຖາມ OR
--gi --gis --gifile ໄຟລ໌ທີ່ມີບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ GIs ເພື່ອດາວໂຫລດ
ປະເພດຖານຂໍ້ມູນ:
-d --db ຖານຂໍ້ມູນ (nucleotide [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ], nucest, ທາດໂປຼຕີນ, )
-o --out --outfile ໄຟລ໌ output (ຜົນໄດ້ຮັບແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຫນ້າຈໍຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ)
-f --format ລໍາດັບໄຟລ໌ຮູບແບບຜົນຜະລິດ (fasta ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-v --verbose debugging output
ການສອບຖາມ ທາງເລືອກໃນການ
--maxids ຈໍານວນສູງສຸດຂອງ ID ທີ່ຈະດຶງຂໍ້ມູນໃນຊຸດ (100 ຕໍ່ເວລາໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
--reldate
--maxdate maxdate ສໍາລັບບັນທຶກ
--mindate ວັນທີຕໍາ່ສຸດທີ່ສໍາລັບການບັນທຶກ
--datetype edat ຫຼື mdat (ເຂົ້າ ຫຼືດັດແກ້)
ຜູ້ຂຽນ Jason Stajich
Jason Stajich, jason-AT-bioperl.org
ໃຊ້ bp_download_query_genbankp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
