cdhit-est-2d - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

cdhit-est-2d - ແລ່ນ CD-HIT algorithm ໃນລໍາດັບ RNA/DNA ໃນຮູບແບບ db1 ຫຼື db2

ສະຫຼຸບສັງລວມ

cdhit-est-2d [ທາງເລືອກໃນການ]

ລາຍລະອຽດ

====== CD-HIT ລຸ້ນ 4.6 (ສ້າງໃນວັນທີ 23 ມັງກອນ 2016) ======

ທາງເລືອກໃນການ

-i ໃສ່ຊື່ໄຟລ໌ສໍາລັບ db1 ໃນຮູບແບບ fasta, ຕ້ອງການ

-i2 ໃສ່ຊື່ໄຟລ໌ສໍາລັບ db2 ໃນຮູບແບບ fasta, ຕ້ອງການ

-o ອອກຊື່ໄຟລ໌, ຕ້ອງການ

-c sequence identity threshold, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.9 ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ cd-hit's "global
ຕົວຕົນຂອງລໍາດັບ" ຄິດໄລ່ເປັນ: ຈໍານວນຂອງອາຊິດ amino ທີ່ຄືກັນໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ
ແບ່ງຕາມຄວາມຍາວເຕັມຂອງລໍາດັບສັ້ນກວ່າ

-G ໃຊ້ຕົວຕົນຂອງລຳດັບທົ່ວໂລກ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 0, ຈາກນັ້ນໃຊ້ລຳດັບທ້ອງຖິ່ນ
ເອກະລັກ, ຄິດໄລ່ເປັນ : ຈໍານວນຂອງອາຊິດ amino ທີ່ຄືກັນໃນການຈັດຮຽງແບ່ງດ້ວຍ
ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ​ການ​ຈັດ​ສັນ​ຫມາຍ​ເຫດ !!! ຢ່າໃຊ້ -G 0 ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າທ່ານໃຊ້ການຈັດລໍາດັບ
ການຄວບຄຸມການຄຸ້ມຄອງເບິ່ງທາງເລືອກ -aL, -AL, -aS, -AS

-b band_width ຂອງການຈັດຮຽງ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 20

-M ຈໍາກັດຄວາມຈໍາ (ໃນ MB) ສໍາລັບໂຄງການ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 800; 0 ສໍາລັບການບໍ່ຈໍາກັດ;

-T ຈຳນວນກະທູ້, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1; ດ້ວຍ 0, CPU ທັງໝົດຈະຖືກໃຊ້

-n word_length, default 10, ເບິ່ງຄູ່ມືຂອງຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບການເລືອກມັນ

-l ຄວາມຍາວຂອງ throw_away_sequences, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 10

-d ຄວາມຍາວຂອງຄໍາອະທິບາຍໃນໄຟລ໌ .clstr, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 20 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 0, ມັນຈະໃຊ້ fasta
defline ແລະຢຸດຢູ່ໃນຊ່ອງທໍາອິດ

-s ຕັດຄວາມແຕກຕ່າງຄວາມຍາວ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.0 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 0.9, ລຳດັບທີ່ສັ້ນກວ່າຈະຕ້ອງ
ຕ້ອງມີຄວາມຍາວຢ່າງໜ້ອຍ 90% ຂອງຕົວແທນຂອງກຸ່ມ

-S ຕັດຄວາມແຕກຕ່າງຄວາມຍາວໃນອາຊິດ amino, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 999999 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 60, ຄວາມຍາວ
ຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງລໍາດັບທີ່ສັ້ນກວ່າແລະຕົວແທນຂອງກຸ່ມສາມາດ
ບໍ່ໃຫຍ່ກວ່າ 60

-s2 ການຕັດຄວາມແຕກຕ່າງຄວາມຍາວສໍາລັບ db1, default 1.0 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, seqs ໃນ db1 >= seqs ໃນ
db2 ໃນກຸ່ມດຽວກັນຖ້າຕັ້ງເປັນ 0.9, seqs ໃນ db1 ອາດຈະພຽງແຕ່ >= 90% seqs ໃນ db2

ສ .2 ການຕັດຄວາມແຕກຕ່າງຂອງຄວາມຍາວ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, seqs ໃນ db1 >= seqs ໃນ db2 ໃນ a
ກຸ່ມດຽວກັນຖ້າຕັ້ງເປັນ 60, seqs ໃນ db2 ອາດຈະ 60aa ຍາວກວ່າ seqs ໃນ db1

-aL ການ​ຄຸ້ມ​ຄອງ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ສໍາ​ລັບ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ຍາວ​ກວ່າ​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 0.0 ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ຕັ້ງ​ເປັນ 0.9​, ໄດ້​
ການຈັດລຽງຕ້ອງກວມເອົາ 90% ຂອງລໍາດັບ

-AL ການ​ຄວບ​ຄຸມ​ການ​ຄຸ້ມ​ຄອງ​ການ​ຈັດ​ວາງ​ສໍາ​ລັບ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ຍາວ​ກວ່າ​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 99999999 ຖ້າ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ເປັນ 60​,
ແລະຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບແມ່ນ 400, ຫຼັງຈາກນັ້ນການຈັດລໍາດັບຕ້ອງເປັນ >= 340 (400-60)
ສິ່ງເສດເຫຼືອ

-aS ການ​ຄຸ້ມ​ຄອງ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ສໍາ​ລັບ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ສັ້ນ​ກວ່າ​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 0.0 ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ຕັ້ງ​ເປັນ 0.9​, ໄດ້
ການຈັດລຽງຕ້ອງກວມເອົາ 90% ຂອງລໍາດັບ

-AS ການ​ຄວບ​ຄຸມ​ການ​ຄຸ້ມ​ຄອງ​ການ​ຈັດ​ວາງ​ສໍາ​ລັບ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ສັ້ນ​ກວ່າ​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 99999999 ຖ້າ​ຕັ້ງ​ເປັນ 60​,
ແລະຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບແມ່ນ 400, ຫຼັງຈາກນັ້ນການຈັດລໍາດັບຕ້ອງເປັນ >= 340 (400-60)
ສິ່ງເສດເຫຼືອ

-A ການ​ຄວບ​ຄຸມ​ການ​ຄຸ້ມ​ຄອງ​ການ​ຈັດ​ລຽງ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ສໍາ​ລັບ​ການ​ທັງ​ສອງ​ລໍາ​ດັບ​, ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 0 ຕ້ອງ​
cover >= ຄ່ານີ້ສໍາລັບທັງສອງລໍາດັບ

-uL ອັດ​ຕາ​ສ່ວນ​ທີ່​ບໍ່​ກົງ​ກັນ​ສູງ​ສຸດ​ສໍາ​ລັບ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ຍາວ​ກວ່າ​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 1.0 ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ຕັ້ງ​ເປັນ 0.1​,
ພາກພື້ນທີ່ບໍ່ກົງກັນ (ບໍ່ລວມຊ່ອງຫວ່າງຊັ້ນນໍາ ແລະຫາງ) ຈະຕ້ອງບໍ່ເກີນ 10%
ຂອງລໍາດັບ

-ພວກ​ເຮົາ ອັດ​ຕາ​ສ່ວນ​ທີ່​ບໍ່​ກົງ​ກັນ​ສູງ​ສຸດ​ສໍາ​ລັບ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ສັ້ນ​ກວ່າ​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 1.0 ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ຕັ້ງ​ເປັນ 0.1​,
ພາກພື້ນທີ່ບໍ່ກົງກັນ (ບໍ່ລວມຊ່ອງຫວ່າງຊັ້ນນໍາ ແລະຫາງ) ຈະຕ້ອງບໍ່ເກີນ 10%
ຂອງລໍາດັບ

-U ຄວາມຍາວສູງສຸດທີ່ບໍ່ກົງກັນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 99999999 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 10, ພາກພື້ນທີ່ບໍ່ກົງກັນ
(ບໍ່ລວມຊ່ອງຫວ່າງຊັ້ນນໍາ ແລະຫາງ) ຈະຕ້ອງບໍ່ເກີນ 10 ຖານ

-B 1 ຫຼື 0, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0, ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ລໍາດັບຈະຖືກເກັບໄວ້ໃນ RAM ຖ້າຕັ້ງເປັນ 1, ລໍາດັບ.
ຖືກເກັບໄວ້ໃນຮາດໄດມັນແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ -B 1 ສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່

-p 1 ຫຼື 0, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 1, ການຈັດຮຽງການຈັດວາງທັບຊ້ອນກັນໃນໄຟລ໌ .clstr

-g 1 ຫຼື 0, default 0 ໂດຍ cd-hit's algorithm default, ລໍາດັບແມ່ນ clustered ກັບ the
ກຸ່ມທໍາອິດທີ່ກົງກັບເກນ (ກຸ່ມໄວ). ຖ້າຕັ້ງເປັນ 1, ໂຄງການຈະ
ຈັດກຸ່ມມັນເຂົ້າໄປໃນກຸ່ມທີ່ຄ້າຍຄືກັນທີ່ສຸດທີ່ກົງກັບເກນ (ຖືກຕ້ອງແຕ່ຊ້າ
mode) ແຕ່ 1 ຫຼື 0 ຈະບໍ່ປ່ຽນຕົວແທນຂອງກຸ່ມສຸດທ້າຍ

-r 1 ຫຼື 0, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1, ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເຮັດທັງສອງ +++ & +/- ຈັດຮຽງຖ້າຕັ້ງເປັນ 0, ພຽງແຕ່ ++
ການຈັດວາງສາຍ

-ຫນ້າ​ກາກ ຈົດ​ໝາຍ​ໃສ່​ຜ້າ​ອັດ​ດັງ (ເຊັ່ນ -ຫນ້າ​ກາກ NX, ເພື່ອປິດບັງທັງ 'N' ແລະ 'X')

- ການ​ແຂ່ງ​ຂັນ​ ຄະແນນທີ່ກົງກັນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 2 (1 ສໍາລັບ TU ແລະ NN)

- ບໍ່ກົງກັນ
ຄະແນນບໍ່ກົງກັນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ -2

- ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ ຄະແນນການເປີດຊ່ອງຫວ່າງ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ -6

-gap-ext
ຄະແນນການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ -1

- ບັກ ຂຽນໄຟລ໌ກຸ່ມສຳຮອງ (1 ຫຼື 0, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0)

-h ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອນີ້

ຄໍາຖາມ, ແມງໄມ້, ຕິດຕໍ່ Limin Fu ທີ່ [email protected], ຫຼື Weizhong Li ຢູ່ [email protected]
ສໍາລັບສະບັບປັບປຸງແລະຂໍ້ມູນ, ກະລຸນາເຂົ້າໄປທີ່: http://cd-hit.org

cd-hit web server ຍັງມີຢູ່ຈາກ http://cd-hit.org

ຖ້າທ່ານເຫັນວ່າ cd-hit ມີປະໂຫຍດ, ກະລຸນາອ້າງອີງ:

"ການຈັດກຸ່ມຂອງລໍາດັບ homologous ສູງເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຂະຫນາດຂອງທາດໂປຼຕີນຂະຫນາດໃຫຍ່
ຖານຂໍ້ມູນ", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski ແລະ Adam Godzik. ຊີວະວິທະຍາ, (2001)
17:282-283 "Cd-hit: ໂຄງ​ການ​ໄວ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຈັດ​ກຸ່ມ​ແລະ​ການ​ປຽບ​ທຽບ​ຊຸດ​ຂະ​ຫນາດ​ໃຫຍ່​ຂອງ
ລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຫຼື nucleotide", Weizhong Li & Adam Godzik. ຊີວະວິທະຍາ, (2006)
22​: 1658​-1659

ໃຊ້ cdhit-est-2d ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net