ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ dawg ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
dawg - ການປະກອບ DNA ທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ, ເຄື່ອງຈໍາລອງລໍາດັບ DNA
ລາຍລະອຽດ
dawg 1.2-release DNA Assembly With Gaps ສະຫງວນລິຂະສິດ © 2004-2009 Reed A. Cartwright
ດີກ -[scubvhqew?] [-o outputfile] file1 [file2...]
-s: ປະມວນຜົນໄຟລ໌ຕາມລໍາດັບ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]
-c: ໄຟລ໌ຂະບວນການລວມເຂົ້າກັນ
-u: unbuffered output
-b: buffed output [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]
-q: ປິດການທໍາງານຄວາມຜິດພາດແລະການແຈ້ງເຕືອນ (ງຽບ)
-e: ເປີດໃຊ້ລາຍງານຄວາມຜິດພາດ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]
-w: ເປີດການລາຍງານການເຕືອນໄພ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]
-v: ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ
-h: ສະແດງຂໍ້ມູນການຊ່ວຍເຫຼືອ
-?: ຄືກັນກັບ -h
-o outputfile: override output filename ໃນໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າ
Dawg ຈະອ່ານ stdin ຖ້າຊື່ໄຟລ໌ແມ່ນ "-".
ແບບຟອມເອກະສານ
ຮູບແບບໄຟລ໌ໃຊ້ເວລາຊຸດຂອງຄໍາຖະແຫຼງໃນຮູບແບບຂອງ "ຊື່ = ມູນຄ່າ," ບ່ອນທີ່
"ຊື່" ເປັນຕົວເລກແລະຄ່າສາມາດເປັນສະຕຣິງ, ຕົວເລກ, ບູລີນ, ຕົ້ນໄມ້, ຫຼື vector.
ຂອງຄຸນຄ່າ. ຕົວແປດຽວເທົ່າກັບ vector ຂອງລາຍການດຽວ.
string: "[char-sequence]"
'[char-sequence]' """[multi-line char-sequence]""" (rm ແຖວຕົ້ນ ແລະແຖວສຸດທ້າຍ)
'''[ລຳດັບ char-multi-line]''' (kp ເບື້ອງຕົ້ນ ແລະແຖວສຸດທ້າຍ)
number: [sign]digits[.digits][(e|E)[sign]digits] boolean: true|false tree: Newick
ຮູບແບບ vector: { value, value, ...}
OPTIONS
ຊື່ປະເພດຄໍາອະທິບາຍ
---------------------------------
ຕົ້ນໄມ້ VT phylogeny
TreeScale
N ຄ່າສຳປະສິດເພື່ອປັບຂະໜາດຄວາມຍາວຂອງສາຂາໂດຍ
ລໍາດັບ
VS ລຳດັບຮາກ
ຄວາມຍາວ VN ຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບຮາກທີ່ສ້າງຂຶ້ນ
ໃຫ້ຄະແນນ VVN ອັດຕາການວິວັດທະນາການຂອງແຕ່ລະຮາກ nucleotide
ຮູບແບບການວິວັດທະນາການ S Model: GTR|JC|K2P|K3P|HKY|F81|F84|TN
Freqs VN nucleotide (ACGT) ຄວາມຖີ່
Params VN ຕົວກໍານົດການສໍາລັບຮູບແບບຂອງການ evolution
Width N block width ສໍາລັບ indels ແລະ recombination
Scale VN block ຕຳ ແໜ່ງ ຕຳ ແໜ່ງ
ຄ່າສໍາປະສິດ Gamma VN ຂອງຄວາມແຕກຕ່າງສໍາລັບອັດຕາ heterogenity
ຕົວກໍານົດການຮູບຮ່າງ Alpha VN
ອັດຕາສ່ວນ Iota VN ຂອງສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ປ່ຽນແປງ
GapModel
VS ແບບຈໍາລອງຂອງການສ້າງ indel: NB|PL|US
Lambda VN ອັດຕາການສ້າງ indel
GapParams
ພາຣາມິເຕີ VVN ສໍາລັບຕົວແບບ indel
Reps N ຈຳນວນຊຸດຂໍ້ມູນທີ່ຈະອອກ
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ S
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ Format S: Fasta|Nexus|Phylip|Clustal
GapSingleChar
B ຊ່ອງຫວ່າງຜົນຜະລິດເປັນຕົວອັກສອນດຽວ
GapPlus
B ຈໍາແນກແຊກຊ້ອນຈາກການລົບໃນການຈັດຕັ້ງ
KeepFlank
N ພາກພື້ນທີ່ບໍ່ສາມາດລຶບໄດ້ N nucs ຈາກລໍາດັບ
KeepEmpty
B ຮັກສາຖັນຫວ່າງເປົ່າໃນການຈັດລໍາດັບສຸດທ້າຍ
ຕົວພິມນ້ອຍ
B ລໍາດັບຜົນຜະລິດໃນຕົວພິມນ້ອຍ
ການແປພາສາ
B ແປລໍາດັບຜົນອອກມາເປັນອາຊິດ amino
ເມັດພັນ VN pseudo-random-number-generator seed (integers)
Out.Block.Head
S string ເພື່ອໃສ່ໃນຕອນເລີ່ມຕົ້ນຂອງຜົນຜະລິດ
Out.Block.Tail
S string ເພື່ອແຊກໃສ່ໃນຕອນທ້າຍຂອງຜົນໄດ້ຮັບ
Out.Block.ກ່ອນ S
string ທີ່ຈະໃສ່ກ່ອນທີ່ຈະກໍານົດລໍາດັບໃນຜົນຜະລິດໄດ້
Out.Block.After
S string ເພື່ອແຊກຫຼັງຈາກລໍາດັບທີ່ກໍານົດໄວ້ໃນຜົນໄດ້ຮັບ
Out.Subst
B ເຮັດການປ່ຽນແທນຕົວແປໃນ Out.Block.*
ໃຊ້ dawg ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
