ນີ້ແມ່ນ distmate ຄໍາສັ່ງທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS emulator ອອນໄລນ໌.
ໂຄງການ:
NAME
distmat - ສ້າງ matrix ໄລຍະໄກຈາກການຈັດລໍາດັບຫຼາຍ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ຫ່າງໄກ - ລໍາດັບ seqset - ວິທີການເລກ ບັນຊີລາຍຊື່ - ວິທີການປ້ອງກັນ ບັນຊີລາຍຊື່ - ບໍ່ຊັດເຈນ ປຸ້ຍ
- gapweight float - ອົງປະກອບ integer - ຄິດໄລ່ ປຸ້ຍ - ຕົວກໍານົດການ float
-outfile outfile
ຫ່າງໄກ -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
ຫ່າງໄກ ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "Phylogeny: Molecular sequence" (s).
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ seqset
ໄຟລ໌ທີ່ມີການຈັດຮຽງລໍາດັບ.
ທີ່ກໍານົດໄວ້ ສ່ວນ
- ວິທີການເລກ ບັນຊີລາຍຊື່
ວິທີການແກ້ໄຂການທົດແທນຫຼາຍອັນສໍາລັບ nucleotides.
- ວິທີການປ້ອງກັນ ບັນຊີລາຍຊື່
ວິທີການແກ້ໄຂການທົດແທນຫຼາຍສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ.
ເພີ່ມເຕີມ ສ່ວນ
- ບໍ່ຊັດເຈນ ປຸ້ຍ
ທາງເລືອກທີ່ຈະໃຊ້ລະຫັດທີ່ບໍ່ຊັດເຈນໃນການຄິດໄລ່ວິທີການ Jukes-Cantor ຫຼືຖ້າ
ລໍາດັບແມ່ນທາດໂປຼຕີນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
- gapweight float
ທາງເລືອກໃນຊ່ອງຫວ່າງນ້ໍາຫນັກທີ່ບໍ່ຖືກແກ້ໄຂ (nucleotide) ແລະໄລຍະຫ່າງ Jukes-Cantor
ວິທີການ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.
- ອົງປະກອບ integer
ເລືອກຕໍາແຫນ່ງພື້ນຖານເພື່ອວິເຄາະໃນແຕ່ລະ codon ເຊັ່ນ: 123 (ຖານທັງຫມົດ), 12 (ສອງທໍາອິດ.
bases), 1, 2, ຫຼື 3 ຖານສ່ວນບຸກຄົນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 123
- ຄິດໄລ່ ປຸ້ຍ
ນີ້ຈະບັງຄັບການຄິດໄລ່ຂອງພາລາມິເຕີ 'a' ໃນໄລຍະ Jin-Nei Gamma
ການຄິດໄລ່, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1.0 (ເບິ່ງ -parametera ທາງເລືອກ). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
- ຕົວກໍານົດການ float
ຜູ້ໃຊ້ກໍານົດພາລາມິເຕີ 'a' ທີ່ຈະໃຊ້ໃນການຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງ Jin-Nei Gamma. ໄດ້
ຄ່າທີ່ແນະນຳໃຫ້ໃຊ້ແມ່ນ 1.0 (Jin et al.) ແລະນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
1.0
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-outfile outfile
ໃຊ້ distmate ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
