domainrepe - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

domainrep - ສັ່ງຄືນໄຟລ໌ DCF ເພື່ອກໍານົດໂຄງສ້າງຕົວແທນ.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

domainrep -dcfinfile infile - node ບັນຊີລາຍຊື່ -dcfoutfile outfile

domainrep -ຊ່ວຍ

ລາຍລະອຽດ

domainrep ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "Protein: 3D Structure".

OPTIONS

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
-dcfinfile infile
ຕົວເລືອກນີ້ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ DCF (ໄຟລ໌ການຈັດປະເພດໂດເມນ) (ການປ້ອນຂໍ້ມູນ). ກ
'ໄຟລ໌ການຈັດປະເພດໂດເມນ' ມີການຈັດປະເພດແລະຂໍ້ມູນອື່ນໆສໍາລັບໂດເມນຈາກ
SCOP ຫຼື CATH, ໃນຮູບແບບ DCF (ຄ້າຍຄື EMBL). ໄຟລ໌ແມ່ນສ້າງຂຶ້ນໂດຍໃຊ້ SCOPPARSE
ແລະ CATPHARSE. ຂໍ້ມູນລໍາດັບໂດເມນສາມາດຖືກເພີ່ມໃສ່ໄຟລ໌ໂດຍໃຊ້
DOMAINSEQS.

ທີ່ກໍານົດໄວ້ ສ່ວນ
- node ບັນຊີລາຍຊື່
ທາງ​ເລືອກ​ນີ້​ລະ​ບຸ node ກ່ອນ​ທີ່​ຈະ​ຈັດ​ລໍາ​ດັບ​ໄຟລ​໌​. Reordering ສາມາດເຮັດໄດ້ສໍາລັບ
ໂນດໃດນຶ່ງທີ່ລະບຸໄວ້ໃນ SCOP ຫຼື CATH hierarchies. ຕົວຢ່າງໂດຍການເລືອກ 'ຫ້ອງຮຽນ'
ລາຍການທີ່ຂຶ້ນກັບຫ້ອງຮຽນດຽວກັນຈະຖືກຈັດຮຽງໃໝ່. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1

ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-dcfoutfile outfile
ຕົວເລືອກນີ້ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ DCF (ໄຟລ໌ການຈັດປະເພດໂດເມນ) (ຜົນຜະລິດ). ກ
'ໄຟລ໌ການຈັດປະເພດໂດເມນ' ມີການຈັດປະເພດແລະຂໍ້ມູນອື່ນໆສໍາລັບໂດເມນຈາກ
SCOP ຫຼື CATH, ໃນຮູບແບບ DCF (ຄ້າຍຄື EMBL). ໄຟລ໌ແມ່ນສ້າງຂຶ້ນໂດຍໃຊ້ SCOPPARSE
ແລະ CATPHARSE. ຂໍ້ມູນລໍາດັບໂດເມນສາມາດຖືກເພີ່ມໃສ່ໄຟລ໌ໂດຍໃຊ້
DOMAINSEQS. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: test.scop

ໃຊ້ domainrepe ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net