efetch - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

efetch - ດຶງຂໍ້ມູນຈາກຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ດຶງເອົາ -ທາງເລືອກ [ຖານຂໍ້ມູນ:]

ລາຍລະອຽດ

ໃນທ້າຍຊຸມປີ 90s efetch ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ນິຍົມກັນຫຼາຍເພື່ອດຶງຂໍ້ມູນຈາກ
ລໍາດັບ bioinformatics ສາທາລະນະທົ່ວໄປທີ່ສຸດແລະຖານຂໍ້ມູນ motif.

ຖານຂໍ້ມູນ

SWissprot/SP, PIR, WOrmpep/WP, EMbl, GEnbank/GB, ProDom, ProSite

ທາງເລືອກ:

-a ຄົ້ນ​ຫາ​ດ້ວຍ​ຈໍາ​ນວນ​ການ​ເຂົ້າ​ຮ່ວມ​

-f ຜົນຜະລິດຮູບແບບ Fasta

-q ລຳດັບພຽງແຕ່ຜົນຜະລິດ (ໜຶ່ງແຖວ)

-s <#> ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ຕຳແໜ່ງ #

-e <#> ຢຸດຢູ່ຕຳແໜ່ງ #

-o ທາງເລືອກ ແລະຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ...

-D ລະບຸໄດເລກະທໍລີຖານຂໍ້ມູນ

-H ສະແດງຂໍ້ມູນສ່ວນຫົວຂອງດັດຊະນີ

-p ສະແດງຊື່ເຂົ້າຢູ່ໃນເສັ້ນທາງຄົ້ນຫາ

-r ພິມລໍາດັບໃນຮູບແບບ 'ດິບ'

-m ດຶງຂໍ້ມູນຈາກຖານຂໍ້ມູນຂະໜາດນ້ອຍປະສົມ

-M ຜົນຜະລິດຮູບແບບ mini

-b ຢ່າປີ້ນກັບລໍາດັບຂອງ bytes (SunOS, IRIX ເຮັດ reverse, Alpha ບໍ່ແມ່ນ)

-d ລະບຸໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນ (ຫຼີກເວັ້ນການນີ້)

-i ລະບຸໄຟລ໌ດັດສະນີ (ຫຼີກເວັ້ນການນີ້)

-l ລະບຸຕາຕະລາງການຊອກຫາການແບ່ງ (ຫຼີກເວັ້ນອັນນີ້)

-B ລະບຸຖານຂໍ້ມູນ (ເກົ່າ)

-A ສົ່ງຄືນພຽງແຕ່ຊື່ເຂົ້າສໍາລັບໝາຍເລກເຂົ້າໃຊ້ເທົ່ານັ້ນ

-n ໃຫ້ລໍາດັບຊື່ນີ້

-x ບໍ່​ຕ້ອງ​ການ​ການ​ສອບ​ຖາມ​ທີ່​ຈະ​ກົງ​ກັບ​ຊື່​ຂອງ​ການ​ເຂົ້າ​ຢ່າງ​ແທ້​ຈິງ (ຫຼີກ​ເວັ້ນ​ການ​)

-w ສໍາລັບ Wormpep: ຍັງດຶງຂໍ້ມູນການເຂົ້າ SwissProt ຂ້າມອ້າງອີງ

-h ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້

ENVIRONMENT

SWDIR = SwissProt directory - ຖານຂໍ້ມູນແລະເອກະສານດັດສະນີ EMBL PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = Wormpep -- " -- EMBLDIR = EMBL -- " -- GBDIR =
Genbank -- " -- PRODOMDIR = ໂປຣໂດມ -- " -- PROSITEDIR = ໂປຣໄຊທ໌ -- " -- DBDIR
= ຜູ້ໃຊ້ເອງ -- " -- (ຮູບແບບ Fasta)

ໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນ SEQDB (ມາດຕະຖານ SwissProt)

ໄຟລ໌ດັດສະນີ SEQDBIDX ຕາຕະລາງຊອກຫາພະແນກ DIVTABL

ຕົວຢ່າງ setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/

ໃຫ້ສັງເກດວ່າ seqs consensus ຂອງຄອບຄົວ Prodom ສາມາດດຶງມາໂດຍ PD:_#

ໃຊ້ການດຶງຂໍ້ມູນອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ການບໍລິການ onworks.net