ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ fastq-stats ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
fastq-stats - ea-utils: ຜະລິດສະຖິຕິທີ່ຍ່ອຍໄດ້ງ່າຍຫຼາຍ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ສະຖິຕິ fastq [ທາງເລືອກໃນການ]
ລາຍລະອຽດ
ເວີຊັນ: 1.01 $Id: fastq-stats.cpp 652 2013-09-17 17:40:32Z earonesty $
ຜະລິດສະຖິຕິທີ່ຍ່ອຍງ່າຍຫຼາຍສຳລັບໄຟລ໌ທີ່ລະບຸໄວ້
ທາງເລືອກໃນການ
-c cyclemax: ວົງຈອນສູງສຸດທີ່ສະຖິຕິຄຸນນະພາບຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນຜະລິດ [35] -w INT
ປ່ອງຢ້ຽມ: ຂະຫນາດສູງສຸດຂອງປ່ອງຢ້ຽມສໍາລັບການສ້າງສະຖິຕິການອ່ານຊ້ໍາກັນ [2000000] -d ດີບັກ:
ພິມອອກຄໍາຖະແຫຼງການດີບັກ -D ຢ່າເຮັດສະຖິຕິການອ່ານຊໍ້າກັນ -s ຈໍານວນ INT ເທິງ
ສຳເນົາການອ່ານເພື່ອສະແດງ -x FIL output ສະຖິຕິ fastx (ຕ້ອງການຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ) -b
ການແຍກພື້ນຖານຜົນຜະລິດ FIL ໂດຍຄຸນນະພາບ phred ໃນທຸກໆຮອບ.
ມັນກໍານົດ cylemax ເປັນຄວາມຍາວອ່ານທີ່ຍາວທີ່ສຸດ
-L FIL Output ນັບຄວາມຍາວ
ຂໍ້ມູນຕໍ່ໄປນີ້ຖືກພິມອອກເປັນ stdout:
ອ່ານ: #reads ໃນໄຟລ໌ fastq
ເລນ: ອ່ານຄວາມຍາວ. mean ແລະ stdev ແມ່ນສະໜອງໃຫ້ສຳລັບຄວາມຍາວການອ່ານທີ່ປ່ຽນແປງໄດ້
phred : phred scale ໃຊ້
ຂະຫນາດປ່ອງຢ້ຽມ
: ຈໍານວນການອ່ານທີ່ໃຊ້ເພື່ອສ້າງສະຖິຕິການອ່ານຊໍ້າກັນ
ວົງຈອນສູງສຸດ
: ຈຳນວນຖານເພື່ອປະເມີນຄວາມຊ້ຳກັນ
dups : ຈໍານວນການອ່ານທີ່ຊໍ້າກັນ
%dup : Pct ອ່ານທີ່ຊໍ້າກັນ
ເອກະລັກ-dup seq
: ລໍາດັບຕົວເລກທີ່ຊໍ້າກັນ
ການນັບ Dup ຂັ້ນຕ່ຳ
: ຕົວເລກທີ່ຊ້ຳກັນໜ້ອຍທີ່ສຸດສຳລັບລຳດັບທີ່ຊ້ຳກັນ
dup seq
: ລາຍຊື່ 10 ອັນດັບການອ່ານຊໍ້າກັນເລື້ອຍໆທີ່ສຸດພ້ອມກັບການນັບສະເລ່ຍ ແລະ stdev
qual : Base Quality min, max ແລະ mean
%A,%T,%C,%G
: ເປີເຊັນພື້ນຖານ
ຖານທັງຫມົດ
: ຈໍານວນທັງຫມົດຂອງຖານ
ໃຊ້ fastq-stats ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
