ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ fastqc ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
FastQC - ເຄື່ອງມືການວິເຄາະ QC ລຳດັບສູງ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN
fastqc [-o output dir] [--(ບໍ່) ສານສະກັດຈາກ] [-f fastq|bam|sam]
[-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN
ລາຍລະອຽດ
FastQC ອ່ານຊຸດຂອງໄຟລ໌ລໍາດັບແລະຜະລິດຈາກແຕ່ລະອັນເປັນການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ
ບົດລາຍງານປະກອບດ້ວຍຈໍານວນຂອງໂມດູນທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ແຕ່ລະຄົນທີ່ຈະຊ່ວຍໃຫ້
ລະບຸປະເພດຂອງບັນຫາທີ່ເປັນໄປໄດ້ໃນຂໍ້ມູນຂອງທ່ານ.
ຖ້າບໍ່ມີໄຟລ໌ທີ່ຈະປະມວນຜົນຖືກລະບຸໄວ້ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງຫຼັງຈາກນັ້ນໂຄງການຈະ
ເລີ່ມຕົ້ນເປັນແອັບພລິເຄຊັນກາຟິກແບບໂຕ້ຕອບ. ຖ້າໄຟລ໌ຖືກສະຫນອງໃຫ້ຢູ່ໃນ
ເສັ້ນຄໍາສັ່ງຫຼັງຈາກນັ້ນໂຄງການຈະດໍາເນີນການໂດຍບໍ່ມີການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້ທີ່ຕ້ອງການ. ໃນນີ້
ຮູບແບບມັນເຫມາະສົມສໍາລັບການລວມເຂົ້າໄປໃນທໍ່ການວິເຄາະມາດຕະຖານ.
ທາງເລືອກສໍາລັບໂຄງການດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້:
-h - ຊ່ວຍ
ພິມໄຟລ໌ຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ
-v - ການປ່ຽນແປງ
ພິມສະບັບຂອງໂຄງການແລະອອກ
-o -- outdir
ສ້າງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທັງຫມົດໃນໄດເລກະທໍລີຜົນຜະລິດທີ່ກໍານົດ. ກະລຸນາສັງເກດວ່ານີ້
ໄດເລກະທໍລີຕ້ອງມີຢູ່ເພາະວ່າໂຄງການຈະບໍ່ສ້າງມັນ. ຖ້າຕົວເລືອກນີ້ບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດສໍາລັບແຕ່ລະໄຟລ໌ລໍາດັບແມ່ນໄດ້ສ້າງຕັ້ງຂື້ນໃນລະບົບດຽວກັນກັບ
ໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ໄດ້ຖືກປຸງແຕ່ງ.
--ມັນຕົ້ນ
ໄຟລ໌ມາຈາກຜົນຜະລິດມັນຕົ້ນດິບ. ໄຟລ໌ຢູ່ໃນກຸ່ມຕົວຢ່າງດຽວກັນ (ແຕກຕ່າງກັນເທົ່ານັ້ນ
ໂດຍຈໍານວນກຸ່ມ) ຈະຖືກວິເຄາະເປັນຊຸດແທນທີ່ຈະເປັນສ່ວນບຸກຄົນ. ລໍາດັບ
ກັບທຸງການກັ່ນຕອງທີ່ຕັ້ງຢູ່ໃນສ່ວນຫົວຈະຖືກຍົກເວັ້ນຈາກການວິເຄາະ. ໄຟລ໌
ຕ້ອງມີຊື່ດຽວກັນກັບພວກເຂົາໂດຍມັນຕົ້ນ (ລວມທັງການຖືກ gzipped ແລະ
ສິ້ນສຸດດ້ວຍ .gz) ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນພວກມັນຈະບໍ່ຖືກຈັດກຸ່ມເຂົ້າກັນຢ່າງຖືກຕ້ອງ.
-- ສານສະກັດຈາກ
ຖ້າຫາກວ່າຕັ້ງແລ້ວໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ zipped ຈະໄດ້ຮັບການ uncompressed ໃນລະບົບດຽວກັນຫຼັງຈາກນັ້ນ
ມັນໄດ້ຖືກສ້າງຂື້ນ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທາງເລືອກນີ້ຈະຖືກຕັ້ງຖ້າ fastqc ຖືກແລ່ນເຂົ້າ
ໂໝດບໍ່ໂຕ້ຕອບ.
-j --java
ໃຫ້ເສັ້ນທາງເຕັມໄປຫາ java binary ທີ່ທ່ານຕ້ອງການໃຊ້ເພື່ອເປີດໃຊ້ fastqc. ຖ້າບໍ່
ສະຫນອງໃຫ້ຫຼັງຈາກນັ້ນ java ແມ່ນສົມມຸດວ່າຢູ່ໃນເສັ້ນທາງຂອງທ່ານ.
-- ສານສະກັດຈາກ
ຢ່າບີບອັດໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຫຼັງຈາກສ້າງມັນ. ທ່ານຄວນກໍານົດທາງເລືອກນີ້ຖ້າ
ທ່ານບໍ່ຕ້ອງການທີ່ຈະຍົກເລີກການບີບອັດຜົນຜະລິດໃນເວລາທີ່ແລ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບທີ່ບໍ່ມີການໂຕ້ຕອບ.
--ກຸ່ມ
ປິດການນຳໃຊ້ການຈັດກຸ່ມພື້ນຖານສຳລັບການອ່ານ > 50bp. ບົດລາຍງານທັງຫມົດຈະສະແດງຂໍ້ມູນສໍາລັບທຸກໆ
ພື້ນຖານໃນການອ່ານ. ຄໍາເຕືອນ: ການນໍາໃຊ້ທາງເລືອກນີ້ຈະເຮັດໃຫ້ fastqc crash ແລະໄຫມ້
ຖ້າຫາກວ່າທ່ານນໍາໃຊ້ມັນໃນການອ່ານຍາວແທ້, ແລະດິນຕອນຂອງທ່ານອາດຈະສິ້ນສຸດເຖິງຂະຫນາດ ridiculous.
ທ່ານໄດ້ຖືກເຕືອນແລ້ວ!
-f -- ຮູບແບບ
ຜ່ານການກວດຫາຮູບແບບໄຟລ໌ຕາມລຳດັບປົກກະຕິ ແລະບັງຄັບໃຫ້ໃຊ້ໂປຣແກຣມ
ຮູບແບບທີ່ລະບຸໄວ້. ຮູບແບບທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ bam, sam, bam_mapped, sam_mapped ແລະ fastq
-t -- ກະທູ້
ລະບຸຈໍານວນໄຟລ໌ທີ່ສາມາດປະມວນຜົນໄດ້ພ້ອມກັນ. ແຕ່ລະກະທູ້
ຈະຖືກຈັດສັນ 250MB ຂອງຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ, ດັ່ງນັ້ນທ່ານບໍ່ຄວນດໍາເນີນການ threads ຫຼາຍກ່ວາຂອງທ່ານ
ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາທີ່ມີຢູ່ຈະຮັບມືກັບ, ແລະບໍ່ເກີນ 6 threads ໃນເຄື່ອງ 32 bit
-c ລະບຸໄຟລ໌ທີ່ບໍ່ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍລາຍການຂອງ
-- ສານປົນເປື້ອນ
ການປົນເປື້ອນເພື່ອກວດກາເບິ່ງລໍາດັບທີ່ສະແດງຫຼາຍເກີນໄປຕໍ່ກັບ. ໄຟລ໌ຕ້ອງມີ
ຊຸດຂອງສານປົນເປື້ອນທີ່ມີຊື່ໃນແບບຟອມຊື່[tab]ລໍາດັບ. ແຖວທີ່ນຳໜ້າດ້ວຍ a
hash ຈະຖືກລະເລີຍ.
-k --kmers
ລະບຸຄວາມຍາວຂອງ Kmer ເພື່ອຊອກຫາຢູ່ໃນໂມດູນເນື້ອຫາ Kmer. ກໍານົດ Kmer
ຄວາມຍາວຕ້ອງຢູ່ລະຫວ່າງ 2 ຫາ 10. ຄວາມຍາວເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 5 ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ.
-q --ງຽບ
ສະກັດກັ້ນຂໍ້ຄວາມຄວາມຄືບຫນ້າທັງຫມົດໃນ stdout ແລະພຽງແຕ່ລາຍງານຄວາມຜິດພາດ.
ໃຊ້ fastqc ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
