FCluster - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

AmpliconNoise - ເອົາສິ່ງລົບກວນອອກຈາກຂໍ້ມູນລໍາດັບ nucleotide ທີ່ມີກະແສໄຟຟ້າສູງ

ເວີຊັ່ນ

ເອກະສານນີ້ຫມາຍເຖິງສະບັບ 1.22

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ເບິ່ງ /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz ສໍາລັບລາຍລະອຽດວິທີການດໍາເນີນການ.

ລາຍລະອຽດ

ເຄື່ອງມືຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນລວມ. ສ່ວນໃຫຍ່ຂອງພວກເຂົາມີທຽບເທົ່າ MPI, ສໍາລັບຕົວຢ່າງ
SeqNoise ມີ SeqNoiseM ທຽບເທົ່າທີ່ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ກັບ mpirun.

FastaUnique - dereplicates ໄຟລ໌ fasta
-in string ໃສ່​ຊື່​ໄຟລ​໌​
ຕົວເລືອກ:

FCluster
-in string distance input ຊື່ໄຟລ໌
-out string output file stub
ຕົວເລືອກ:
-r ຄວາມລະອຽດ
- ການ​ເຊື່ອມ​ຕໍ່​ສະ​ເລ່ຍ​
-w ໃຊ້ນ້ໍາຫນັກ
- ຂ້ອຍອ່ານຕົວລະບຸ
-s ໄລຍະຫ່າງ.

NDist - ລຳດັບໄລຍະຫ່າງຂອງ Matrix Needleman-Wunsch ເປັນຄູ່ຈາກໄຟລ໌ fasta
-in ຊື່​ໄຟລ​໌ fata string​
ຕົວເລືອກ:
-i output ຕົວລະບຸ

perseus - ຂ້າ monsters
-sin string seq ຊື່ໄຟລ໌
ຕົວເລືອກ:
-tin string ກະ​ສານ​ອ້າງ​ອີງ​ລໍາ​ດັບ​
- ການ​ຈັດ​ສັນ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໄດ້​
-d ໃຊ້ຄວາມບໍ່ສົມດຸນ
-rin string ຊອກຫາຊື່ໄຟລ໌

PyroDist - matrix ໄລຍະຫ່າງຄູ່ຈາກ flowgrams
-in ຊື່ໄຟລ໌ string flow
-out stub out stub ໄຟລ໌
ຕົວເລືອກ:
-ni ບໍ່ມີດັດສະນີໃນໄຟລ໌ dat
-rin string ຊອກຫາຊື່ໄຟລ໌

PyroNoise - ກຸ່ມ flowgrams ໂດຍບໍ່ມີການຈັດຮຽງ
-din ຊື່ໄຟລ໌ string flow
-out string cluster input ຊື່ໄຟລ໌
-lin string list file
ຕົວເລືອກ:
-v ຄໍາເວົ້າ
-c ສອງເທົ່າການຕັດເບື້ອງຕົ້ນ
-ni ບໍ່ມີດັດສະນີໃນໄຟລ໌ dat
-s ຄວາມແມ່ນຍໍາສອງເທົ່າ
-rin ໄຟລ໌ຊອກຫາຊື່ໄຟລ໌

SeqDist - matrix ໄລຍະຫ່າງຄູ່ຈາກໄຟລ໌ fasta
-in ຊື່ໄຟລ໌ fasta string
ຕົວເລືອກ:
-i output ຕົວລະບຸ
-rin string ຊອກຫາຊື່ໄຟລ໌

SeqNoise - ລໍາດັບກຸ່ມ
-in ຊື່ໄຟລ໌ລໍາດັບສະຕຣິງ
-din string distance matrix ຊື່ໄຟລ໌
-out string cluster input ຊື່ໄຟລ໌
-lin string list file
ຕົວເລືອກ:
- ໄຟລ​໌​ແຜນ​ທີ່​ຂັ້ນ​ຕ​່​ໍາ​
-v ຄໍາເວົ້າ
-c ສອງເທົ່າການຕັດເບື້ອງຕົ້ນ
-s ຄວາມແມ່ນຍໍາສອງເທົ່າ
-rin string ຊອກຫາຊື່ໄຟລ໌

SplitClusterEven
-din string dat ຊື່ໄຟລ໌
-min string ຊື່ໄຟລ໌ແຜນທີ່
-tin string ຊື່ໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້
-s ການ​ແບ່ງ​ປັນ​ຂະ​ຫນາດ​
-m ຂະໜາດນ້ອຍ

ໃຊ້ FCluster ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net