genome-music-smgp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

genome music smg - ກໍານົດພັນທຸກໍາທີ່ມີການປ່ຽນແປງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ.

ເວີຊັ່ນ

ເອກະສານນີ້ອະທິບາຍ genome music smg ເວີຊັ່ນ 0.04 (2016-01-01 ເວລາ 23:10:18)

ສະຫຼຸບສັງລວມ

genome music smg --gene-mr-file=? --output-file=? [--max-fdr=?] [--skip-low-mr-genes]
[--bmr-modifier-file=?] [--processors=?]

... ດົນຕີ smg \
--gene-mr-file output_dir/gene_mrs \
--output-file output_dir/smgs

(ສາມາດສ້າງ "gene-mr-file" ໂດຍໃຊ້ເຄື່ອງມື "music bmr calc-bmr".)

ຕ້ອງການ ການໂຕ້ຖຽງ

gene-mr-file ຂໍ້ຄວາມ
ໄຟລ໌ທີ່ມີອັດຕາການປ່ຽນແປງຕໍ່ເຊື້ອສາຍ (ສ້າງໂດຍໃຊ້ "ດົນຕີ bmr calc-bmr")

output-file ຂໍ້ຄວາມ
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຈະລາຍຊື່ພັນທຸກໍາທີ່ມີການປ່ຽນແປງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍແລະຄ່າ p ຂອງພວກມັນ

ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ

ສູງສຸດ-fdr ຈໍານວນ
ອັດຕາການຄົ້ນພົບທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ຖືກພິຈາລະນາເປັນ SMG

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ '0.2' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

ຂ້າມ-ຕ່ຳ-mr-genes ບົວບານ
ຂ້າມ genes ການທົດສອບທີ່ມີ MRs ຕ່ໍາກວ່າພື້ນຖານ MR

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'true' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

noskip-low-mr-genes ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ skip-low-mr-genes 'false'

bmr-modifier-file ຂໍ້ຄວາມ
ຕົວຄູນທີ່ຂັ້ນດ້ວຍແຖບຕໍ່ gene ທີ່ດັດແປງ BMR ກ່ອນການທົດສອບ [gene_name
bmr_modifier]

ຜະລິດຕະພັນ Integer
ຈໍານວນໂປເຊດເຊີທີ່ຈະໃຊ້ (ຕ້ອງການ 'foreach' ແລະ 'doMC' R packages)

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ '1' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

ລາຍລະອຽດ

ສະຄຣິບນີ້ໃຊ້ເຄື່ອງມືສະຖິຕິທີ່ອີງໃສ່ R ເພື່ອກໍານົດພັນທຸກໍາທີ່ມີການປ່ຽນແປງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ (SMGs),
ເມື່ອໃຫ້ອັດຕາການກາຍພັນຕໍ່ພັນທຸກໍາຖືກຈັດປະເພດຕາມປະເພດຂອງການກາຍພັນ, ແລະໂດຍລວມ
ອັດຕາການປ່ຽນແປງພື້ນຫຼັງ (BMRs) ສໍາລັບແຕ່ລະປະເພດເຫຼົ່ານັ້ນ (gene_mr_file, ສ້າງໂດຍໃຊ້
"ດົນຕີ bmr calc-bmr").

P-values ​​ແລະອັດຕາການຄົ້ນພົບທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງ (FDRs) ສໍາລັບແຕ່ລະ gene ໃນ gene_mr_file ຖືກຄິດໄລ່
ໂດຍ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ສາມ​ການ​ທົດ​ສອບ​: Fisher's Combined P-value test (FCPT), ການ​ທົດ​ສອບ​ອັດ​ຕາ​ສ່ວນ​ຄວາມ​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້ (LRT​)​, ແລະ
ການທົດສອບ Convolution (CT). ສໍາລັບ gene, ຖ້າ FDR ຂອງມັນຢ່າງຫນ້ອຍ 2 ການທົດສອບເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນ <=
max_fdr, ມັນຈະເປັນຜົນຜະລິດ SMG. ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດອື່ນທີ່ມີຄໍານໍາຫນ້າ "_detailed" ຈະ
ມີ p-values ​​ແລະ FDRs ສໍາລັບທຸກ genes.

ການໂຕ້ຖຽງ

--bmr-modifier-file
ຜູ້ໃຊ້ສາມາດສະຫນອງຕົວດັດແປງ BMR ສໍາລັບແຕ່ລະ gene ໃນໄຟລ໌ ROI, ເຊິ່ງແມ່ນ a
ຕົວຄູນສໍາລັບອັດຕາການກາຍພັນຂອງພື້ນຖານທີ່ຖືກຈັດປະເພດ, ກ່ອນທີ່ຈະທົດສອບພວກມັນ
ອັດຕາການກາຍພັນທີ່ຖືກຈັດປະເພດ. ໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອແກ້ໄຂສໍາລັບພາກພື້ນ
ຫຼືຄວາມລໍາອຽງທີ່ເປັນລະບົບໃນອັດຕາການກາຍພັນໃນທົ່ວ genome ທີ່ອາດຈະກ່ຽວຂ້ອງກັບ CpG
deamination ຫຼືຂະບວນການສ້ອມແປງ DNA ເຊັ່ນ: ການສ້ອມແປງແບບ transcription-coupled ຫຼືບໍ່ກົງກັນ
ການສ້ອມແປງ. ອັດຕາການກາຍພັນຍັງກ່ຽວຂ້ອງກັບໄລຍະເວລາການຈໍາລອງ DNA, ບ່ອນທີ່
ອັດຕາການກາຍພັນທີ່ສູງຂຶ້ນແມ່ນເຫັນໄດ້ໃນພາກພື້ນທີ່ມີການຈໍາລອງທ້າຍ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າດຽວກັນກັບ
ຕົວຄູນ gene ແມ່ນໃຊ້ໃນແຕ່ລະປະເພດຂອງການກາຍພັນຂອງ BMR. genes ໃດຈາກໄຟລ໌ ROI
ທີ່ບໍ່ໄດ້ຢູ່ໃນໄຟລ໌ຕົວແກ້ໄຂ BMR ຈະຖືກທົດສອບຕໍ່ກັບ BMRs ໂດຍລວມທີ່ບໍ່ໄດ້ຮັບການແກ້ໄຂ
ຕໍ່ປະເພດການກາຍພັນ. ຕົວແກ້ໄຂ BMR ຂອງ <=0 ບໍ່ໄດ້ຮັບອະນຸຍາດ, ເພາະວ່ານັ້ນເປັນພຽງ
ໂງ່.
--skip-low-mr-genes
ພັນທຸ ກຳ ທີ່ມີ MRs ຕໍ່າກວ່າ BMR ຢ່າງສະໝໍ່າສະເໝີໃນທົ່ວປະເພດການກາຍພັນ, ອາດຈະສະແດງ
ຂຶ້ນໃນຜົນໄດ້ຮັບເປັນ SMG (ໂດຍ CT ຫຼື LRT). ຖ້າພັນທຸກໍາດັ່ງກ່າວບໍ່ມີຄວາມສົນໃຈ, ພວກເຂົາ
ອາດຈະຖືກມອບຫມາຍ p-value ຂອງ 1. ອັນນີ້ຄວນເລັ່ງສິ່ງຕ່າງໆ. ພັນທຸ ກຳ ທີ່ສູງກວ່າ
ອັດຕາ Indel ຫຼື Truncation ຫຼາຍກວ່າພື້ນຫລັງຈະບໍ່ຖືກຂ້າມເຖິງແມ່ນວ່າ gene ຂອງ
MR ໂດຍລວມແມ່ນຕໍ່າກວ່າ BMR. ຖ້າໃຊ້ຕົວແກ້ໄຂ bmr, ຂັ້ນຕອນນີ້ໃຊ້
ດັດແກ້ BMRs ແທນ.

AUTHORS

Qunyuan Zhang, Ph.D.
Cyriac Kandoth, Ph.D.
Nathan D. Dees, Ph.D.

ໃຊ້ genome-music-smgp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net