gmx-grompp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-grompp - ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແລ່ນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx grompp [-f [<.mdp>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-r [<.gro/.g96/...>]]
[-rb [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
[-t [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-ref [<.trr/.cpt/...>]] [- ປ [<.mdp>]] [-pp [<.top>]]
[-o [<.tpr>]] [-imd [<.gro>]] [-[ບໍ່]v] [ເວລາ ]
[-[ບໍ່]rmvsbds] [- ຄໍາເຕືອນສູງສຸດ ] [-[ບໍ່]ສູນ] [-[ບໍ່] renum]

ລາຍລະອຽດ

gmx grompp (ຕົວປະມວນຜົນ gromacs) ອ່ານໄຟລ໌ topology ໂມເລກຸນ, ກວດເບິ່ງຄວາມຖືກຕ້ອງ
ຂອງໄຟລ໌, ຂະຫຍາຍ topology ຈາກຄໍາອະທິບາຍໂມເລກຸນໄປຫາຄໍາອະທິບາຍປະລໍາມະນູ.
ໄຟລ໌ topology ມີຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບປະເພດຂອງໂມເລກຸນແລະຈໍານວນຂອງໂມເລກຸນ,
preprocessor ຄັດລອກແຕ່ລະໂມເລກຸນຕາມຄວາມຕ້ອງການ. ບໍ່ມີຂໍ້ຈໍາກັດກ່ຽວກັບຈໍານວນຂອງ
ປະເພດໂມເລກຸນ. ພັນທະບັດແລະມຸມພັນທະບັດສາມາດປ່ຽນເປັນຂໍ້ຈໍາກັດ, ແຍກຕ່າງຫາກສໍາລັບ
hydrogens ແລະປະລໍາມະນູຫນັກ. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ໄຟລ໌ປະສານງານຈະຖືກອ່ານແລະຄວາມໄວສາມາດສ້າງໄດ້
ຈາກການແຈກຢາຍ Maxwellian ຖ້າຖືກຮ້ອງຂໍ. gmx grompp ຍັງອ່ານຕົວກໍານົດການສໍາລັບ gmx
mdrun (ຕົວຢ່າງ: ຈໍານວນຂັ້ນຕອນ MD, ຂັ້ນຕອນເວລາ, ການຕັດອອກ), ແລະອື່ນໆເຊັ່ນ: ຕົວກໍານົດການ NEMD,
ເຊິ່ງຖືກແກ້ໄຂເພື່ອໃຫ້ຄວາມເລັ່ງສຸດທິແມ່ນສູນ. ໃນທີ່ສຸດໄຟລ໌ສອງແມ່ນ
ຜະລິດທີ່ສາມາດຮັບໃຊ້ເປັນໄຟລ໌ວັດສະດຸປ້ອນ sole ສໍາລັບໂຄງການ MD.

gmx grompp ໃຊ້ຊື່ອະຕອມຈາກໄຟລ໌ topology. ຊື່ອະຕອມຢູ່ໃນຈຸດປະສານງານ
ໄຟລ໌ (ທາງເລືອກ -c) ຖືກອ່ານເພື່ອສ້າງຄໍາເຕືອນເມື່ອພວກມັນບໍ່ກົງກັບຊື່ຂອງອະຕອມ
ໃນ topology ໄດ້. ໃຫ້ສັງເກດວ່າຊື່ອະຕອມແມ່ນບໍ່ກ່ຽວຂ້ອງສໍາລັບການຈໍາລອງພຽງແຕ່ເປັນ
ປະເພດອະຕອມແມ່ນໃຊ້ສໍາລັບການສ້າງຕົວກໍານົດການໂຕ້ຕອບ.

gmx grompp ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ຕົວ​ປະ​ມວນ​ຜົນ​ໃນ​ຕົວ​ເພື່ອ​ແກ້​ໄຂ​ປະ​ກອບ​ມີ​, macro​, ແລະ​ອື່ນໆ​. preprocessor​
ສະຫນັບສະຫນູນຄໍາຕໍ່ໄປນີ້:

#ifdef ສາມາດປ່ຽນໄດ້
#ifndef ສາມາດປ່ຽນໄດ້
#ອື່ນ
#ສຸດທ້າຍ
# ກໍານົດຕົວແປ
#undef ປ່ຽນແປງໄດ້
#ລວມທັງ "ຊື່ໄຟລ໌"
#ລວມທັງ

ການທໍາງານຂອງຄໍາຖະແຫຼງເຫຼົ່ານີ້ຢູ່ໃນ topology ຂອງທ່ານອາດຈະຖືກ modulated ໂດຍການນໍາໃຊ້
ປະຕິບັດຕາມສອງທຸງຢູ່ໃນຂອງທ່ານ .mdp file:

define = -DVARIABLE1 -DVARIABLE2
ລວມ = -I/home/john/doe

ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ, ປື້ມແບບຮຽນ C-programming ອາດຈະຊ່ວຍທ່ານໄດ້. ການ​ລະ​ບຸ -pp
ທຸງຈະໄດ້ຮັບໄຟລ໌ topology ທີ່ຖືກປຸງແຕ່ງກ່ອນການຂຽນອອກເພື່ອໃຫ້ທ່ານສາມາດກວດສອບມັນໄດ້
ເນື້ອໃນ.

ໃນເວລາທີ່ການນໍາໃຊ້ restraints ຕໍາແຫນ່ງ, ໄຟລ໌ທີ່ມີການປະສານງານ restraint ສາມາດສະຫນອງໄດ້ -r,
ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນການຍັບຍັ້ງຈະເຮັດໄດ້ກ່ຽວກັບຄວາມສອດຄ່ອງຂອງ -c ທາງເລືອກ.
ສໍາລັບການຄິດໄລ່ພະລັງງານຟຣີ, ຈຸດປະສານງານສໍາລັບ topology B ສາມາດສະຫນອງໄດ້
-rb, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນພວກເຂົາຈະເທົ່າກັບຂອງ topology A.

ຈຸດເລີ່ມຕົ້ນສາມາດອ່ານໄດ້ຈາກ trajectory ກັບ -t. ກອບສຸດທ້າຍທີ່ມີຈຸດປະສານງານ
ແລະຄວາມໄວຈະຖືກອ່ານ, ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າ ເວລາ ທາງເລືອກແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້. ພຽງແຕ່ຖ້າຂໍ້ມູນນີ້ແມ່ນ
ບໍ່ມີຈະພິກັດຢູ່ໃນ -c ໄຟລ໌ຖືກນໍາໃຊ້. ໃຫ້ສັງເກດວ່າຄວາມໄວເຫຼົ່ານີ້ຈະບໍ່
ຖືກນໍາໃຊ້ໃນເວລາທີ່ gen_vel = yes ໃນຂອງທ່ານ .mdp ໄຟລ໌. ໄຟລ໌ພະລັງງານສາມາດສະຫນອງໄດ້ -e to
ອ່ານຕົວແປການເຊື່ອມຂອງ Nose-Hoover ແລະ/ຫຼື Parrinello-Rahman.

gmx grompp ສາ​ມາດ​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ເພື່ອ restart simulations (ການ​ປົກ​ປັກ​ຮັກ​ສາ​ຕໍ່​ເນື່ອງ​) ໂດຍ​ການ​ສະ​ຫນອງ​ພຽງ​ແຕ່ a
ໄຟລ໌ກວດກາກັບ -t. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ພຽງແຕ່ປ່ຽນຈໍານວນຂັ້ນຕອນການແລ່ນເພື່ອຂະຫຍາຍ a
ແລ່ນ, ໃຊ້ gmx convert-tpr ແມ່ນສະດວກກວ່າ gmx grompp. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ທ່ານສະຫນອງການເກົ່າ
ໄຟລ໌ດ່ານໂດຍກົງຫາ gmx mdrun ກັບ -cpi. ຖ້າທ່ານຕ້ອງການປ່ຽນຊຸດຫຼື
ສິ່ງຕ່າງໆເຊັ່ນຄວາມຖີ່ຜົນຜະລິດ, ຫຼັງຈາກນັ້ນການສະຫນອງໄຟລ໌ດ່ານເພື່ອ gmx grompp ກັບ -t
ພ້ອມກັບອັນໃໝ່ .mdp file ກັບ -f ແມ່ນຂັ້ນຕອນທີ່ແນະນໍາ. ຕົວຈິງແລ້ວການປົກປັກຮັກສາ
ensemble (ຖ້າ​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​) ຍັງ​ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ມີ​ການ​ຜ່ານ​ໄຟລ​໌​ດ່ານ​ເພື່ອ​ gmx mdrun -cpi.

ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ປະຕິສໍາພັນຜູກມັດທັງຫມົດທີ່ມີພະລັງງານຄົງທີ່ເນື່ອງຈາກເວັບໄຊທ໌ virtual
ການກໍ່ສ້າງຈະຖືກລຶບອອກ. ຖ້າພະລັງງານຄົງທີ່ນີ້ບໍ່ແມ່ນສູນ, ນີ້ຈະສົ່ງຜົນໃຫ້ a
ປ່ຽນພະລັງງານທັງໝົດ. ການໂຕ້ຕອບທີ່ຜູກມັດທັງຫມົດສາມາດຖືກເກັບຮັກສາໄວ້ໂດຍການປິດ -rmvsbds.
ນອກຈາກນັ້ນ, ຂໍ້ຈໍາກັດທັງຫມົດສໍາລັບໄລຍະທາງທີ່ຈະຄົງທີ່ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມຍ້ອນ
ການສ້າງເວັບໄຊສະເໝືອນຈະຖືກລຶບອອກ. ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ຍັງ​ຄົງ​ມີ​ຂໍ້​ຈໍາ​ກັດ​ທີ່​ກ່ຽວ​ຂ້ອງ​
ເວັບໄຊທ໌ virtual, ຄວາມຜິດພາດທີ່ຮ້າຍແຮງຈະສົ່ງຜົນ.

ເພື່ອຢືນຢັນການແລ່ນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຂອງທ່ານ, ກະລຸນາຮັບຊາບທຸກຄໍາເຕືອນໃນໜ້າຈໍ ແລະແກ້ໄຂ
ບ່ອນ​ທີ່​ມີ​ຄວາມ​ຈໍາ​ເປັນ​. ຍັງເບິ່ງເນື້ອໃນຂອງ mdout.mdp ໄຟລ໌; ນີ້ປະກອບມີຄໍາເຫັນ
ສາຍ, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບການປ້ອນຂໍ້ມູນນັ້ນ gmx grompp ໄດ້ອ່ານ. ຖ້າສົງໃສ, ທ່ານສາມາດເລີ່ມຕົ້ນໄດ້ gmx
grompp ກັບ -ແມງໄມ້ ທາງເລືອກທີ່ຈະໃຫ້ທ່ານຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມໃນໄຟລ໌ທີ່ເອີ້ນວ່າ
grompp.log (ພ້ອມກັບຂໍ້ມູນດີບັກທີ່ແທ້ຈິງ). ທ່ານສາມາດເບິ່ງເນື້ອໃນຂອງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແລ່ນ
ກັບ gmx dump ໂຄງການ. gmx ໃຫ້​ກວດ​ເບິ່ງ ສາມາດໃຊ້ເພື່ອປຽບທຽບເນື້ອໃນຂອງການປ້ອນຂໍ້ມູນສອງອັນ
ໄຟລ໌.

ໄດ້ - ຄໍາເຕືອນສູງສຸດ ທາງ​ເລືອກ​ສາ​ມາດ​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ເພື່ອ​ລົບ​ລ້າງ​ການ​ເຕືອນ​ໄພ​ພິມ​ໂດຍ​ gmx grompp ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ
ຢຸດຜົນຜະລິດ. ໃນບາງກໍລະນີ, ການເຕືອນໄພແມ່ນບໍ່ເປັນອັນຕະລາຍ, ແຕ່ປົກກະຕິແລ້ວພວກມັນບໍ່ແມ່ນ. ຜູ້ໃຊ້ແມ່ນ
ແນະນໍາໃຫ້ຕີຄວາມຫມາຍຂໍ້ຄວາມຜົນຜະລິດຢ່າງລະມັດລະວັງກ່ອນທີ່ຈະພະຍາຍາມ bypass ໃຫ້ເຂົາເຈົ້າ
ທາງເລືອກນີ້.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-f [<.mdp>] (grompp.mdp)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ grompp ທີ່ມີພາລາມິເຕີ MD

-c [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-r [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-rb [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

-p [<.top>] (topol.top)
ໄຟລ໌ Topology

-t [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng

-e [<.edr>] (ener.edr) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ພະລັງງານ

ທາງ​ເລືອກ​ໃນ​ການ​ລະ​ບຸ​ໄຟລ​໌​ເຂົ້າ / ຜົນ​ຜະ​ລິດ​:

-ref [<.trr/.cpt/...>] (rotref.trr) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

- ປ [<.mdp>] (mdout.mdp)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ grompp ທີ່ມີພາລາມິເຕີ MD

-pp [<.top>] (processed.top) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ Topology

-o [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ

-imd [<.gro>] (imdgroup.gro) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ປະສານງານໄຟລ໌ໃນຮູບແບບ Gromos-87

ທາງເລືອກອື່ນ:

-[ບໍ່]v (ບໍ່ມີ)
ດັງ ແລະ ສຽງດັງ

ເວລາ (-1)
ເອົາກອບໃນຫຼືທໍາອິດຫຼັງຈາກເວລານີ້.

-[ບໍ່]rmvsbds (ແມ່ນແລ້ວ)
ເອົາປະຕິສໍາພັນທີ່ຜູກມັດຄົງທີ່ກັບເວັບໄຊທ໌ virtual

- ຄໍາເຕືອນສູງສຸດ (0​)
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ຄໍາ​ເຕືອນ​ທີ່​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ໃນ​ລະ​ຫວ່າງ​ການ​ປຸງ​ແຕ່ງ​ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​. ບໍ່ແມ່ນສໍາລັບການນໍາໃຊ້ປົກກະຕິແລະອາດຈະ
ສ້າງລະບົບທີ່ບໍ່ຫມັ້ນຄົງ

-[ບໍ່]ສູນ (ບໍ່ມີ)
ກໍານົດພາລາມິເຕີສໍາລັບປະຕິສໍາພັນຜູກມັດໂດຍບໍ່ມີຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນສູນແທນທີ່ຈະເປັນ
ສ້າງ​ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​

-[ບໍ່] renum (ແມ່ນແລ້ວ)
Renumber atomtypes ແລະຫຼຸດຜ່ອນຈໍານວນຂອງ atomtypes

ໃຊ້ gmx-grompp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net