ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-hydorder ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-hydrorder - ຄິດໄລ່ຕົວກໍານົດການ tetrahedrality ຮອບອະຕອມທີ່ໃຫ້
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx hydrorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-o [<.xpm> [... ]] [-ຫຼື [<.ອອກ> [... ]]
[-Sspect [<.ອອກ> [... ]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ບໍ່]ວ] [-d ] [-bw ]
[-sgang1 ] [-sgang2 ] [- ຕັນ ]
[- ລະດັບ ]
ລາຍລະອຽດ
gmx ນ້ໍາ ຄິດໄລ່ຕົວກໍານົດການຄໍາສັ່ງ tetrahedrality ປະມານອະຕອມທີ່ໃຫ້. ທັງສອງມຸມ
ຕົວກໍານົດການຄໍາສັ່ງໄລຍະຫ່າງແມ່ນຄິດໄລ່. ເບິ່ງ P.-L. Chau ແລະ AJ Hardwick, Mol. ຟີຊິກ,
93, (1998), 511-518. ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມ.
gmx ນ້ໍາ ຄິດໄລ່ຕົວກໍານົດການຄໍາສັ່ງໃນ 3d-mesh ໃນກ່ອງ, ແລະມີ 2 ໄລຍະໃນ
ກ່ອງໃຫ້ຜູ້ໃຊ້ທາງເລືອກໃນການກໍານົດການໂຕ້ຕອບ 2D ໃນເວລາແຍກໃບຫນ້າໂດຍ
ການກໍານົດຕົວກໍານົດການ -sgang1 ແລະ -sgang2 (ມັນເປັນສິ່ງສໍາຄັນທີ່ຈະເລືອກເອົາສິ່ງເຫຼົ່ານີ້ຢ່າງມີເຫດຜົນ).
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xpm> [... ] (intf.xpm)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້
-ຫຼື [<.ອອກ> [... ] (raw.out) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທົ່ວໄປ
-Sspect [<.ອອກ> [... ] (intfspect.out) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທົ່ວໄປ
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-d (z)
ທິດທາງຂອງປົກກະຕິກ່ຽວກັບເຍື່ອ: z, x, y
-bw (1)
Binwidth ຂອງຕາຫນ່າງກ່ອງ
-sgang1 (1)
ພາຣາມິເຕີມຸມ tetrahedral ໃນໄລຍະ 1 (ຫຼາຍ)
-sgang2 (1)
ພາຣາມິເຕີມຸມ tetrahedral ໃນໄລຍະ 2 (ຫຼາຍ)
- ຕັນ (1)
ຈໍານວນເຟຣມໃນຫນຶ່ງ time-block ໂດຍສະເລ່ຍ
- ລະດັບ (100)
ຈຳນວນລະດັບຄວາມສູງໃນ 2D - XPixMaps
ໃຊ້ gmx-hydrorder ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
