ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-potential ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-potential - ຄິດໄລ່ທ່າແຮງ electrostatic ໃນທົ່ວກ່ອງ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ທ່າແຮງ gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-o [<.xvg>]] [-ອຄ [<.xvg>]] [-ຂອງ [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ບໍ່]ວ] [-xvg ]
[-d ] [-sl ] [-cb ] [-ນີ້ ]
[-tz ] [-[ບໍ່]ຮູບຊົງກົມ] [- ນ ] [-[ບໍ່]ຖືກຕ້ອງ]
ລາຍລະອຽດ
gmx ມີທ່າແຮງ ຄິດໄລ່ທ່າແຮງໄຟຟ້າສະຖິດໃນທົ່ວກ່ອງ. ທ່າແຮງແມ່ນ
ຄິດໄລ່ໂດຍການທໍາອິດລວມຄ່າບໍລິການຕໍ່ຕ່ອນແລະຫຼັງຈາກນັ້ນລວມສອງຄັ້ງຂອງນີ້
ການແຈກຢາຍຄ່າບໍລິການ. ຂອບເຂດແຕ່ລະໄລຍະບໍ່ໄດ້ຖືກພິຈາລະນາ. ອ້າງອິງຂອງ
ທ່າແຮງແມ່ນໄດ້ຖືກປະຕິບັດເພື່ອເປັນເບື້ອງຊ້າຍຂອງກ່ອງ. ມັນຍັງສາມາດຄິດໄລ່ໄດ້
ທ່າແຮງໃນພິກັດ spherical ເປັນຫນ້າທີ່ຂອງ r ໂດຍການຄິດໄລ່ການແຈກຢາຍຄ່າບໍລິການ
ໃນ slices spherical ແລະສອງຄັ້ງປະສົມປະສານໃຫ້ເຂົາເຈົ້າ. epsilon_r ຖືກເອົາເປັນ 1, ແຕ່ 2 ແມ່ນຫຼາຍກວ່າ
ເຫມາະສົມໃນຫຼາຍໆກໍລະນີ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xvg>] (ທ່າແຮງ.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-ອຄ [<.xvg>] (charge.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-ຂອງ [<.xvg>] (field.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-d (Z)
ເອົາປົກກະຕິໃສ່ເຍື່ອໃນທິດທາງ X, Y ຫຼື Z.
-sl (10)
ຄິດໄລ່ຄວາມສາມາດເປັນການທໍາງານຂອງ boxlength, ການແບ່ງປ່ອງໃນຈໍານວນຂອງນີ້
ຊອຍ.
-cb (0)
ຍົກເລີກຈຳນວນກ່ອງທຳອິດຂອງກ່ອງສຳລັບການເຊື່ອມໂຍງ
-ນີ້ (0)
ຍົກເລີກຈໍານວນກ່ອງສຸດທ້າຍຂອງກ່ອງສໍາລັບການປະສົມປະສານ
-tz (0)
ແປຄຳອະທິບາຍກັບຄືນເປັນ ອັງກິດ (ສະຫະລັດ) ແປພາສາ All the coordinates by this distance in the direction of the box
-[ບໍ່]ຮູບຊົງກົມ (ບໍ່ມີ)
ຄິດໄລ່ສິ່ງທີ່ spherical
- ນ (1)
ຈໍານວນກຸ່ມທີ່ຈະພິຈາລະນາ
-[ບໍ່]ຖືກຕ້ອງ (ບໍ່ມີ)
ຖືວ່າຄ່າສູນສຸດທິຂອງກຸ່ມເພື່ອປັບປຸງຄວາມຖືກຕ້ອງ
ຮູ້ ບັນຫາ
· ການຖິ້ມຊິ້ນສ່ວນຕ່າງໆເພື່ອການລວມເຂົ້າກັນບໍ່ຄວນເປັນສິ່ງທີ່ຈໍາເປັນ.
ໃຊ້ gmx-potential ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
